大花君子兰叶绿体基因组及其特征

采用Illumina MiSeq测序平台对大花君子兰(Clivia miniata)叶片总DNA进行测序,通过组装获得了其叶绿体基因组(cpDNA)全长序列(158 114 bp)。对其cpDNA注释得到135个基因,包含87个蛋白编码基因、40个tRNA基因和8个r RNA基因。采用生物信息学方法对获得的cpDNA进行简单序列重复(SSR)分析和密码子偏好性分析。结果显示:①大花君子兰cpDNA中共有61个SSR位点,其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复数分别为38、9、2、8、3和1个,多数SSR分布在基因间隔区;②大花君子兰cpDNA密码子偏爱以A或U(T)结尾,亮氨酸使用频率最高,半胱氨酸使用频率最低。基于24种植物的cpDNA全长和23种植物的叶绿体ycf2基因序列进行系统发育分析,结果显示大花君子兰与石蒜科植物在同一分支,显示最近的亲缘关系,支持大花君子兰属于石蒜科。基于叶绿体ycf2的系统发育分析结果与基于cpDNA全长的系统发育分析研究结果大部分相同,支持ycf2基因可以代替cpDNA全长用于植物系统发育分析。     

甘蔗花叶病毒南城分离物外壳蛋白基因序列测定及分析

从江西南城甘蔗病株中获得1个甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)分离物,命名为SCMV-NCH。根据SCMV外壳蛋白(CP)基因N-端和C-端保守序列设计引物,对SCMV-NCH的CP基因进行RT-PCR扩增、克隆和测序,获得924个核苷酸(nt),推断编码308个氨基酸(aa)的近全长CP基因序列。与SCMV亚组SCMV、高粱花叶病毒(SrMV)、玉米矮花叶病毒(MDMV)、约翰逊草花叶病毒(JGMV)、玉米花叶病毒(ZeMV)、白草花叶病毒(PenMV)等6种病毒代表性株系外壳蛋白氨基酸序列同源性比较结果显示,SCMV-NCH与SCMV的同源性最高(86.2%),与其他5种病毒同源性相对较低(56.4%~72.2%)。与SCMV13个分离物外壳蛋白氨基酸序列进行同源性比较并构建关系树,结果显示SCMV-NCH与我国浙江2个分离物(Yuhang和Xiaosh)具有最近的亲缘发生关系。     

Saquayamycin B1 Suppresses Proliferation,Invasion, and Migration by Inhibiting PI3K/AKT Signaling Pathway in Human Colorectal Cancer Cells

Moromycin B (Mor B), saquayamycin B₁ (Saq B₁), saquayamycin B (Saq B), and landomycin N (Lan N), four angucyclines produced by the marine-derived actinomycete Streptomyces sp., are a class of polyketone compounds containing benzanthracene. Here, the structure–activity relationship of these four compounds was analyzed in human colorectal cancer (CRC) cells. Saq B₁, which showed the strongest cytotoxicity with an IC₅₀ of 0.18–0.84 µM for CRC cells in MTT assays, was employed to test underlying mechanisms of action in SW480 and SW620 cells (two invasive CRC cell lines). Our results showed that Saq B₁ inhibited CRC cell proliferation in a dose- and time-dependent manner. Notably, lower cytotoxicity was measured in normal human hepatocyte cells (QSG-7701). Furthermore, we observed proapoptosis, antimigration, and anti-invasion activities of Saq B₁ in CRC cells. At the same time, the protein and mRNA expression of important markers related to the epithelial–mesenchymal transition (EMT) and apoptosis changed, including N-cadherin, E-cadherin, and Bcl-2, in Saq B₁-treated CRC cells. Surprisingly, the PI3K/AKT signaling pathway was shown to be involved in Saq B₁-induced apoptosis, and in inhibiting invasion and migration. Computer docking models also suggested that Saq B₁ might bind to PI3Kα. Collectively, these results indicate that Saq B₁ effectively inhibited growth and decreased the motor ability of CRC cells by regulating the PI3K/AKT signaling pathway, which provides more possibilities for the development of drugs in the treatment of CRC.     

1株猫杯状病毒的分离鉴定及其ORF2序列的遗传演化分析

为了解猫杯状病毒形态特征及遗传演化情况,采用F81细胞从患病宠物猫的鼻拭子样品中分离获得1株猫杯状病毒(feline calicivirus,FCV),命名为SH1.经电镜观察,病毒粒子呈球形,无囊膜,符合FCV的形态特征.采用RT-PCR方法扩增了该毒株的全基因组,并进行了序列测定和衣壳蛋白基因(ORF2)序列的分析...     

小贯小绿叶蝉与其主要天敌空间关系研究方法的比较

天敌与目标害虫空间关系密切与否,直接关系到天敌对目标害虫的控制利用。为了选择较为理想的天敌与害虫之间空间关系的研究方法,本文用地统计学法、模糊相似优先比法,扩散系数法、空间生态位重叠指数法和聚块样方方差分析法研究‘黄山大叶种’茶园和‘农抗早’茶园天敌与小贯小绿叶蝉Empoasca onukii 空间关系密切程度,以地统计学法的结果为标准,以其前3位天敌粽管巢蛛Clubiona japonicola、斜纹猫蛛Oxyopes sertatus和鳞纹肖蛸Tetragnatha squamata的位次之和为据,根据位次差别评论5种研究方法研究结果的一致性。聚块样方方差分析方法研究结果与地统计学方法的结果差别较小,其次是扩散系数法和模糊相似优先比法,空间生态位重叠指数法研究结果与地统计学方法的结果差别较大。按照天敌与小贯小绿叶蝉空间关系密切程度位次分析,粽管巢蛛、斜纹猫蛛和鳞纹肖蛸是与小贯小绿叶蝉空间关系密切的前3种天敌。本文是对多种研究方法研究结果一致性进行比较的一种尝试,为分析天敌与害虫空间关系选择研究方法提供参考。     

相似穿孔线虫S型半胱氨酸蛋白酶基因克隆与序列分析

根据不同种类线虫编码半胱氨酸蛋白酶的保守序列及植物寄生性线虫的半胱氨酸蛋白酶氨基酸密码子的偏好设计简并引物,通过RACE技术,首次从相似穿孔线虫(Radopholus similis)中克隆得到一个编码S型半胱氨酸蛋白酶基因的cDNA全长,命名为Rs-CPS(GenBank登录号EU659125)。Rs-CPS基因全长为1112bp,编码314个氨基酸,分子量为34.69ku。分析结果显示:Rs-CPS氨基酸序列具有半胱氨酸蛋白酶家族典型的Cys-His-Asn三联体酶催化活性中心,而且N端有1个17个氨基酸残基组成的信号肽。     

TBTV卫星RNA不同分离物的序列测定及系统进化分析*

  利用RT-PCR方法对烟草丛顶病毒（tobacco bushy top virus,TBTV）卫星RNA不同分离物进行扩增和克隆测序,同时运用DNAMAN,MEGA,ClustalX等生物软件对TBTV和其它幽影病毒的卫星RNA核苷酸序列进行同源性比较,构建了幽影病毒属成员卫星RNA的系统进化树。E结果显示：TBTV不同分离物卫星RNA的核苷酸同源性为792%～990%。它们与幽影病毒属其它成员卫星RNA的核苷酸同源性为325%～441%。通过构建幽影病毒属成员卫星RNA的系统进化树可以看出：TBTV的卫星RNA与GRV的卫星RNA亲缘关系最近,与CMoMV的亲缘关系最远。     

玉兰黄化病病原的分子检测与鉴定

对表现叶片黄化的玉兰植株,利用植原体16S rRNA基因通用引物进行巢式PCR检测,得到1.4 kb的特异片段,将此片段克隆后进行序列测定、分析及构建系统关系树.结果表明,该片段与16SrI组中的各植原体同源率均达到99%以上,而与其他组的植原体16S rDNA序列的同源率均低于97%,认为该植原体株系为翠菊黄化植原体组中的成员之一.     

黄鳝肠道益生菌HY-136的鉴定与系统发育分析

对分离自健康黄鳝肠道118株菌进行点种法病原菌拮抗试验,结合产酶能力分析试验结果,得到了对病原菌拮抗作用显著和产酶能力较强的拟选菌株HY-136.通过对该菌株进行形态观察,常规生理生化鉴定和应用API 50 CHB鉴定盒鉴定,结果表明该菌与枯草芽孢杆菌属的形态及生理生化特征相似;进一步利用PCR技术对该菌株16S rRNA序列作测定与分析,序列结果在GenBank中进行Blast同源序列检索,并用Mage4.0软件与芽孢杆菌属的其它菌种进行序列分析比对,结果表明其与已报道的枯草芽孢杆菌序列(登录号为EU346662)具有99.8%的同源性,且二者在所构建的系统发育树上处于同一个分支.确定菌株HY-136为枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis).     

绵羊BMPR-IB基因在分子标记育种中的应用效果

[目的]分析小尾寒羊、德国美利奴、德国美利奴(♂)和小尾寒羊(♀)杂交一代(简称DF1)共204 只个体的单核苷酸多态性及其与产羔数间的关系.[方法]以绵羊BMPR-IB 基因作为候选基因,采用PCR-sscp 检测方法.[结果]B等位基因在小尾寒羊、德国美利奴、德寒杂交一代中的频率分别为0.660、0.532和0.600,基因频率及基因型频率在3个群体间的分布差异不显著(P>0.05).BB、B+、++型的产羔数分别为2.86、2.27和2.08,BB 型显著高于B+ 和++ 型(P>0.05),B+ 型显著高于++ 型(P>0.05).[结论]在以小尾寒羊为母本的杂交育种过程中,B等位基因是有效的辅助标记基因.