| 腹泻犊牛与健康犊牛粪便菌群结构组成与功能研究 |
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| 引用本文： | 张子敬,朱肖亭,吕世杰,金磊,徐嘉威,黄永震,李志明,王献伟,于翔,杨尚,李静,王二耀,徐照学,施巧婷.腹泻犊牛与健康犊牛粪便菌群结构组成与功能研究[J].中国畜牧兽医,2020,47(9):2779-2788. |
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| 作者姓名： | 张子敬 朱肖亭 吕世杰 金磊 徐嘉威 黄永震 李志明 王献伟 于翔 杨尚 李静 王二耀 徐照学 施巧婷 |
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| 作者单位： | 1. 河南省农业科学院畜牧兽医研究所, 郑州 450002;2. 西北农林科技大学动物科技学院, 杨凌 712100;3. 河南省畜牧总站, 郑州 450008;4. 河南省动物卫生监督所, 郑州 450002;5. 河南省蚕业科学研究院, 郑州 450000;6. 泌阳县动物卫生监督所, 泌阳 463700 |
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| 基金项目： | 河南省农业科学院自主创新专项基金（2019ZC41）；河南省农业科学院优秀青年科技基金（2020YQ36）；河南省肉牛产业技术体系（S2013-08）；国家肉牛牦牛产业技术体系（CARS-37） |
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| 摘 要： | 本研究旨在探究腹泻与健康犊牛粪便微生物的结构组成与分布特征，筛选出一些可作为评价犊牛腹泻参考指标的特异性菌群。试验采集10份腹泻和10份健康夏南牛犊牛的粪便样本并提取粪便总DNA，运用16S rRNA高通量测序技术，比较腹泻组和健康组在微生物多样性方面（组成及结构）存在的差异，获得两组间具有统计学差异的Biomarker，并对差异功能基因进行注释。结果表明，腹泻犊牛粪便微生物的多样性小于健康犊牛；在门水平上，与健康组相比，腹泻组犊牛粪便中微生物相对丰度显著升高的是变形菌门和梭杆菌门，螺旋菌门显著降低（P<0.05）；在属水平上，与健康组相比，腹泻组犊牛粪便微生物中埃希氏-志贺菌属、梭杆菌属、乳杆菌属和梭状芽孢杆菌属相对丰度明显升高，不可培养拟杆菌目S24-7群、拟普雷沃菌属和普雷沃氏菌科的菌属显著降低（P<0.05）。通过对COG功能预测分析，腹泻组在翻译、核糖体结构和起源类群明显降低。通过KEGG代谢途径分析，腹泻组粪便中显著升高的代谢通路是碳水化合物代谢和外源性物质降解和代谢，显著降低的代谢通路分别是细胞增殖和死亡、复制和修复、翻译和转录（P<0.05）。本研究分析了腹泻组和健康组之间的优势菌群，筛选出可以作为犊牛腹泻参考指标的10个Biomarker，并对功能差异基因进行注释，为进一步研究犊牛腹泻的治疗及预防奠定了基础。
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| 关 键 词： | 犊牛 粪便微生物 腹泻 16S rRNA 高通量测序 |
| 收稿时间： | 2020-03-19 |
Study on the Structure and Function of Fecal Microbiome Between Diarrhea and Healthy Calves |
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| ZHANG Zijing,ZHU Xiaoting,LYU Shijie,JIN Lei,XU Jiawei,HUANG Yongzhen,LI Zhiming,WANG Xianwei,YU Xiang,YANG Shang,LI Jing,WANG Eryao,XU Zhaoxue,SHI Qiaoting.Study on the Structure and Function of Fecal Microbiome Between Diarrhea and Healthy Calves[J].China Animal Husbandry & Veterinary Medicine,2020,47(9):2779-2788. |
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| Authors: | ZHANG Zijing ZHU Xiaoting LYU Shijie JIN Lei XU Jiawei HUANG Yongzhen LI Zhiming WANG Xianwei YU Xiang YANG Shang LI Jing WANG Eryao XU Zhaoxue SHI Qiaoting |
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| Abstract: | |
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| Keywords: | calves fecal microbiota diarrhea 16S rRNA high-throughput sequencing |
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