云南省部分养殖场鸡传染性贫血病毒核酸检测及VP2基因序列分析

为了解云南省鸡传染性贫血病毒（chicken anemia virus，CAV）的流行及其VP2基因变异情况，2017—2020年，在昆明市、楚雄州、大理州、红河州、玉溪市等家禽养殖密集区的89个鸡场，采集422份疑似病鸡肝脏样品，通过PCR方法检测CAV核酸。结果显示，检出阳性245份，平均阳性率为58.06%；不同年份的CAV核酸阳性率为53.61%~60.91%，不同区域核酸阳性率为51.68%~63.52%。对3份CAV阳性样品进行VP2基因序列分析，发现核苷酸序列同源性为99.6%~99.8%，与参考毒株1852TW和N7的核苷酸同源性为99.6%~99.8%，均属于GroupA分支。结果表明：云南省普遍存在CAV感染，且感染较严重；VP2基因仍可作为PCR病毒核酸检测的首选目标基因。通过加强鸡群CAV监测，淘汰阳性鸡群和结合疫苗免疫，可减少该病造成的损失。     

甘蔗热带种金属硫蛋白家族基因的克隆及响应重金属胁迫的表达分析

金属硫蛋白是一类富含巯基的低分子量蛋白,在植物的重金属解毒及细胞氧化还原调控等方面起重要的作用。本研究以甘蔗热带种Badila组培苗为材料,分别测定了其在CdCl2、ZnSO4和CuCl2水溶液培养条件下地上部和地下部的重金属含量,结果显示其对上述3种重金属有较强的耐受与富集能力。继而克隆了ScMT1(登录号为KJ504373)、ScMT2-1-5(登录号为MH191346)和ScMT3(登录号为KJ5043704)3个金属硫蛋白家族基因,它们分别属于植物MT亚家族中的MT1、MT2和MT3型基因。ScMT1含有1个内含子和2个外显子,开放阅读框(Open Reading Frame,ORF)长228 bp,编码75个氨基酸;ScMT2-1-5含有2个内含子和3个外显子,ORF长246 bp,编码81个氨基酸;ScMT3含有1个内含子和2个外显子,ORF长198 bp,编码65个氨基酸。RT-qPCR显示,Cd2+胁迫下,在甘蔗地上部和地下部,ScMT2-1-5均连续显著上调表达,而ScMT1的上调应答出现延迟。ScMT3在地上部的上调应答出现延迟,在地下部呈“扬-抑”趋势,提示甘蔗响应Cd^2+胁迫过程中ScMT2-1-5起更积极的作用,ScMT1参与胁迫后期的分子响应,而ScMT3不起主导作用。Cu^2+胁迫下,地上部ScMT1连续显著上调表达,ScMT2-1-5和ScMT3呈总体上调的表达趋势;地下部,ScMT1和ScMT2-1-5的上调表答均出现延迟,仅在胁迫后期显著上调表达,而ScMT3仅在胁迫前期显著上调表达。该结果提示了ScMT1、ScMT2-1-5和ScMT3在Cu2+胁迫响应过程中的协作关系,三者共同参与了地上部的胁迫响应,其中ScMT1起更积极的作用;此外三者还先后参与了地下部对Cu^2+胁迫的分子响应。Zn^2+胁迫下,ScMT1和ScMT3分别仅在地上部和地下部显著上调表达;ScMT2-1-5在地上部和地下部均呈“扬-抑”的应答趋势;提示了在甘蔗响应Cd^2+胁迫应答过程中ScMT1和ScMT3分别在地上部和地下部起主要作用,ScMT2-1-5参与了胁迫前期的分子响应。ScMT1、ScMT2-1-5和ScMT3在甘蔗不同组织中及在重金属(Cd^2+、Zn^2+或Cu^2+)不同累积水平下呈现出相似或互补的应答特性,提示上述甘蔗MT家族不同成员在重金属解毒及细胞氧化还原调控等方面产生了功能分化,且三者在应对过量Cd^2+、Zn^2+或Cu^2+对甘蔗组织造成伤害的过程中存在时空上的协同作用。该研究为深入理解多倍体植物甘蔗中MT家族各成员基因在重金属耐受过程中的协同作用机制奠定了基础。     

基于rDNA-ITS序列的甘肃甘南野生羊肚菌遗传多样性分析

通过对采自甘肃甘南藏区的16株野生羊肚菌菌株进行分子生物学分析,对rDNA基因内转录间隔区(ITS)片段进行PCR扩增并测序,测序结果在GenBank中进行BLAST比对,鉴定得知,16株供试羊肚菌共归纳为5种,分别为黑脉羊肚菌(Morchella angusticeps)、羊肚菌(Morchella esculenta)、高羊肚菌(Morchella elata)、粗腿羊肚菌(Morchella crapssipes)和尖顶羊肚菌(Morchella conica)。根据采用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建的分子进化树得知,2种分子进化树拓扑结构相似,并且Bootstrap验证显示,系统发育树各分支都有很高的支持率,说明其系统关系有很高的可信度。结果可为该地区羊肚菌(Morchella spp.)的系统分类提供较为准确的分子性状依据。     

玉米转基因成分的检测探讨

本文以实时荧光PCR检测技术为例,对于玉米转基因成分进行分析.在具体处理中,会组建实验来完成阳性质粒、调控元件、目的基因、标记基因等内容的检测,从而积累有价值的数据信息,为后续同类型检测活动的顺利开展奠定基础.     

旋毛虫Serpin基因在不同发育时期的mRNA表达水平变化及虫体表达特性

为研究旋毛虫丝氨酸蛋白酶抑制剂(Serpin),基因在不同发育时期的mRNA表达水平变化,本研究应用实时荧光定量PCR技术对不同发育时期的虫体的Serpin在mRNA表达水平进行检测。同时利用鼠抗重组蛋白血清对Serpin在旋毛虫成虫、新生幼虫、成囊前期幼虫及肌幼虫中进行定位,以鉴定该Serpin基因的表达特性。研究结果显示,在成虫时期,3 d时表达量明显高于6 h和5 d的表达量(P﹤0.05);成囊前期表达量很低,其中18 d时表达量最低(P﹤0.05);肌幼虫时期在26 d、38 d和48 d均有大量表达(P﹤0.05)。免疫荧光染色结果表明,Ts Serpin蛋白在5 d成虫期的体表表达;在新生幼虫和14 d成囊前期幼虫的体内体表均有表达;38 d肌幼虫时期明显可见表皮及体内均有表达。本实验为探究旋毛虫在宿主体内免疫逃避机制奠定基础。     

寨卡病毒SYBR GreenⅠreal-time PCR方法的建立及应用

为建立一种针对寨卡病毒的快速诊断方法,本研究根据寨卡病毒的3’端保守基因序列,设计合成1对引物,建立了检测寨卡病毒的荧光定量PCR方法。结果显示:所建立的检测方法的Ct值与标准品在1.41×10^1~1.41×10^10^ copies/μL具有良好的线性关系,相关性为1,斜率为-3.502;灵敏性结果显示,该方法的检测限度为1.41×10^1 copies/μL,是普通PCR的10000倍;特异性结果显示,对CHIKV、DENV和JEV无特异性扩增,特异性强;重复性试验结果显示,组内和组间变异系数均小于1%,重复性好。本研究建立的SYBR Green I real-time PCR检测方法,可用于寨卡病毒感染的快速诊断。     

德宏州番茄病毒病发生情况调查及其毒源种类

对德宏州番茄主产区病毒病发生情况进行调查,番茄病毒病在德宏州主要番茄主产区均有发生,发病症状主要以黄化曲叶、皱缩、矮化、花叶、蕨叶、脉突、叶片发紫为主,单独或混合发生,一般发病率在5%～30%,严重的达80%以上,个别田块达100%。对采自德宏州4个县市的85份番茄样品进行了DAS-ELISA、dot-ELISA检测以及PCR检测。检测结果表明,在检测的85份样品中,有58份番茄样品感染了所检测病毒,病毒检出率为68.24%,病毒种类有12种,其中以双生病毒科的泰国番茄黄化曲叶病毒(TomatoSyellowSleafScurlSThailandSvirus)为主,占27.06%,其次是番茄斑萎病毒属(Tospovirus)的番茄环纹斑点病毒(Tomato zonate spotted virus,TZSV)占22.41%,烟草曲茎病毒(TobaccoScurlySshootSvirus,TbCSV)占7.06%,中国番茄黄化曲叶病毒(Tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)占5.17%,越南番茄黄化曲叶病毒(TomatoSyellowSleafScurlSSVietnam virus)占3.45%。     

大花君子兰叶绿体基因组及其特征

采用Illumina MiSeq测序平台对大花君子兰（Clivia miniata）叶片总DNA进行测序，通过组装获得了其叶绿体基因组（cpDNA）全长序列（158 114 bp）。对其cpDNA注释得到135个基因，包含87个蛋白编码基因、40个tRNA基因和8个rRNA基因。采用生物信息学方法对获得的cpDNA进行简单序列重复（SSR）分析和密码子偏好性分析。结果显示：①大花君子兰cpDNA中共有61个SSR位点，其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复数分别为38、9、2、8、3和1个，多数SSR分布在基因间隔区；②大花君子兰cpDNA密码子偏爱以A或U（T）结尾，亮氨酸使用频率最高，半胱氨酸使用频率最低。基于24种植物的cpDNA全长和23种植物的叶绿体ycf2基因序列进行系统发育分析，结果显示大花君子兰与石蒜科植物在同一分支，显示最近的亲缘关系，支持大花君子兰属于石蒜科。基于叶绿体ycf2的系统发育分析结果与基于cpDNA全长的系统发育分析研究结果大部分相同，支持ycf2基因可以代替cpDNA全长用于植物系统发育分析。