| 冬凌草转录组SSR位点分析及多态性初步评价 |
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| 引用本文： | 苏秀红,李庆磊,陈随清,董诚明,杨晶凡,尹雷. 冬凌草转录组SSR位点分析及多态性初步评价[J]. 北方园艺, 2016, 0(4): 93-96. DOI: 10.11937/bfyy.201604025 |
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| 作者姓名： | 苏秀红 李庆磊 陈随清 董诚明 杨晶凡 尹雷 |
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| 作者单位： | 河南中医药大学药学院,河南郑州,450046;河南中医药大学药学院,河南郑州,450046;河南中医药大学药学院,河南郑州,450046;河南中医药大学药学院,河南郑州,450046;河南中医药大学药学院,河南郑州,450046;河南中医药大学药学院,河南郑州,450046 |
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| 基金项目： | 国家自然科学基金资助项目，河南中医学院创新人才资助项目，河南省高等学校青年骨干教师计划资助项目，河南省教育厅科学技术研究重点项目，河南中医学院博士科研基金资助项目 |
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| 摘 要： | 以冬凌草转录组为研究对象,使用Microsatellite(MISA)软件进行SSR搜索,分析冬凌草中SSR位点信息,并利用Primer 3设计SSR引物,对其多态性进行初步评价。结果表明:研究共发现11 114个SSR,分布于8 873条独立基因(Unigenes)中,SSR位点出现频率为24.90%,共有55种重复基元,平均每3 517bp含1个SSR位点。SSR位点所包含的重复类型中,二核苷酸重复是主要类型,占总SSR的47.71%;其次是单碱基重复类型(35.46%)。SSR所包含的重复基元中,单核苷酸重复基元A/T和二核苷酸重复基元AG/CT是优势重复基元,分别占总SSR的34.95%、30.16%。多态性进行评价结果表明冬凌草转录组SSR类型丰富,多态性潜能高。
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| 关 键 词： | 冬凌草 转录组 SSR |
Analysis of SSR Loci Information in Transcriptome of Rabdosia rubescens (Henmsl.) Hara and Its Polymorphism |
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| SU Xiuhong,LI Qinglei,CHEN Suiqing,DONG Chengming,YANG Jingfan,YIN Lei. Analysis of SSR Loci Information in Transcriptome of Rabdosia rubescens (Henmsl.) Hara and Its Polymorphism[J]. Northern Horticulture, 2016, 0(4): 93-96. DOI: 10.11937/bfyy.201604025 |
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| Authors: | SU Xiuhong LI Qinglei CHEN Suiqing DONG Chengming YANG Jingfan YIN Lei |
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