脑心肌炎病毒感染神经细胞的基因表达谱分析

脑心肌炎病毒(EMCV)可感染人和多种动物。为了探索EMCV对N2a细胞转录组的影响,揭示基因表达与致病性之间的关联,本研究用EMCV BD2毒株感染N2a细胞,收集感染后7 h的细胞样本,提取总RNA,使用NimbleGen杂交体系将标记好的ds-cDNA与小鼠基因表达谱芯片杂交,对芯片进行扫描,获得差异表达基因数据;应用生物信息学方法对筛查出的差异表达基因数据进行分析,筛选差异表达的免疫相关基因及信号通路;利用real-time FQ-PCR方法,对微阵列数据结果进行验证。结果表明,EMCV感染N2a细胞后共有21 143个差异表达基因;通路分析表明,差异表达的主要信号通路包括PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、细胞因子间相互作用、趋化因子信号通路、TCR/RLR信号通路和细胞凋亡通路等;Real-time FQ-PCR检测的10个差异表达基因的变化情况与通过微阵列分析预测的变化一致。