卵形鲳鲹卵巢不同发育时期的转录组测序分析

【目的】鉴定筛选出与卵形鲳鲹卵巢发育相关的候选基因及信号通路，为揭示其卵巢性成熟过程的分子机制打下基础。【方法】挑选卵巢发育处于?期和Ш期的雌性卵形鲳鲹，分别构建卵形鲳鲹卵巢?期和Ш期的cDNA文库，采用Illumina HiSeqTM 2500进行转录组测序，经过滤、质量控制及拼接组装后获得的Unigenes在七大数据库（Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-Prot、KEGG和GO）中进行比对；通过FPKM及DEGseq筛选出差异表达基因，以GOseq和KOBAS对差异表达基因分别进行功能注释及信号通路富集分析，并采用MISA和GATK3进行SSR鉴定及SNP分析。【结果】卵形鲳鲹卵巢组织转录组测序获得的325156432条Raw reads，经过滤筛选得到317206752条Clean reads，拼接组装后得到59554条Unigenes；69.65%的Unigenes在Nr、Nt、Pfam、KOG/COG、Swiss-Prot、KEGG和GO等七大数据库中注释成功，其中有24599条Unigenes被注释到GO数据库，15997条Unigenes被注释到KEGG数据库。在卵形鲳鲹卵巢组织的2个发育时期共鉴定获得56115个基因，经差异表达分析后获得17737个差异基因，其中8169个基因在卵巢Ш期上调表达、9568个基因在卵巢Ш期下调表达。GO功能注释分析发现，卵形鲳鲹卵巢差异表达基因主要注释在细胞过程、氮化合物代谢过程、初级代谢过程、核、核部分、离子结合及水解酶活性等条目上；而KEGG信号通路富集分析结果显示，17737个差异表达基因显著富集在318条代谢途径上，其中前20条KEGG信号通路包括2-氧代羧酸代谢、PI3K-Akt信号通路、甲状腺激素信号通路、磷脂酶D信号通路、Fc εRI信号通路和细胞周期等。卵形鲳鲹卵巢转录组（59554条Unigenes）中共存在30133个SSRs和82490个SNPs。【结论】GnRHR、FSHR、FSHβ、CYP11A、SIRT3和PEG3等差异表达基因及PI3K-Akt信号通路和VEGF信号通路等与卵形鲳鲹卵巢的发育密切相关，共同调节卵巢的发育与成熟，在卵巢性成熟过程中发挥重要作用。

Transcriptome analysis of ovaries at the different developmental stages of Trachinotus ovatus