茶树炭疽菌N425全基因组测序与基因功能注释 |
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引用本文: | 张承康,周子文,郭田龙,彭成彬,陈美霞,刘伟.茶树炭疽菌N425全基因组测序与基因功能注释[J].福建农业学报,2023(12):1437-1444. |
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作者姓名: | 张承康 周子文 郭田龙 彭成彬 陈美霞 刘伟 |
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作者单位: | 1. 宁德师范学院生命科学学院省级产学研合作示范基地;2. 福建农林大学生物农药与化学生物学教育部重点实验室 |
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基金项目: | 国家自然科学基金项目(32001853);;生物农药与化学生物学教育部重点实验室开放课题(Keylab2020-05); |
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摘 要: | 【目的】对茶树炭疽菌N425进行全基因组测序和基因功能注释并从中初筛出致病相关基因。【方法】通过Illumina HiSeq2500 PE150平台对N425菌株进行全基因组测序和组装,并利用NR、KEGG、KOG等功能基因数据库进行基因预测和功能注释。【结果】茶树炭疽菌N425基因组全长约56.3 Mbp,G+C含量为53.2%,共预测出10 157个蛋白编码基因和若干各类非蛋白编码序列。其中,1 356个基因在病原与宿主互作数据库(PHI)中得到注释,包括140个注释为致病力丧失的基因;720个基因在碳水化合物酶数据库(CAZy)中得到注释;302个基因被预测为次生代谢物相关基因。这些基因中有涉及cAMP-PKA、MAPK等信号通路以及降解宿主细胞壁等致病相关过程,是潜在的致病相关基因。【结论】本研究成功获得茶树炭疽菌N425全基因组序列和基因功能注释,并从中挖掘出潜在致病相关基因,为后续展开对茶树炭疽菌侵染茶树的致病分子机制研究奠定基础。
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关 键 词: | 茶树炭疽病 基因组测序 基因注释 致病相关基因 |
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