| 番茄GRAS转录因子家族的生物信息学分析 |
| |
| 引用本文： | 牛义岭,姜秀明,许向阳. 番茄GRAS转录因子家族的生物信息学分析[J]. 中国农学通报, 2016, 32(21): 106-116. DOI: 10.11924/j.issn.1000-6850.casb16040091 |
| |
| 作者姓名： | 牛义岭 姜秀明 许向阳 |
| |
| 作者单位： | 东北农业大学园艺学院,东北农业大学园艺学院,东北农业大学园艺学院 |
| |
| 基金项目： | 现代农业产业技术体系专项资金“国家大宗蔬菜产业技术体系岗位专家”(CARS-25-A-15)；国家自然科学基金“抗叶霉病基因Cf19 的克隆功能验证及防御信号传导途径的研究”(31272171)；黑龙江省杰出青年科学基金“抗叶霉病基因Cf11 的克隆功能验证及防御信号传导途径的研究”(JC201204)；黑龙江省大宗蔬菜新品种选育“黑龙江省大宗蔬菜新品种选育”(GA15B103-1)。 |
| |
| 摘 要： | 笔者旨在为进一步了解番茄GRAS基因家族的结构特征和进化信息，也为GRAS转录因子的后续相关研究提供一定的理论基础。利用HMMER 3.0软件，通过从Pfam蛋白数据库中下载的GRAS保守域（PF03514），来鉴定番茄GRAS 基因。采用MEGA5.2、Web Logo 3、DNAMAN 5.0、Map Inspect和MEME等软件对其蛋白序列进行生物信息学分析。采用RT-PCR技术检测番茄GRAS基因在番茄根、茎、叶、花和果实中的表达情况。番茄基因组共挖掘出53条GRAS转录子基因，划分为I、II、III、IV、V、VI、VII、VIII 8个亚族。系统进化树结果显示V和VI组中GRAS家族成员最多，且拟南芥的GRAS基因家族中基因功能类似的基因聚类的在一起，则可能同组内番茄GRAS基因家族成员也具有类似功能；染色体定位分析显示GRAS基因在12条染色体中呈不均匀分布；根据WebLogo 3.0对GRAS基因家族的结构域蛋白分析，结果显示GRAS基因家族的蛋白序列并不都是高度保守的；保守元件分析表明番茄GRAS基因家族成员是部分高度保守的。番茄GRAS基因家族大部分成员结构是高度保守，可能参与调控番茄生长和发育等过程。
|
| 关 键 词： | 地中海仙客来 地中海仙客来 叶纹变异 基因模式 |
| 收稿时间： | 2016-04-14 |
| 修稿时间： | 2016-06-27 |
Bioinformatic Analysis of GRAS Transcription Factors in Tomato |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《中国农学通报》浏览原始摘要信息 |
|
点击此处可从《中国农学通报》下载全文 |
