| 沙鞭全长转录组测序及生物信息学分析 |
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| 引用本文： | 毛轩睿,苏旭,刘玉萍,刘涛,陈金元,胡夏宇,杨萍,李小莉,袁园.沙鞭全长转录组测序及生物信息学分析[J].草地学报,2023(6):1673-1681. |
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| 作者姓名： | 毛轩睿 苏旭 刘玉萍 刘涛 陈金元 胡夏宇 杨萍 李小莉 袁园 |
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| 作者单位： | 1. 青海师范大学生命科学学院;2. 青海师范大学高原科学与可持续发展研究院;3. 青海师范大学青海省青藏高原生物多样性形成机制与综合利用重点实验室;4. 青海师范大学青海省青藏高原药用动植物资源重点实验室 |
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| 基金项目： | 青海省自然科学基金面上项目(2022-ZJ-918)；;国家自然科学基金项目(32160297)； |
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| 摘 要： | 为了明晰沙鞭(Psammochloa villosa)的转录组特征，本研究利用PacBio Sequel测序平台首次对其进行全长转录组测序和数据分析，结果共获得323 309个clean reads,自我矫正产生环形一致性序列(CCS)673 540个，预测得到蛋白编码区(CDS)序列28 447个；MISA软件共搜索得到沙鞭93 563个简单重复序列(SSR),分布于56 824条unigene上；转录本基因功能注释，共有166 541条序列得到NR注释，结果显示沙鞭与二穗短柄草(Brachypodium distachyon)亲缘最近；KOG数据库比对将97 892个unigene分为25个功能类别，其中注释较多的功能为翻译后修饰、蛋白质周转和分子伴侣；GO数据库比对共注释到87 930个unigene,分为生物过程、细胞组成和分子功能3大类及62个亚类分支；KEGG结果表明碳水化合物代谢、信号转导、能量代谢通路中注释基因较多。本研究结果丰富了沙鞭的遗传信息，为今后沙鞭关键耐旱基因的挖掘提供了理论依据。
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| 关 键 词： | 禾本科 沙鞭 全长转录组 功能注释 SSR |
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