| 龙眼体胚发生过程中RNA甲基化相关基因全基因组鉴定及表达分析 |
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| 引用本文： | 王静宇,陈晓慧,申序,徐小萍,张梓浩,林玉玲,赖钟雄.龙眼体胚发生过程中RNA甲基化相关基因全基因组鉴定及表达分析[J].热带作物学报,2019,40(10):1902-1913. |
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| 作者姓名： | 王静宇 陈晓慧 申序 徐小萍 张梓浩 林玉玲 赖钟雄 |
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| 作者单位： | 福建农林大学园艺植物生物工程研究所,福建福州 350002 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(31572088);福建省高原学科建设经费(102/71201801101);福建农林大学科技创新专项基金(CXZX2017314) |
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| 摘 要： | 为了解龙眼RNA甲基化相关基因的生物学功能,本研究基于基因组和转录组数据,采用生物信息学分析方法,进行龙眼基因组RNA甲基化相关基因成员鉴定,蛋白结构域及特性分析,分子进化树分析,体胚发生过程和组织器官基因表达水平分析以及ABA处理下的定量表达分析。结果显示：龙眼中有7个参与RNA甲基化过程中的关键基因,包括5个RNA甲基转移酶基因和2个去RNA甲基化酶基因;各成员内含子数量差别较大,为4~28个不等;进化树分析显示,龙眼RNA甲基转移酶和去甲基化酶蛋白与甜橙亲缘关系最近;蛋白结构域分析显示,RNA甲基化相关酶具有保守的蛋白结构域;龙眼RNA甲基化相关基因启动子区域中主要含有光响应功能元件、激素响应功能元件、胁迫响应功能元件和分生组织表达响应元件,推测RNA甲基化相关基因可能对植物的生长发育和适应不良环境有一定调节作用;RNA甲基化相关基因部分成员在龙眼体胚不同发生阶段和不同组织器官中的表达有明显区别,推测龙眼RNA甲基化相关基因可能参与不同体胚发育阶段和组织器官形态建成;不同浓度ABA处理下,龙眼EC中RNA甲基化相关基因的表达情况各异,其中DlVIR、DlALKBH10B和DlMTB的相对表达量受到一定的抑制作用,而DlFIP37则呈现上调表达,暗示龙眼RNA甲基化相关基因参与激素响应途径。本研究表明,龙眼RNA甲基化相关基因除了可能在叶的形成、花的发育和植株的形态建成等方面发挥重要的作用外,还可能参与调控胚胎发育和响应非生物胁迫,推测龙眼RNA甲基化相关基因成员在功能上具有差异性和多样性。
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| 关 键 词： | 龙眼 RNA甲基化相关基因 龙眼体胚发生早期 生物信息学分析 表达分析 |
| 收稿时间： | 2019-07-30 |
Genome-wide Identification and Expression Analysis of RNA Methylation Related Genes During Somatic Embryogenesis in Dimocarpus longan Lour. |
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| WANG Jingyu,CHEN Xiaohui,SHEN Xu,XU Xiaoping,ZHANG Zihao,LIN Yuling,LAI Zhongxiong.Genome-wide Identification and Expression Analysis of RNA Methylation Related Genes During Somatic Embryogenesis in Dimocarpus longan Lour.[J].Chinese Journal of Tropical Crops,2019,40(10):1902-1913. |
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| Authors: | WANG Jingyu CHEN Xiaohui SHEN Xu XU Xiaoping ZHANG Zihao LIN Yuling LAI Zhongxiong |
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| Institution: | Institute of Horticultural Biotechnology, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou, Fujian 350002, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | longan RNA methylation related genes early stage of somatic embryogenesis bioinformatic analysis expression analysis |
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