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| 辣椒EST-SSR信息分析及标记开发 | |
| 引用本文： | 张 宇,张晓芬,陈 斌,耿三省,李焕秀,李 珍. 辣椒EST-SSR信息分析及标记开发[J]. 西北农业学报, 2010, 19(9): 186-192 |
| 作者姓名： | 张 宇 张晓芬 陈 斌 耿三省 李焕秀 李 珍 |
| 作者单位： | 1. 北京市农林科学院,蔬菜研究中心,北京,100097;四川农业大学,园艺学院,四川雅安,625014 2. 北京市农林科学院,蔬菜研究中心,北京,100097 3. 四川农业大学,园艺学院,四川雅安,625014 |
| 基金项目： | 国家"863"项目，国家"十一五"科技支撑计划项目，国家"十一五"科技支撑计划项目 |
| 摘 要： | 利用SSRIT软件从NCBI数据库中19 173条辣椒EST序列中筛选到612个SSR,检出率为3.19%。共观察到51种重复基元,其中三核苷酸基序是主导类型,占总SSR的60.46%;AG/GA/CT/TC,AAG/AGA/GAA/CTT/TTC/TCT,TAAT,ATATA和CTGCTC分别是二、三、四、五和六核苷酸基序的优势重复基序,在所有SSR中的出现频率各自为13.40%、16.18%、1.80%、3.27%及2.12%。辣椒EST-SSR以5~10次重复为主,基序长度集中在15~20 bp范围内。利用含SSR的576条EST序列共设计357对引物,在合适的PCR条件下337(94.40%)对引物显示出清晰条带,75对(21.01%)引物表现多态性,表明EST-SSR标记在辣椒遗传分析与应用中是有价值且可行的。 |
| 关 键 词： | 辣椒 标记 |
Information and Exploitation of EST SSRs Loci in Pepper (Capsicum annuum) |
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| ZHANG Yu,ZHANG Xiaofen,CHEN Bin,GENG Sansheng,LI Huanxiu and LI Zhen. Information and Exploitation of EST SSRs Loci in Pepper (Capsicum annuum)[J]. Acta Agriculturae Boreali-occidentalis Sinica, 2010, 19(9): 186-192 | |
| Authors: | ZHANG Yu ZHANG Xiaofen CHEN Bin GENG Sansheng LI Huanxiu LI Zhen |
| Affiliation: | ZHANG Yu1,2,ZHANG Xiaofen1,CHEN Bin1,GENG Sansheng1,LI Huanxiu2 and LI Zhen1(1.Beijing Vegetable Research Center,Beijing 100097,China,2.Horticulture College,Sichuan Agricultural University,Yaan Sichuan 625014,China) |
| Abstract: | In this report,19173 ESTs of Capsicum annuum were downloaded from NCBI,of which 612 SSRs were screened,by using software SSRIT,and the frequency was 3.19%.51 types of repeat motifs were detected and the dominant type was trinucleotide,accounted for 60.46% out of total SSRs.Predominant motifs of di-,tri-,tetra-,penta-and hexa-nucleotide repeats were AG/GA/CT/TC,AAG/AGA/GAA/CTT/TTC/TCT,TAAT,ATATA and CTGCTC,with the frequencies of 13.40%,16.18%,1.80%,3.27%,and 2.12%,respectively.The repeat number of pepper ES... |
| Keywords: | EST SSR |
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