16S rRNA在兽医病原菌分类鉴定中的应用

介绍16S rRNA基因的特点，阐述其用于病原菌分类鉴定的基本原理，综述其在兽医病原菌分类鉴定中的应用。     

25s rRNA 基因部分序列比较在香菇栽培菌种鉴定上的应用

对目前中国7个主要香菇栽培品种：科，26，939，135，9311，申10和7402和25s rRNA基因中的D1／D2片段进行了DNA序列测定，根据DNA序列测定结果对它们之间的同源性进行了分析。结果表明，所测定的7个香菇栽培品种之间的亲缘关系非常近，同源性很高。通过聚类分析，根据香菇之间的亲缘关系，可以将这7个品种分为2类，即苏香，939和9311为一类，26，申10，135和7402为一类。     

嗜吞噬细胞无浆体SYBR GreenⅠ荧光定量PCR检测方法的建立及应用

为建立荧光定量PCR方法检测嗜吞噬细胞无浆体(Anaplasma phagocytophilum),针对GenBank A.phagocytophilum 16S rRNA基因保守序列(JN558815),设计1对引物1-25F/183-205R。以已知引物EE1/EE2和该引物进行巢式PCR扩增出预期大小片段(205bp),构建含有16S rRNA基因的重组质粒,以质粒为模板构建了标准曲线。以1-25F/183-205R为荧光定量PCR引物,建立A.phagocytophilum荧光定量PCR检测方法,并进行特异性、敏感性、重复性试验和临床样本检测。结果表明,该方法在6.4×10~3~6.4×10~8 copies/μL相关系数为0.99,显示出良好的线性关系;所建方法能特异地检出A.phagocytophilum,对绵羊无浆体、牛无浆体和环形泰勒虫基因组DNA和灭菌双蒸水均无交叉反应;可检测到6.4×10~2 copies/μL的标准质粒DNA,比常规PCR敏感性高100倍;批内及批间变异系数均低于2.0%,具有较高的重复性和稳定性;利用该方法对30份羊血液临床样品检出率比巢式PCR高16.67%。该研究为A.phagocytophilum临床检测和定量分析病原感染程度奠定理论基础。     

从死胎流产的母貉体内检出1株犬链球菌

为确定引起母貉死胎、流产的病原,采集流产仔貉脏器,流产母貉阴道分泌物进行病原菌的分离培养、纯培养、形态观察、致病性试验确定分离菌株为致病菌。并采用ATB全自动生化鉴定系统进行生化鉴定,鉴定该菌为犬链球菌(S.canis)。该菌的16S rRNA基因系统发育树分析结果表明,分离菌与S.canis同源性达94.5%~99.3%。溶血活性结果表明,该病原菌在血平板上呈β型溶血。药敏试验显示,该菌对阿莫西林、氧氟沙星、磷霉素、头孢他啶等药物敏感。     

苦豆子内生拮抗放线菌的筛选及活性菌株鉴定

以6种植物病原真菌为靶标菌,采用皿内对峙培养法,对126株苦豆子内生放线菌进行了抗菌活性筛选。结果表明:15株菌具有较高的抑菌活性,占总菌株数11.9%,其中菌株YWZKDS4和NDZKDS65对稻瘟病病菌和黄瓜枯萎病菌的抑菌带宽度最大,分别为15.12mm和18.54mm;菌株NDZKDS22具有广谱抗菌活性,它们的抑菌带宽度均大于10mm以上;根据形态特征和16SrRNA基因序列同源性分析,3株活性菌株YWZKDS4、NDZKDS22、NDZKDS65分别与Streptomyces scabiei、Streptomyces albospinus和Streptomyces capillispiralis亲缘关系最近,序列相似性分别为99.1%、96.4%、98.8%。试验结果表明,苦豆子内生放线菌对6种植物病原真菌具有较好的抑菌活性。     

青海省藏羊片形吸虫18S rRNA基因的扩增及虫种鉴定

为了进一步确定青海地区藏羊体内片形吸虫,并为青海省藏羊体内片形吸虫的分类研究提供科学的参考依据,取片形吸虫基因组DNA,利用保守引物,PCR扩增18S r RNA片段并测序。应用DNAMAN软件用对所测得的序列与Gen Bank中已经发布的大片吸虫(Fasciola gigantica)和肝片吸虫(Fasciola hepatica)的18S r RNA序列进行比对分析。结果发现测得目的片段长度为1 737 bp,测得序列与大片吸虫18S r RNA序列相似度为92.98%,与肝片吸虫的18S r RNA序列相似度为99.77%,从而进一步确定所采虫体为肝片吸虫。     

微生物菌群培养组学在动物医学中的应用

实验室条件下可培养的微生物约占自然界中微生物总数的1%，这限制了人们对99%未知微生物的认识和利用，而研究表明，那些“不可培养的微生物”是可以被开发和利用的，未能被纯培养的微生物才是未知微生物的主体。微生物培养组学探索利用多种培养条件和长时间的培养，结合基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法（MALDI-TOF-MS）和16S核糖体RNA（rRNA）测序可以大规模鉴定各种微生物，同时利用全基因组测序和宏基因组测序手段对未知微生物进行深入分析。本文综述了国内外近年来微生物菌群培养组学在反刍动物胃肠道、禽类盲肠及家畜鼻腔微生物菌群研究中的最新进展，探讨将动物体内菌群培养组学方法应用于动物疾病防治领域的可行性。作为一个新兴的研究方法，尽管该培养组学还存在一些不够成熟的方面，但它的发展前景十分广阔，微生物菌群培养组学方法和其他研究方法的互补已经逐渐成为发展兽医微生物学新的突破口。     

Isolation and Identification of Cellulase-producing Bacillus in Yak Rumen

To investigate the species of cellulase-producing Bacillus in yak rumen,10 samples of rumen content were aseptically collected from 10 adult Maiwa yaks to isolate the heat-resistant Bacillus by water bath at 80 ℃ for 20 min.The cellulase-producing strains were screened using the CMC-Na medium and Congo red staining.The 16S rRNA gene sequence of those cellulose-producing strains were amplified and sequenced.The results showed that 64 strains were isolated from the 10 samples.Total 23 strains were identified as cellulase-producing bacillus,including 16 strains of Bacillus cereus,7 strains of Bacillus thuringiensis.Furthermore,phylogenetic analysis showed that the 16 Bacillus cereus strains were clustered into two branches:One isolate was clustered into a branch alone,the other 15 isolates were clustered into a branch which clustered into 5 small branches,showing that there was certain genetic diversity in the isolates of Bacillus cereus.And all 7 Bacillus thuringiensis strains were clustered into a branch.Hence,the results layed the foundation of investigating the species of cellulase-producing Bacillus in yak rumen and developing probiotics special for yak.     

鼠源细胞TaqMan实时荧光定量PCR检测方法的建立

为对鼠源细胞进行鉴别检测,以鼠线粒体16S rRNA基因序列为靶位点设计特异性引物及探针,建立实时荧光定量PCR检测方法,并评价该方法的特异性及敏感性。结果显示,所建立的检测方法特异性好,针对鼠源细胞基因组荧光定量PCR扩增曲线良好,其他物种来源细胞基因组及生物制品原辅材料未出现特异性扩增曲线;敏感性高,基因拷贝数检出限度为45.3拷贝。本试验建立的荧光定量PCR检测方法能够有效地对鼠源细胞进行快速检测,为细胞质量控制提供了有效方法。     

影响猪采食行为的肠道微生物种类鉴别

动物主要通过采食来获取能量和所需营养物质,探索肠道菌群对猪采食行为的影响并研究其潜在的作用机制,可以为后续通过调控肠道菌群来改善猪采食提供理论基础。以210头商业杜洛克猪为研究对象,使用自动喂料器记录包括平均日采食时间(ADET)、平均日采食次数(ADEV)、平均日采食量(ADFI)等采食行为指标。140日龄时于肛门处收集粪便样品,通过16S rRNA基因V3-V4区测序获得试验猪肠道微生物结构与组成概况,采用Two-part模型以及共丰度组(CAGs)鉴别与猪采食行为相关的肠道微生物种类。结果显示：1)表型间相关性分析结果表明,ADET分别与ADEV(r=0.41,P<0.05)、RFI(r=0.32,P<0.05)呈显著正相关,ADFI分别与RFI(r=0.56,P<0.05)、平均日增重(ADG)(r=0.63,P<0.05)呈显著正相关,另外,RFI与背膘厚呈显著正相关(r=0.16,P<0.05)。2)CAGs分析中,主要包括瘤胃球菌科(Ruminococcaceae)、拟杆菌目(Bacteroidales)以及颤螺菌属(Oscillospira...