| 畜禽群体中基于SNP标记的亲子鉴定及亲本推断方法 |
| |
| 引用本文： | 罗元宇,吴鹏,贺金龙,陈赞谋,张豪,李加琪,张哲.畜禽群体中基于SNP标记的亲子鉴定及亲本推断方法[J].华中农业大学学报,2016,35(5):68-74. |
| |
| 作者姓名： | 罗元宇 吴鹏 贺金龙 陈赞谋 张豪 李加琪 张哲 |
| |
| 作者单位： | 华南农业大学动物科学学院/广东省农业动物基因组与分子育种重点实验室/国家生猪种业工程中心,广州,510642 |
| |
| 基金项目： | 国家现代农业（生猪）产业技术体系项目（CARS-36）；科技部科技基础性工作专项（2014FY120800）；国家自然科学基金项目（31200925）；广东省自然科学基金项目（2014A030313453） |
| |
| 摘 要： | 利用双亲高密度SNP标记信息,在畜禽群体中进行亲子鉴定及亲本推断新方法的计算机程序开发,并使用模拟的600 000个SNP标记对该程序进行测试。结果表明:对系谱正确性进行鉴定时,SNP标记数大于100即可达到100%的亲子鉴定准确率;对错误的系谱关系进行潜在亲子关系推断时,SNP标记数大于300可保证100%的推断准确率。标记平均MAF较低会降低亲子推断准确率。在程序运行效率方面,当使用50 000的SNP标记对1 000条错误率为10%的系谱进行亲子鉴定和推断时,共耗时332.87s,且计算耗时与标记数及个体数呈线性变化。本研究基于孟德尔遗传原理,设计并开发了基于双亲及后代基因型的亲子鉴定及亲本推断程序,该方法运行速度快,操作简单,准确性高,值得在畜禽群体基因组相关研究方面进行推广应用。
|
| 关 键 词： | 亲子鉴定 亲本推断 SNP标记 孟德尔错误 准确率 |
| 收稿时间： | 2015/10/30 0:00:00 |
Parentage identification and paternity inference based on SNP markers in livestock population |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | parentage identification paternity inference SNP marker Mendelian error accuracy |
| 本文献已被 CNKI 万方数据 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《华中农业大学学报》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《华中农业大学学报》下载免费的PDF全文 |
|
