西农萨能山羊锌指蛋白基因Ubi-d4的筛选、克隆和生物信息学分析

 【目的】克隆西农萨能山羊泌乳中期和后期乳腺组织差异表达基因Ubi-d4并进行生物信息学分析，为进一步研究该基因的功能以及乳腺退化的分子机制提供信息。【方法】以西农萨能羊乳腺组织为材料，利用抑制性消减杂交技术筛选泌乳中期和后期乳腺组织差异表达基因，用RT-PCR克隆Ubi-d4基因，用实时定量PCR分析Ubi-d4基因的表达水平变化，用生物信息学方法对Ubi-d4基因进行结构和功能域预测。【结果】山羊乳腺Ubi-d4基因开放读码框全长1 176 bp，编码391个氨基酸，GenBank登陆号为EF105410；与牛（XM_881516）、人（NM_006268.3）、鼠（NM_011262）、兔（XM_341998）对应基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为98%、90%、93%、90%和99%、99%、99%、98%，泌乳后期乳腺组织中mRNA表达水平是泌乳中期的6.10倍；氨基酸序列中含有一个C2H2型锌指结构，一个PHD型锌指结构，没有信号肽和跨摸结构。【结论】筛选到西农萨能山羊乳腺泌乳后期高水平表达基因Ubi-d4，克隆了它的开放读码框（1176bp，GenBank No：EF105410）；生物信息学分析推测它是乳腺退化过程中的重要功能基因。

Screening, Cloning and Bioinformatics Analysis of Ubi-d4 Gene in Xinong Saanen Goat