表达序列标签（ESTs）及其应用

表达序列标签(ESTs)是指从(ESTcDNA文库中随机挑取克隆并对其3’或5’端进行单轮自动测序所获得的短cDNA库列，一般长度为300～500bp。要有效获取ESTs，必须对cDNA文库进行预处理，处理方法有衰减杂交法、均一化法和差异显示法。在dbEST中收录了大量各种生物的ESTs。ESTs广泛应用于鉴定基因、发现新基因、电子克隆、构建遗传学图谱、制备DNA芯片、分子标记、研究基因的差异表达及检验病原微生物等方面。     

小兴安岭蕨类植物生态特性的研究

采用样线与样方相结合的调查方法，根据点相关系数及Ｘ＾２值连续性较正公式，测定了小兴安岭凉水自然保护区具有环境梯度的７个森林类型内主要蕨类植物的种间联结。结果表明：各林型均有其适生的蕨类类群，与该类群呈正联结的蕨类种其数量分布也多，反之刚少；具有环境梯度的不同林型序列，反映出蕨类植物适生生境的不同，据此，将本区主要蕨类植物分为４种生态类型。     

禽大肠杆菌外膜蛋白基因C(ompC)的序列分析

根据 Gen Bank中人源大肠杆菌 K- 12外膜蛋白基因 C(omp C)的核苷酸序列设计引物 ,应用 PCR方法从禽大肠杆菌 O2 、O78株及它们的融合双价弱毒菌株 O2 ,78(Norr Chlr)中分别扩增得到 omp C基因 ,序列测定及分析比较发现 ,3个菌株的 om p C基因均由 170 2 nt组成 ,核苷酸序列完全相同 ,只有 1个大的开放性阅读框 (ORF) ,长 10 92 bp,编码由 36 3个氨基酸组成的前 Om p C蛋白 ,前 2 1个氨基酸残基组成信号肽 ,成熟的 Omp C蛋白由 342个氨基酸残基组成 ,Mr为 4 0 0 0 0。其氨基酸序列也完全相同。从基因水平上证明了禽大肠杆菌 O2 、O78株及融合双价弱毒菌株 O2 ,78(NorrChlr)存在相同的外膜蛋白 C抗原 ,从而为进一步研究 Omp C蛋白的免疫原性奠定了基础     

Branched‐chain amino acid ratios in low‐protein diets regulate the free amino acid profile and the expression of hepatic fatty acid metabolism‐related genes in growing pigs

Liver metabolism is affected by nutrients. The aim of this study was to explore the effects of low‐protein diets (17% crude protein, CP) supplemented with branched‐chain amino acids (BCAAs), including leucine (Leu), isoleucine (Ile) and valine (Val), on hepatic amino acid profile and lipid metabolism in growing pigs. The ratio of Leu : Ile : Val in all groups was 1 : 0.51 : 0.63 (20% crude protein, CP), 1 : 1 : 1 (17% CP), 1 : 0.75 : 0.75 (17% CP), 1 : 0.51 : 0.63 (17% CP) and 1 : 0.25 : 0.25 (17% CP) respectively. Results revealed that compared to the positive control group (1 : 0.51 : 0.63, 20% CP), the low‐protein diets significantly augmented the concentrations of most essential amino acids and non‐essential amino acids (p < .05), with the greatest values observed in the 1 : 0.25 : 0.25 group. Moreover, relative to the control, the low‐protein diets with the Leu : Ile : Val ratio ranging from 1 : 0.75 : 0.75 to 1 : 0.25 : 0.25 markedly downregulated the mRNA abundance of acetyl‐CoA carboxylase (ACC), lipoprotein lipase (LPL) and fatty acid‐binding protein 4 (FABP‐4) (p < .05), and upregulated the mRNA expression of hormone‐sensitive lipase (HSL), peroxisome proliferator‐activated receptor‐g coactivator‐1α (PGC‐1α), uncoupling protein 3 (UCP3) and liver carnitine palmitoyltransferase 1 (L‐CPT‐1) (p < .05). Therefore, our data suggest that protein‐restricted diets supplemented with optimal BCAA ratio, that is, 1 : 0.75 : 0.75–1 : 0.25 : 0.25, induce a shift from fatty acid synthesis to fatty acid oxidation in the liver of growing pigs. These effects may be associated with increased mitochondrial biogenesis.     

杜梨叶绿体基因组分析

利用高通量测序平台对杜梨(Pyrus betulaefolia)进行测序,并对其叶绿体全基因组序列的结构特征进行分析。结果表明,杜梨叶绿体基因组与大多数高等植物一样,具有典型的环状双链四分体结构。其叶绿体基因组大小为160 058 bp,共检测到61个SSR位点(58个单核苷酸重复和3个二核苷酸重复)和56个RNA编辑位点,这些RNA编辑位点均引起了氨基酸的变化。与砂梨(Pyruspyrifolia)、川梨(Pyrus pashia)和桃叶梨(Pyrus spinosa)的叶绿体基因组比较,其基因种类和数量都比较保守,表明了梨属植物进化的缓慢性。在4个梨属植物中共检测到351个SNP和217个InDel。     

大花君子兰叶绿体基因组及其特征

采用Illumina MiSeq测序平台对大花君子兰(Clivia miniata)叶片总DNA进行测序,通过组装获得了其叶绿体基因组(cpDNA)全长序列(158 114 bp)。对其cpDNA注释得到135个基因,包含87个蛋白编码基因、40个tRNA基因和8个r RNA基因。采用生物信息学方法对获得的cpDNA进行简单序列重复(SSR)分析和密码子偏好性分析。结果显示:①大花君子兰cpDNA中共有61个SSR位点,其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复数分别为38、9、2、8、3和1个,多数SSR分布在基因间隔区;②大花君子兰cpDNA密码子偏爱以A或U(T)结尾,亮氨酸使用频率最高,半胱氨酸使用频率最低。基于24种植物的cpDNA全长和23种植物的叶绿体ycf2基因序列进行系统发育分析,结果显示大花君子兰与石蒜科植物在同一分支,显示最近的亲缘关系,支持大花君子兰属于石蒜科。基于叶绿体ycf2的系统发育分析结果与基于cpDNA全长的系统发育分析研究结果大部分相同,支持ycf2基因可以代替cpDNA全长用于植物系统发育分析。     

小麦族的基因组显性及其育种学意义

小麦族包含大量由不同基因组组成的异源多倍体物种。同一个异源多倍体物种的不同基因组可能对表型性状产生非对称性贡献,例如小麦属多倍体物种的形态分类特性,更像其A基因组供体物种,这种现象称为A基因组显性。由于基因组显性,小麦族形成了以A、D、U、St为轴心(显性)基因组的异源多倍体物种簇。异源多倍体物种的基因组显性可能与其进化适应优势的形成有关。在育种方面,基因组显性影响多倍体新作物开发及小麦-外源染色体易位设计。