基于GBS测序的湘东黑山羊的亲缘关系及近交系数 |
| |
引用本文: | 刘海林,江为民,段洪峰,李昊帮,罗璋,李安定,龚龑.基于GBS测序的湘东黑山羊的亲缘关系及近交系数[J].湖南农业大学学报(自然科学版),2024,50(2). |
| |
作者姓名: | 刘海林 江为民 段洪峰 李昊帮 罗璋 李安定 龚龑 |
| |
作者单位: | 1.湖南省畜牧兽医研究所,湖南 长沙 410131;2.湖南光大牧业科技有限公司,湖南 长沙 410131;3.浏阳畜牧水产局,湖南 浏阳 410300;4.湖南普菲克生物科技有限公司,湖南 长沙 410005 |
| |
基金项目: | 湖南省科学技术厅重点研发计划项目(2020NK2049) |
| |
摘 要: | 利用基因分型测序(GBS)对60只湘东黑山羊(9只公羊、51只母羊)进行基因组测序,获得湘东黑山羊染色体上的SNP数据和连续纯合子片段(ROH)数据。通过SNP数据进行基于G矩阵的基因组亲缘关系分析和NJ聚类分析,构建湘东黑山羊的群体家系结构,并通过ROH数据得到群体平均近交系数。结果表明,60只湘东黑山羊的平均测序深度为9.15X,与参考基因组比对率平均为99.59%;在SNP检测过程中,3只母羊不符合基因型数据质控标准,将其过滤后获得其他57只黑山羊29条染色体上153 046个SNPs位点和1 937个ROH片段;构建的湘东黑山羊8个家系,其中 9只公羊和6只母羊被分为7个家系,另42只母羊被单独分类;基于ROH片段分析的湘东黑山羊群体中每个个体的近交系数均值为0.047,说明湘东黑山羊公羊在繁育过程中有较大的利用空间。
|
关 键 词: | 湘东黑山羊 基因分型测序 单核苷酸多态性 连续纯合子片段 近交系数 亲缘关系 |
|
| 点击此处可从《湖南农业大学学报(自然科学版)》浏览原始摘要信息 |
| 点击此处可从《湖南农业大学学报(自然科学版)》下载免费的PDF全文 |