基于转录组数据挖掘牦牛皱胃发育代谢的关键候选基因

旨在比较不同年龄段牦牛皱胃指数测定、转录组表达谱的变化，挖掘影响牦牛皱胃发育代谢的信号通路和关键基因，为进一步探讨牦牛皱胃发育机制提供理论基础。本研究对1日龄、20日龄、60日龄、15月龄与3岁的牦牛皱胃组织进行转录组测序，对转录组数据进行质控、比对、差异表达基因筛选，并对差异表达基因进行GO功能注释和KEGG富集分析。为进一步验证测序数据的可靠性，随机选取5个差异表达基因进行qRT-PCR验证。结果显示，在发育过程中，瘤胃重的增长最快，其次是瓣胃、网胃和皱胃。转录组结果显示，以1日龄组为对照，在20日龄、60日龄、15月龄和3岁组中分别鉴定到1 310、1 715、1 931和2 199个差异表达基因，4个组共有基因565个；以前一个时间点为对照，20日龄、60日龄、15月龄和3岁组分别鉴定到1 310、861、569和597个差异表达基因，4个对比组共有基因9个。GO功能注释发现，以1日龄组为对照，20日龄、60日龄、15月龄和3岁组分别富集到1 191、2 578、1 117和2 835条显著条目，不同年龄组的前10条显著性GO条目中有共有的，也有各年龄阶段特有的条目。KEGG富...