二倍体和四倍体泥鳅全基因组DNA甲基化的比较 |
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引用本文: | 张曼曼,冯兵,罗双双,王卫民,周小云.二倍体和四倍体泥鳅全基因组DNA甲基化的比较[J].华中农业大学学报,2018,37(5):95-103. |
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作者姓名: | 张曼曼 冯兵 罗双双 王卫民 周小云 |
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作者单位: | 华中农业大学水产学院/农业动物遗传育种与繁育教育部重点实验室 |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(31472267) |
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摘 要: | 以二倍体和四倍体泥鳅为研究对象,采用甲基化修饰依赖性内切酶测序技术(MethylRAD-Seq)在全基因组水平上分析泥鳅的DNA甲基化特点及倍性间的DNA甲基化变异。测序结果共得到302 111 684条Methyl-RAD序列标签。与参考基因组比对结果显示,泥鳅的甲基化位点主要分布在基因体区(gene body),其次为内含子区(intron)和基因间区(intergenic),而在其他功能元件上的分布较少。四倍体泥鳅的整体甲基化水平比二倍体高,尤其是在第一外显子区(1st Exon)和转录起始位点上游1 500bp至200bp区(TSS1500),且倍性间差异极显著(P0.01)。但在启动子区,四倍体泥鳅的甲基化水平略低于二倍体。在二倍体和四倍体泥鳅间共筛选到1 268个差异甲基化CmCGG位点和14个差异甲基化CmCWGG位点,这些位点主要分布于内含子、基因体和基因间区。比较各基因的甲基化水平,共得到684个倍性间差异甲基化基因。KEGG分析结果显示,倍性间差异甲基化基因主要富集到与生长发育、免疫及错配修复等相关通路上。
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关 键 词: | 泥鳅 二倍体 四倍体 DNA甲基化 MethylRAD-Seq |
收稿时间: | 2018/1/22 0:00:00 |
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