| 基于GBS技术的籼稻种质资源SNPs和Haplotype分析 |
| |
| 引用本文： | 王悦星,郑世茂,王业文,李培江,张 羽,于月华.基于GBS技术的籼稻种质资源SNPs和Haplotype分析[J].西北农业学报,2021,30(6):829-837. |
| |
| 作者姓名： | 王悦星 郑世茂 王业文 李培江 张 羽 于月华 |
| |
| 作者单位： | (1.新疆农业大学 农学院，乌鲁木齐 830052；2.陕西理工大学 生物科学与工程学院，陕西汉中 723000；3.陕西省水稻研究所，陕西汉中 723000) |
| |
| 基金项目： | 陕西省农业厅项目（NYKJ-2016-35，2019NY-041）；陕西省科技厅项目（2013K02-10-01）。 |
| |
| 摘 要： | 利用GBS技术(NlaⅢ和MseⅠ分别酶切)对198份(112份恢复系,49份保持系和37份不明恢保关系材料)陕西省主要籼稻种质资源进行测序,MAF 0.05过滤,获得91 421 SNPs,构建6 981个Haplotype。采用MEGA5、PLINKv 1.07、TASSEL 5.0等生物学主流软件和R语言,进行籼稻群体的SNPs和Haplotype在全基因组的分布特点、群体遗传结构及全基因组KEGG分析。分布在籼稻12个连锁群上的SNPs和Haplotype的多态性及密度都不同。主成分、UPGMA及K聚类都表明198个籼稻的遗传基础较单一,样本间的遗传距离为0.01～0.60,平均遗传距离为0.28。籼稻全基因组注释基因主要参与核糖体、植物激素信号转导和内质网蛋白质加工信号通路。平均每4 374 bp有1个SNP。198个籼稻组成的自然群体分层不明显,可以作为后续QTLs的定位群体。不同连锁群上编码的基因行使的主要生物学功能差异明显。
|
| 关 键 词： | 籼稻 Genotyping-by-sequencing 单核苷酸多态性 单倍型 |
SNPs and Haplotype Based on GBS in Indica Rice |
| |
| WANG Yuexing,ZHENG Shimao,WANG Yewen,LI Peijiang,ZHANG Yu and YU Yuehua.SNPs and Haplotype Based on GBS in Indica Rice[J].Acta Agriculturae Boreali-occidentalis Sinica,2021,30(6):829-837. |
| |
| Authors: | WANG Yuexing ZHENG Shimao WANG Yewen LI Peijiang ZHANG Yu and YU Yuehua |
| |
| Abstract: | |
| |
| Keywords: | Indica rice Genotyping-by-sequencing SNP Haplotype |
| 本文献已被 CNKI 等数据库收录！ |
| 点击此处可从《西北农业学报》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《西北农业学报》下载免费的PDF全文 |
|
