基于转录组测序的紫薇SSR特征分析 |
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引用本文: | 秦波,韦广绥,覃杰,孙开道,秦赐梅,刘昊,黄欣.基于转录组测序的紫薇SSR特征分析[J].湖南农业科学,2023(4):1-4. |
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作者姓名: | 秦波 韦广绥 覃杰 孙开道 秦赐梅 刘昊 黄欣 |
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作者单位: | 1. 广西壮族自治区林业科学研究院;2. 广西壮族自治区国有高峰林场;3. 广西壮族自治区国有黄冕林场 |
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摘 要: | 以紫薇叶片为材料,通过Illumina Hiseq X Ten测序平台进行高通量测序,利用MISA软件分析转录组的SSR相关信息。结果表明:测序共获得31 461条Unigene序列,总长度34 408 463 bp,其中有5 617条Unigene序列含有SSR位点,共发现SSR位点6 761个,出现频率为21.49%,平均分布距离为5.09 kb;主要的优势重复类型为二核苷酸重复和三核苷酸重复,分别占总SSR的44.95%和36.41%;AG/CT和A/T为SSR优势重复基元,出现频率分别为40.23%(2 720个)和16.57%(1120个)。分析表明,紫薇转录组中SSR类型丰富、位点出现频率高、多态性潜力高,在紫薇种质遗传多样性研究、品种鉴定、杂种鉴定等方面具有应用价值。
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关 键 词: | 紫薇 转录组 SSR |
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