| 山鸡椒1-脱氧木酮糖-5-磷酸还原异构酶 DXR基因的克隆和SNP分析 |
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| 引用本文： | 刘英冠,吴庆珂,何关顺,汪阳东,杨素素,陈益存,高暝. 山鸡椒1-脱氧木酮糖-5-磷酸还原异构酶 DXR基因的克隆和SNP分析[J]. 林业科学研究, 2015, 28(1): 93-100 |
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| 作者姓名： | 刘英冠 吴庆珂 何关顺 汪阳东 杨素素 陈益存 高暝 |
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| 作者单位： | 中国林业科学研究院亚热带林业研究所, 浙江 富阳 311400;中国林业科学研究院亚热带林业研究所, 浙江 富阳 311400;广西壮族自治区田林县林业局, 广西 田林 533300;中国林业科学研究院亚热带林业研究所, 浙江 富阳 311400;中国林业科学研究院亚热带林业研究所, 浙江 富阳 311400;中国林业科学研究院亚热带林业研究所, 浙江 富阳 311400;中国林业科学研究院亚热带林业研究所, 浙江 富阳 311400 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金项目(31370576) |
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| 摘 要： | 在转录组测序结果分析基础上,以山鸡椒cDNA 为模板,克隆得到山鸡椒1-脱氧木酮糖-5-磷酸还原异构酶DXR 基因cDNA 全长,以山鸡椒基因组DNA 为模板,设计引物、扩增拼接后获得山鸡椒DXR 基因全长,命名为LcDXR。序列分析表明,LcDXR cDNA 全长为1 501 bp,5'非编码区长34 bp,3'非编码区长53 bp,开放阅读框长1 413 bp,预测编码含有470个氨基酸残基的蛋白质,等电点为6.62,分子量为51.12 kD。LcDXR 基因全长为12 601 bp,其中外显子12 个,内含子11 个。对来自10个种源的LcDXR 基因编码区单核苷酸变异位点进行分析表明:在cDNA 区间内共发现10 个SNP(single nucleotide polymorphism)位点,其中有4 个单核苷酸变异导致了所编码的氨基酸的改变,为了分析氨基酸突变导致的蛋白质精细结构的变化,利用Swiss-PDB Viewer 模拟4 个突变位点氨基酸残基的替换。其中江西安远(AY)的突变Lys119Thr 引起了氢键的变化,推测可能对酶的活性产生影响。研究结果为深入研究山鸡椒脱氧木酮糖5-磷酸还原异构酶的活性和功能奠定了基础,同时为山鸡椒遗传育种提供理论依据。
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| 关 键 词： | 山鸡椒 DXR 基因克隆 SNPs |
| 收稿时间： | 2014-09-02 |
Cloning and SNP Analysis of 1-Deoxy-D-xylulose-5-phosphate Reductoisomerases DXR) in Litsea cubeba |
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| LIU Ying-guan,WU Qing-ke,HE Guan-shun,WANG Yang-dong,YANG Su-su,CHEN Yi-cun and GAO Ming. Cloning and SNP Analysis of 1-Deoxy-D-xylulose-5-phosphate Reductoisomerases DXR) in Litsea cubeba[J]. Forest Research, 2015, 28(1): 93-100 |
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| Authors: | LIU Ying-guan WU Qing-ke HE Guan-shun WANG Yang-dong YANG Su-su CHEN Yi-cun GAO Ming |
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| Affiliation: | Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Fuyang 311400, Zhejiang, China;Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Fuyang 311400, Zhejiang, China;Forestry Bureau of Tianlin County Guangxi Zhuang Autonomous Region, Tianlin 533300, Guangxi, China;Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Fuyang 311400, Zhejiang, China;Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Fuyang 311400, Zhejiang, China;Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Fuyang 311400, Zhejiang, China;Research Institute of Subtropical Forestry, Chinese Academy of Forestry, Fuyang 311400, Zhejiang, China |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | Litsea cubeba DXR gene cloning SNPs |
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