基于全基因组SNPs对太行鸡保种群保种效果的评价

本研究利用全基因组低深度重测序技术及相关分析方法对2个太行鸡保种群的保种效果进行评价。结果显示：天凯和宁晋保种群的多态性标记比例分别为83.26%和84.45%；平均期望杂合度■和平均观察杂合度■分别为0.256、0.260和0.259、0.263，表明2个群体遗传多样性较为丰富；基于连续性纯合片段值计算近交系数，2个群体分别为0.053 1和0.048 7，天凯群体显著高于宁晋群体；亲缘关系分析显示，天凯群体中存在亲缘关系为全同胞的个体。2个群体遗传相似系数为0.795，此值偏低，遗传距离为0.230，此值偏大，说明2个保种群遗传结构存在显著差异，推测可能与天凯保种场在进行禽白血病净化过程中采用了不完善的方案而导致全同胞个体进入保种群有关。遗传结构、PCA和种系发生分析等的结果与上述结果一致，表明利用低深度重测序技术可更全面地评价保种效果。根据结果，建议天凯保种场重新组建保种群，制定科学的保种方案。