谷子TGA转录因子家族全基因组鉴定与分析

TGA转录因子在植物器官发育和抗病反应中发挥着重要作用。为了探究C₄模式植物谷子TGA基因家族成员的结构和功能,为进一步探索TGA转录因子的生物学功能提供理论基础,以拟南芥TGA基因家族的氨基酸序列为参考序列,从xiaomi基因组中鉴定出16个TGA基因,命名为Si TGA1～Si TGA16,并利用生物信息学软件对其结构和表达模式进行分析。结果表明,Si TGAs在9条染色体上均有分布,其中在2号和5号染色体上均含有3个基因;在3、4号和6号染色体分别分布有2个基因;在1、7、8号和9号染色体上分别仅有1个基因。理化性质分析结果显示,Si TGAs的二级结构主要为α-螺旋,无规卷曲次之;Si TGAs亚细胞主要定位在细胞核。进化关系结果显示,16个Si TGAs分属6个亚类,这些亚家族分别含有4、4、1、5、1、1个基因,与高粱的亲缘关系最近,其中亲缘关系近的Si TGAs的基因结构、保守基序、保守结构域具有保守性。TGA基因家族成员的进化关系及Si TGAs在谷子中的表达模式结果显示,谷子TGA基因家族在谷子的抗逆反应、抗病反应、花器官发育以及茎尖、芽尖分生组...