茶条槭SDH基因克隆及生物信息学分析

结合茶条槭转录组数据库,利用RT-PCR的方法克隆得到茶条槭SDH基因,命名为AgSDH,并对该基因及其蛋白进行了生物信息学分析。结果显示,AgSDH基因的ORF全长为1 563 bp,共编码520个氨基酸,推测蛋白相对分子量为57.219 k Da,理论等电点为5.61,无信号肽,预测亚细胞定位于细胞质中。生物信息学分析表明AgSDH蛋白为亲水性蛋白,没有跨膜结构。蛋白质二级结构α-螺旋占35.38%,延伸链占18.65%,无规则卷曲占45.96%;三级结构预测表明AgSDH蛋白以单体形式存在。与目前已知的多种植物的SDH蛋白具有相似的结构功能域。系统进化分析表明,AgSDH蛋白与脐橙SDH蛋白亲缘关系最为接近。该研究结果为深入了解该基因的功能和茶条槭次生代谢产物合成的调控机理提供了基础数据。