番石榴ISSR-PCR最适反应体系的建立与验证

为更好的将ISSR标记应用于番石榴种质研究,本研究以“维邦2号”番石榴DNA为筛选体系试验材料,采用单因子试验对ISSR反应中Mg2+浓度、dNTPs浓度、引物浓度、Taq酶浓度、DNA浓度进行了优化。实验结果表明,番石榴20µl最适反应体系为：2.0µl 10×Buffer,1.0mmol/L Mg2+,0.25mmol/L dNTPs,0.8mmol/L引物,0.2U Taq酶,10ng的DNA。利用该反应体系,选用引物UBC810对9份番石榴种质进行PCR反应,再选取“南宁本地番石榴实生2号”DNA作为模板对8条ISSR引物进行PCR反应,对所确立的扩增体系进行验证。结果显示扩增产物条带多态性丰富,且特异性强、重复性好,表明本研究所确定的反应体系适用于番石榴的ISSR分子标记。     

利用ISSR标记对12种五针松亲缘关系的研究

采用ISSR 标记技术,对12 种五针松的亲缘关系进行分析。利用筛选出的12 个ISSR 引物共检测到117 个位点,多态条带比率(PPB)在9.40%～33.33 %之间,遗传分化最高的是偃松,最低的是柔枝松。12 种五针松的基因多样性(Ht)为26.21%,其中种内基因多样性(Hs)为7.66%,种间基因多样性(Dst)为18.55%,五针松种间变异占总变异的70.78%。遗传距离聚类,将12 种五针松分为2 个类群,第一类群包括乔松、华山松、海南五针松、华南五针松、北美乔松、山白松和云南五针松;第二类群包括美国白皮松、偃松、、柔枝松、西伯利亚红松和红松。图1 表3 参6。     

不同发育时期菊芋块茎DNA提取效果比较研究

为筛选菊芋块茎DNA提取的适宜生育时期,以“青芋1号”菊芋品种为试材,用改良CTAB法对不同发育时期菊芋块茎DNA进行提取,经琼脂糖凝胶电泳及全波长分光光度计检测总DNA的纯度、浓度及质量,选用4条ISSR引物进行PCR验证.结果表明:不同发育时期提取菊芋块茎DNA效果较好,DNA浓度呈现单峰曲线变化,峰值出现在第9周,与琼脂糖凝胶电泳检测呈现的亮度结果一致,PCR验证结果显示,提取的DNA能够满足后续相关分子生物学的要求.     

利用RAPD-PCR与ISSR-PCR标记技术分析长江口刀鲚的群体遗传结构

利用RAPD-PCR及ISSR-PCR两种分子标记技术对长江出海口两年3个群体的52条刀鲚（Goiliaectenes）进行群体遗传结构的分析。在3个群体中，利用RAPD-PCR标记技术，15个10bp随机引物共检测到110条带，多态性为0．490～0．657，Shannon多样性指数为18．63～22．38，Nei平均遗传距离为0．1195～0．1454；而利用11个ISSR引物所获得的相应结果分别为67、0．576～0．682、11．56～13．66以及0．117～0．147。相关性分析表明这两种技术所获得的上述数据呈正相关（r=0．95，P〈0．05）。AMOVA结果显示，3个群体按采集时间划分成的两年之间的遗传变异不超过总变异的1．1％，同一年内群体间的遗传变异也分别只占总变异的6．99％（RAPD）和2．75％（ISSR-PCR），群体内各个体之间的遗传变异占总变异的96％（P〈0．0001），说明两年内所采集的3个群体之间基本上没有产生遗传分化。基于样品之间的Nei遗传距离所构建的Neighborjohing聚类图也清楚地显示出没有按采样的时间产生群体的遗传分化。对各样品之间的Nei遗传距离及Neighbor-joining聚类图分别经Mantel检测及支序分析，发现ISSR-PCR技术所获得的结果与RAPD-PCR技术的结果不存在明显的正相关，但ISSR-PCR标记技术具有在待测样品中能检测到高多态性等优点。     

龙荔基因组DNA的提取及ISSR-PCR体系的建立与优化

应用改良的CTAB法提取龙荔基因组DNA,探讨龙荔ISSR-PCR扩增反应体系的建立和优化。结果表明,经过改良的CTAB法提取龙荔基因组DNA效果良好,所提取的DNA纯度较高,符合ISSR-PCR反应的要求;龙荔ISSR-PCR最佳反应体系（反应总体积20μl）：1×Buffer缓冲液（含适量Mg^2＋）,1 UTaqDNA聚合酶,0.20 mmol/L dNTP,0.25μmol/L引物,DNA模板70-80 ng/μl,退火温度53-54℃。     

龙眼ISSR-PCR反应体系的优化及指纹图谱初探

以立冬本龙眼DNA为模板研究了龙眼ISSR-PCR反应体系的主要成分对ISSR扩增结果的影响,并探讨了构建龙眼指纹图谱的可行性。结果表明:在25μL的PCR反应体系中Mg2 的最适浓度为2.0 mmol.L-1;dNTP最适浓度为0.2 mmol.L-1;引物的最适浓度为0.7μmol.L-1;模板20 ng;Taq DNA聚合酶用量为1.5 U。利用优化后的反应体系对福建不同地区龙眼基因型进行了ISSR扩增,扩增产物在250 bp~2 kb;利用丰富的多态性DNA谱带构建了12个基因型龙眼的指纹图谱。     

ISSR-PCR技术及其在水产生物遗传多样性研究中的应用

简单重复序列间扩增(Inter-simple sequence repeat PCR,ISSR-PCR)是基于微卫星序列创建的分子标记方法,具有中性、量大的优点,并以重复性好、操作简单、多态性丰富及适合大样本基因组DNA的检测而被广泛应用于动植物种质资源、种群遗传多样性、标记辅助选择、性状分析与种系发生学等方面的研究.文章对ISSR-PCR技术的原理、方法、特点及其在水产生物遗传多样性研究中的应用现状和前景进行综述,以期为ISSR-PCR技术在水产生物遗传多样性研究中的有效应用提供理论参考.     

长春花ISSR-PCR 反应体系的正交优化

[目的]筛选最适的长春花ISSR-PCR反应体系。[方法]采用正交试验方法,对影响长春花ISSR-PCR反应体系的引物浓度、dNTP浓度、Mg2＋浓度、TaqDNA聚合酶浓度和模板DNA浓度5个因素在4个水平上进行正交试验,建立适合长春花ISSR-PCR的反应体系。[结果]长春花ISSR-PCR反应体系的最佳条件：引物浓度0.50μmol/L,dNTP浓度0.10 mmol/L,Mg2＋浓度3.00 mmol/L,Taq酶浓度0.75U/25μl,DNA模板浓度350 ng/25μl。采用该反应体系筛选出12对适合于长春花ISSR-PCR反应的引物。[结论]利用优化系统进行长春花的ISSR-PCR反应,可获得稳定性高、重复性好、背景清晰的电泳结果。     

黑翅土白蚁ISSR-PCR体系的建立与优化

采用单因子梯度优化的方法,对已初步建立的黑翅土白蚁ISSR-PCR的反应体系在dNTPs浓度、Mg²⁺浓度、引物浓度、模板量及TaqDNA聚合酶用量等方面进行了优化。结果表明,适用于黑翅土白蚁的ISSR-PCR反应体系中各因素的最佳浓度分别为：dNTPs 0.2 mmol·L^-1,Mg²⁺ 3.0 mmol·L^-1,引物浓度0.4 μmol·L^-1,模板用量DNA 20 ng,TaqDNA聚合酶2.5 U。     

漾濞泡核桃ISSR-PCR反应体系的建立和优化

以漾濞泡核桃优株为研究对象,研究其ISSR-PCR反应体系中的5个影响因子(模板DNA浓度、Taq DNA聚合酶浓度、引物浓度、dNTPs浓度、Mg2+浓度)对PCR扩增效果的影响,从而建立起漾濞泡核桃的最佳ISSR-PCR反应体系。结果表明:模板DNA最佳浓度为50 ng/(25μL),Taq聚合酶浓度为0.75U/(25μL),引物浓度为0.7mmol/L,dNTPs浓度为0.20mmol/L,Mg2+浓度为2.0mmol/L,利用该最佳体系对试验中所选取的样本进行扩增反应。建立了适宜于漾濞泡核桃的ISSR-PCR扩增的最佳体系,该体系的建立为利用ISSR分子标记技术对漾濞泡核桃进行种质资源研究奠定了基础。