中国樱桃LTR类反转录转座子反转录酶序列的克隆和分析

利用同源序列法根据Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录转座子反转录酶保守区设计简并引物,从中国樱桃(Prunus pseudocerasus Lindl.)中分别扩增出约260和430 bp的目标片段,并进行克隆、测序、序列分析及转录活性检测。共获得44条Ty1-copia类反转录酶序列,13条Ty3-gypsy类反转录酶序列,序列间显示高度异质性,部分序列存在缺失、终止密码子及移码突变。系统发育树显示Ty1-copia可以分为TAR、Ale两类,Ty3-gypsy可以分为Tat、Reina、Tekay等3类。Ty1-copia和Ty3-gypsy类反转录酶dN/dS值均小于1,并且Ty3-gypsy高于Ty1-copia。13条Ty1-copia以及7条Ty3-gypsy反转录酶序列在樱桃正常生长条件下均有转录活性,但不受8种非生物胁迫的诱导。PpRT7在高温(42℃)胁迫24 h时转录活性升高,并且具有组织特异性。     

进境荷兰郁金香种苗中南芥菜花叶病毒的鉴定

为了防止南芥菜花叶病毒(Arabis mosaic virus,ArMV)传入我国,采用血清学、分子生物学、电镜观察及生物学接种等方法对从荷兰进口的郁金香种苗进行了ArMV检测。结果表明:ArMV血清学反应为强阳性;RT-PCR反应扩增出370bp的特异性目标条带;RT-PCR产物与已报道的3个ArMV部分外壳蛋白基因的核苷酸序列同源性为91.00%～93.24%,氨基酸序列同源性为99%～100%;免疫电镜观察到叶片病汁液中含有直径约30nm的球状病毒粒体;该病毒在黄花烟、白肋烟、矮牵牛和昆诺藜等鉴别寄主上引起坏死和褪绿等典型症状,经DAS-ELISA检测,这些接种寄主均呈ArMV血清学阳性反应。故将该病毒鉴定为南芥菜花叶病毒。     

百合品种IRAP指纹图谱构建

IRAP（inter—retrotransposon amplified polymorphism）是一种基于反转录转座子的分子标记技术。文章参考烟草中的反转录转座子Tnt1的LTR保守区域设计引物,对52个百合品种进行IRAP扩增,共扩增出165条多态性带,每个品种的扩增位点数介于0～8之间,据构建的指纹图谱可将供试百合品种完全区分开。     

广西巴马小型猪卵泡抑素(Follistatin)cDNA的克隆和序列分析

从广西巴马小型猪的卵巢中提取总RNA，并以其为模板，应用逆转录一聚合酶链式反应(RT—PCR)，在合成的特异性引物引导下，扩增得到巴马小型猪卵泡抑素(Follistatin) cDNA的全序列，长度为1035bp。该扩增片段经纯化后，连接到pMD18-T载体上扩增。经序列分析结果表明，本研究中克隆的猪卵泡抑素cDNA序列与GeneBank中已报道的家猪卵泡抑素同源性高达99．4％，与奶牛、家鼠、挪威鼠和马等其他物种的卵泡抑素cDNA序列间同源性也大于89％。     

全基因组水平蒺藜苜蓿反转录转座子IRAP分子标记开发及应用

由于苜蓿品种间遗传差异日益缩小,通过传统形态学鉴定表型愈加困难。在苜蓿育种过程中,利用分子标记可大大提高育种效率和品种鉴定。反转录转座子长末端重复序列（LTR）广泛分布在植物基因组中,基于LTR的分子标记具有丰富的多态性和高信息量等优势,被广泛用于物种品种鉴定、评价种质资源多样性等方面。本研究在全基因组水平鉴定和设计了大量蒺藜苜蓿LTR反转录转座子扩增多态性（IRAP）标记,并利用其对国内外40个紫花苜蓿种质资源进行遗传多样性分析。结果表明,根据设计开发出的431个IRAP引物,并按照其染色体位置信息组合获得69对IRAP引物。利用筛选出的37对多态性引物组合共扩增出325个等位位点,平均每个标记可产生8.8个等位位点;多态性条带比率（PPB）为50%~100%,平均值为79.9%;多态性信息含量（PIC）的范围为0.34~0.88,平均值为0.69。基于遗传相似系数（GS）对供试品种采用算术平均值非加权组平均法（UPGMA）进行聚类分析,以0.82为阈值可将40份供试材料分为4类,其分组结果与不同材料地理分布信息以及STRUCTURE分析相对一致。本研究首次在蒺藜苜蓿全基因组水平上开发了IRAP分子标记并在紫花苜蓿种质资源中进行评价与应用,获得的大量IRAP分子标记可对后续苜蓿品种的鉴定保护以及遗传背景分析提供技术支撑。     

用基于反转录转座子的分子标记IRAP分析茄子品种的遗传多样性

IRAP（Inter Retrotransposon Amplified Polymorphism）是一种基于反转录转座子的分子标记技术。本文应用几种Copia类型的反转录转座子进行引物设计,封35份茄子栽培品种进行了基于IRAP的遗传多样性分析。根据Tnt1,Tto1,Tnd-1和Bare-1设计的6个引物共扩增出195条带,多态性带179条,多态性比率平均为91．8％,每个引物检测到多态性带25．33条,平均为29.8条。Nei’s遗传相似系数在0．3540-0．7752之间,平均相似系数为0．5901。多维尺度分析从分子水平将供试品种分为4个类群。     

苏太猪肌内脂肪沉积相关基因SRC-1的差异显示反转录PCR鉴定

采取90头180日龄去势苏太猪的背最长肌组织测定肌内脂肪含量,从中选取肌内脂肪含量差异极显著(P<0.01)的最高和最低各6头组成RNA 池,采用差异显示反转录PCR(DDRT-PCR)鉴定两组间差异表达的基因,结果共获得14条表达序列标签(expressed sequence tags),即EST序列,通过GenBank比对发现其中3条为已知序列.为进一步验证这3个已知基因与肌内脂肪之间的关系,从90个个体中选取肌内脂肪最高和最低各15个个体进行实时定量PCR检测.结果表明,细胞核受体共激活因子1基因(SRC-1)mRNA表达水平与肌内脂肪含量存在负相关关系(r=-0.38,P<0.05).提示:SRC-1蛋白有可能参与了肌内脂肪沉积的调节.     

miR-155体外特异性靶向鸡内源性反转录病毒ALVE1 env转录物的研究

通过生物信息学方法,发现了鸡内源性反转录病毒禽白血病E1(ALVE1)的env转录物存在gga-miR-155作用位点(AGCATTA),并在体外验证其靶位点的活性。将鸡胚成纤维细胞(CEF)基因组中扩增的ALVE1 env转录物构建至荧光素酶报告载体pmir GLO,获得重组质粒pmirGLO-ALVE1-ENV-WT(野生型),并利用重叠PCR将其miR-155作用位点AGCATTA突变为ATTCAAA,然后构建重组质粒pmir GLO-ALVE1-ENV-MU(突变型),同时将gga-miR-155前体序列构建至pc DNA3.1载体,获得重组质粒pc DNA3.1-gga-miR-155,将这些质粒共转染至DF-1细胞中,48 h后收集细胞并检测荧光素酶活性。结果发现:野生组能显著下调pmir GLO-ALVE1-ENV-WT荧光素酶活性,而对照组无显著改变;对照组和突变组均未能改变pmir GLO-ALVE1-ENV-MU荧光素酶活性。本研究证实gga-miR-155可直接靶向ALVE1 env转录物,为鸡内源性反转录病毒的调控机制提供了新的启示。     

Comparing Genetic Characteristics of Retrotransposon TOS17 During Different Tissue Culture Processes in the Rice Cultivars Nipponbare and Shishoubaimao

As a retrotransposon, TOS17 was a useful tool for rice genetic and functional genomic research. To ascertain the feasibility of constructing a TOS17 insertion mutation library in the rice cultivar Shishoubaimao, the genetic and expression characteristics of TOS17 were analyzed. We made solid and suspension tissue cultures and confirmed the copy numbers of TOS17 at different time points in both tissue culture processes by real-time quantitative PCR （RT-qPCR）. Three primary copies of TOS17 were detected in naturally grown Shishoubaimao. TOS17 was activated by tissue culture, and the copy numbers of TOSI7 increased along with a prolonged tissue culture time in both the Nipponbare and the Shishoubaimao cultivars. Therefore, Shishoubaimao is a potential candidate for constructing a TOS17 insertion mutant library. Compared with Nipponbare, TOS17 was more active in Shishoubaimao during tissue culture. Higher copy numbers of TOS17 were obtained with the suspension tissue culture process than with the solid tissue culture process over the same time courses. We concluded that 3-4 months of suspension tissue culture time is suitable for constructing a TOS17 insertion mutant library in Shishoubaimao.