基于GBS测序的湘东黑山羊的亲缘关系及近交系数

利用基因分型测序(GBS)对60只湘东黑山羊(9只公羊、51只母羊)进行基因组测序，获得湘东黑山羊染色体上的SNP数据和连续纯合子片段(ROH)数据。通过SNP数据进行基于G矩阵的基因组亲缘关系分析和NJ聚类分析，构建湘东黑山羊的群体家系结构，并通过ROH数据得到群体平均近交系数。结果表明，60只湘东黑山羊的平均测序深度为9.15X，与参考基因组比对率平均为99.59%；在SNP检测过程中，3只母羊不符合基因型数据质控标准，将其过滤后获得其他57只黑山羊29条染色体上153 046个SNPs位点和1 937个ROH片段；构建的湘东黑山羊8个家系，其中 9只公羊和6只母羊被分为7个家系，另42只母羊被单独分类；基于ROH片段分析的湘东黑山羊群体中每个个体的近交系数均值为0.047，说明湘东黑山羊公羊在繁育过程中有较大的利用空间。