| 基于转录组数据的印度谷螟微卫星位点分析 |
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| 引用本文： | 唐培安,陶冶心,薛 昊,袁明龙. 基于转录组数据的印度谷螟微卫星位点分析[J]. 植物保护, 2017, 43(3): 43-48. DOI: 10.3969/j.issn.0529-1542.2017.03.007 |
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| 作者姓名： | 唐培安 陶冶心 薛 昊 袁明龙 |
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| 作者单位： | 1. 南京财经大学食品科学与工程学院/江苏省现代粮食流通与安全协同创新中心,南京,210023;2. 草地农业生态系统国家重点实验室/兰州大学草地农业科技学院,兰州,730020 |
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| 基金项目： | 粮食公益性行业科研专项(2014130072,20151300253);国家重点研发计划专项(2016YFD040100404);江苏省高校优势学科建设工程 |
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| 摘 要： | 基于印度谷螟转录组测序数据筛选其功能微卫星(EST-SSR)分子标记,设计该虫的微卫星(SSR)引物并验证其适用性。用MicroSAtellite微卫星搜索软件查找印度谷螟转录组中微卫星的数量、重复次数以及所有微卫星的位置信息,采用Primer Premier 5软件设计SSR引物,并进行PCR验证。结果表明含EST-SSR的序列3 173个,占总搜索序列的8.52%,平均每13kb中就出现1个EST-SSR。共发现192种微卫星类型,其中重复单元为单碱基、二碱基和三碱基的比例较高,依次是28.21%、39.84%、25.43%。除单碱基重复单元外,出现频率最高的是AT/AT,有593次。在66对印度谷螟EST-SSR引物中,有28对PCR扩增成功。这说明基于印度谷螟转录组数据开发微卫星标记是可行的,本研究获得的印度谷螟EST-SSR位点为今后开展该虫的种群遗传学研究提供了基础数据。
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| 关 键 词： | 转录组 高通量测序 螟蛾科 微卫星 分子标记 |
| 收稿时间： | 2016-06-22 |
| 修稿时间： | 2016-08-02 |
Analysis of microsatellite loci in Plodia interpunctella based on transcriptome dataset |
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| Tang Peian,Tao Yexin,Xue Hao,Yuan Minglong. Analysis of microsatellite loci in Plodia interpunctella based on transcriptome dataset[J]. Plant Protection, 2017, 43(3): 43-48. DOI: 10.3969/j.issn.0529-1542.2017.03.007 |
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| Authors: | Tang Peian Tao Yexin Xue Hao Yuan Minglong |
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| Affiliation: | 1. College of Food Science and Engineering/Collaborative Innovation Center for Modern Grain Circulation and Safety, Nanjing University of Finance and Economics, Nanjing 210023, China; 2. State Key Laboratory of Grassland Agro-Ecosystems/College of Pastoral Agricultural Science and Technology, Lanzhou University, Lanzhou 730020, China |
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| Abstract: | |
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