PolyI:C刺激猪PK15细胞后病毒感染应答基因未注释转录本鉴定及其特征分析

【目的】鉴定猪PK15细胞在类病毒聚肌胞苷酸(PolyI:C)刺激后病毒感染应答基因的未注释转录本的数量、剪接类型、新蛋白编码与分子结构，为进一步研究这些未注释转录本的功能奠定基础。【方法】将猪PK15细胞分为对照组和试验组，每组3个重复；试验组加入终浓度为20μg/mL的PolyI:C,对照组加入等体积(2μL)的PBS,两组在37℃、5%CO₂条件下分别刺激6 h后进行Nanopore测序，鉴定两组的总转录本与差异表达基因。对差异表达基因进行GO功能分析，进一步筛选病毒感染的应答基因。对总转录本与Ensemble注释的转录本序列进行比较，发现未注释转录本。将病毒感染应答基因的未注释转录本与其对应的Ensemble注释转录本序列进行比对，分析未注释转录本的剪接类型和编码蛋白。【结果】PolyI:C刺激后，两组共鉴定蛋白编码的转录本61 505个，其中有Ensemble数据库注释的39 497个，未注释的转录本22 008个，未注释转录本数量占总数的35.78%。同时两组鉴定到71个差异蛋白编码基因，与对照组相比，试验组上调表达基因57个，下调表达基因14个。GO...