基于转录组测序的红萍SSR和SNP特征分析

为了解红萍在不同氮浓度胁迫下红萍转录组中SSR、SNP分子标记的详细情况，分析转录组数据中分布的SSR和SNP位点。通过提取红萍根和叶的RNA,构建cDNA文库并利用二代测序平台进行高通量测序，利用MISA对测序数据进行SSR特征分析，同时采用软件STAR进行比对并通过GATK进行SNP识别。结果表明：红萍转录组共有9 009个SSR位点，SSR位点频率为30.12%。其中，以三核苷酸重复和单核苷酸重复为主，分别占总比例的43.66%和26.41%。SNP位点有439 217个，包括转换类型(282 532个)和颠换类型(156 685个);转换类型占比(64.33%)显著大于颠换类型(35.67%)。C/T在所有变异类型中所占比率最高，占总量的17.33%;G/A位居其次(17.01%)。红萍转录组SSR和SNP位点丰富，可为红萍遗传多样性、遗传结构与分化以及功能基因的开发利用等研究提供依据。