牦牛TAP基因编码区的克隆与序列分析

为了克隆和分析牦牛气管抗菌肽(yTAP)基因的编码区序列(CDS),并分析其序列特征和检测其mRNA的组织表达规律,试验采集2.5岁的健康公牦牛(n=6)和母牦牛(n=6)的气管、肝脏、脾脏、肾脏、肺脏、结肠和性腺共7种组织样品,反转录(RT)-PCR法克隆了气管组织yTAP基因编码区序列,对其进行序列生物信息学分析,并利用实时荧光定量PCR法检测yTAP基因mRNA的组织表达规律。结果表明:克隆得到的yTAP基因编码区序列全长为195 bp,编码含有64个氨基酸残基的TAP前体肽,第27～64位的氨基酸构成了yTAP成熟肽序列。yTAP成熟肽含有6个半胱氨酸和3个脯氨酸,形成3对二硫键,二级结构由α螺旋、延伸链和无规则卷曲三种结构组成;SWISS-MODEL预测三级结构结果表明,yTAP成熟肽三级结构主要是延伸链和无规则卷曲,并且在C-端存在一段螺旋结构。蛋白质稳定性较好,具有两亲性,属于β防御素家族成员。yTAP基因在牦牛气管组织中表达水平最高。说明本试验成功克隆获得了yTAP基因的编码区序列,且mRNA主要在气管组织中表达。