串联重复序列在玉米基因组中的特征及分布

串联重复序列(tandem repeats, TRs)在玉米基因组中广泛存在,对维持染色体结构和调节基因表达起到重要作用。从Phytozome (http://www.phytozome.net/)下载玉米全基因组序列和基因注解(Gene annotation)数据,然后使用串联重复序列分析工具(Phobos)检测TRs的密度变化、模体类型及其在基因内与基因间的位置分布情况。研究表明,5'UTR和启动子中的TRs密度最高,内含子(Intron)和编码区(CDS)中TRs密度相对较低。同时TRs主要分布于CDS两端,这可能与内含子剪接有关;在基因间隔区,串联重复序列的分布明显偏向于靠近基因。本研究对串联重复序列在植物基因组中的特征及作用及有借鉴作用。