| 栽培金鸡菊EST-SSR分子标记开发与亲缘关系分析 |
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| 引用本文： | 孙浩男,李蓉,李明阳,郑妍,刘志杰,张存石,刘冬云,李鹤. 栽培金鸡菊EST-SSR分子标记开发与亲缘关系分析[J]. 草地学报, 2022, 30(6): 1430-1440. DOI: 10.11733/j.issn.1007-0435.2022.06.014 |
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| 作者姓名： | 孙浩男 李蓉 李明阳 郑妍 刘志杰 张存石 刘冬云 李鹤 |
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| 作者单位： | 河北农业大学园林与旅游学院, 河北 保定 071000 |
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| 基金项目： | 河北省重点研发计划项目（20326339D）；现代种业科技创新专项（21326348D）资助 |
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| 摘 要： | 为了开发适用于栽培金鸡菊的EST-SSR分子标记，采用二代高通量测序技术对剑叶金鸡菊‘斯丹泰勒’(Coreopsis lanceolata‘Sterntaler’)的叶片进行转录组测序。结果表明：通过转录组测序共得到42 958条Unigene,利用MISA软件共检测出个6 546个SSR位点，平均分布距离6.36 kb。除单核苷酸外，重复类型以二核苷酸和三核苷酸为主，分别占总数的19.28%和30.13%,二者优势重复单元和占比分别为AG/CT(57.30%)和AAT/ATT(27.94%)。通过Primer3软件设计得到4 499条引物，在随机筛选的50对引物中成功开发出22对多态性较好的引物，扩增出的166个条带全部具有多态性。通过UPGMA聚类分析，在遗传距离为0.460时可将100个栽培金鸡菊种质划分为7类，其遗传相似系数介于0.542 2～1之间，平均为0.747 6。金鸡菊组、两色组、歧序组和轮叶组相关的种质可作为金鸡菊远缘杂交育种的材料。本研究为栽培金鸡菊的分类鉴定、杂交育种和绘制指纹图谱提供了理论依据。
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| 关 键 词： | 金鸡菊 种质资源 EST-SSR 转录组 亲缘关系 |
| 收稿时间： | 2021-11-09 |
Development of EST-SSR Markers based on Transcriptome and Analysis of Genetic Relationship of Cultivated Coreopsis |
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| SUN Hao-nan,LI Rong,LI Ming-yang,ZHENG Yan,LIU Zhi-jie,ZHANG Cun-shi,LIU Dong-yun,LI He. Development of EST-SSR Markers based on Transcriptome and Analysis of Genetic Relationship of Cultivated Coreopsis[J]. Acta Agrestia Sinica, 2022, 30(6): 1430-1440. DOI: 10.11733/j.issn.1007-0435.2022.06.014 |
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| Authors: | SUN Hao-nan LI Rong LI Ming-yang ZHENG Yan LIU Zhi-jie ZHANG Cun-shi LIU Dong-yun LI He |
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| Affiliation: | College of Landscape and Travel, Hebei Agricultural University, Baoding, Hebei Province 071000, China |
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| Abstract: | |
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