| 蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征分析 |
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| 引用本文： | 乔 雨,石凤翎,张雨桐,等. 蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征分析[J]. 西北农林科技大学学报(自然科学版), 2020, 48(12): 9-17 |
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| 作者姓名： | 乔 雨 石凤翎 张雨桐 等 |
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| 作者单位： | 内蒙古农业大学 草原与资源环境学院,草地资源教育部重点实验室 |
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| 基金项目： | 内蒙古自治区草原英才创新团队项目“内蒙古高原乡土草种质资源遗传改良与利用”；内蒙古科技计划项目“抗逆乡土草品种培育及良繁技术研究与示范” |
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| 摘 要： | 【目的】对蒙农红豆草花瓣转录组微卫星SSR特征进行分析，为开发新的分子标记及探明各类性状的遗传机制研究奠定基础。【方法】以蒙农红豆草突变群体中浅色花瓣和紫红色花瓣（对照）为试验材料，通过Illumina HiSeqTM 2000对其进行高通量测序和组装，利用MISA软件对其所有Unigene进行SSR搜索，并对SSR分布及其序列特征进行分析。【结果】在蒙农红豆草转录组数据中共获得53 009条Unigene，其中6 202条Unigene上分布了8 175个SSR位点，每5.86 kb就有1个SSR位点；重复基元数量以三核苷酸为主（49.13%），二核苷酸次之（22.07%）；在284种重复基元中以AG/CT类型最高（16.16%），其次为AAG/CTT（14.30%）；三核苷酸基元重复次数种类最多（11种），二核苷酸次之（10种）。随着基元重复次数的增加，核苷酸数量减少。蒙农红豆草SSR长度为12～441 bp，主要集中在12～24 bp，其中具有高度多态性潜能的SSR（长度≥20 bp）有3 130条（38.29%）。【结论】蒙农红豆草SSR位点出现频率高、基元类型丰富、分布密度大、多态性潜能高，在红豆草基因定位和分子标记辅助育种等方面具有较大的应用价值。
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| 关 键 词： | 蒙农红豆草；花瓣转录组；微卫星SSR |
| 收稿时间： | 2019-11-14 |
SSR characteristics of transcriptome of Mengnong sainfoin |
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| QIAO Yu,SHI Fengling,ZHANG Yutong,et al. SSR characteristics of transcriptome of Mengnong sainfoin[J]. Journal of Northwest A&F University（Natural Science Edition）, 2020, 48(12): 9-17 |
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| Authors: | QIAO Yu SHI Fengling ZHANG Yutong et al |
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