红曲霉SAGE文库中双标签的制备研究

研究探讨了红曲霉SAGE文库构建过程中总RNA提取、mRNA分离纯化、cDNA合成以及双标签 (Ditags)制备方法 ,并通过PCR条件的优化获得双标签PCR的最佳模板稀释浓度及扩增循环数。     

功能基因组学研究进展

基因组研究计划包括以全基因组测序为目标的结构基因组学和以基因功能鉴定为目标的功能基因组学2方面的内容.作者对功能基因组的主要研究方法:微阵列或DNA芯片、表达序列标签法、基因表达系列分析法、蛋白质组学分析法以及反向遗传学技术等进行了简要介绍,同时综述了上述各种技术的优缺点以及部分生物功能基因组的研究进展.     

Cloning RPL11 cDNA 3'' End by SMART RACE Technique

RT-PCR and RACE techniques were used to clone 3' end real sequence of RPL11 gene from a goat. The sequences included some non-structural protein (3D) genes, and 3D gene immediately downstream 3' non-coding region (UTR) and poly (A) tail. The results showed that the length of specific amplified fragment was 566 bp (not including polyA tail). RPL11 gene encoded 188 amino acids, amino acid sequence was conducted for homology analysis by NCBI BLAST tool. The highest homology was Mus (RPL11, mRNA homology 99%), ...     

单链环状DNA添加剂抑制基因表达序列分析Ditag聚合酶链反应引物多聚体生成

[目的]研究利用单链环状DNA抑制聚合酶链反应（PCR）副产物的作用效果。[方法]设计并合成单链环状DNA,并以具同样序列发卡状结构的单链DNA为对照组,在基因表达序列分析（SAGE）Ditag PCR反应中加入上述不同浓度的DNA,利用电泳技术检测不同结构（环状/单链）以及不同浓度单链DNA对PCR多聚体附产物的抑制作用。[结果]发卡状结构的单链DNA无法抑制PCR引物多聚体副产物的产生;而在70～150 nmol/L终浓度范围内,单链环状DNA可以抑制SAGE Ditag PCR反应中引物多聚体的生成,并且不影响SAGE不同tag间的表达丰度差异。[结论]单链环状DNA可以作为PCR反应中引物多聚体生成的有效抑制剂。     

SAGE技术在大豆上的应用

随着功能基因组学研究的兴起 ,基因表达研究的分析方法也在不断发展。而基因序列表达分析技术 (SAGE)是一种以测序为基础 ,采用数字化分析手段 ,在转录物水平上研究细胞或组织基因表达模式的有效工具。该技术不仅能够全面地分析特定组织或细胞表达的基因 ,获得这些基因表达丰度的数量信息 ,还可比较不同组织、不同时空条件下基因表达的差异 ,从而发现新基因。SAGE技术在农作物方面的应用相对较少 ,但进展很快。笔者着重介绍了SAGE在大豆基因表达分析中的应用 ,简要评述此种方法的原理及优缺点 ,并分析了SAGE所存在的问题、改进方法及发展前景     

植物功能基因组学研究方法

主要阐述了植物功能基因组学的研究方法,如扩增性片段长度多态性、基因表达系列分析技术、转座因子、生物芯片、生物信息学等,并对其发展前景加以展望。     

基因表达系列分析技术在植物基因表达分析中的应用

 基因表达系列分析技术 (SAGE)是一种以测序为基础 ,采用数字化分析手段 ,在转录物水平上研究细胞或组织基因表达模式的有效工具。该技术不仅能够全面地分析特定组织或细胞表达的基因 ,获得这些基因表达丰度的数量信息 ,还可比较不同组织、不同时空条件下基因表达的差异 ,从而发现新基因。SAGE技术在植物方面的应用相对较少 ,但进展很快。本文着重介绍了SAGE在植物基因表达分析中的应用 ,分析SAGE所存在的问题、改进方法及发展前景     

功能基因组学在蔬菜中的应用

随着黄瓜、番茄、马铃薯和大白菜等蔬菜作物国际基因组计划的启动和即将完成,宣告蔬菜作物进入功能基因组学时代。本文综述了功能基因组学的研究内容和技术,及在蔬菜作物中的应用,并分析了未来的发展趋势。     

利用SAGE方法分析家蚕基因表达数目的初探

SAGE(serial analysis of gene expression)是基因表达水平差异分析和大规模发现新基因的分子生物学技术。已构建了家蚕卵、幼虫、蛹、成虫等4个不同发育时期的SAGE表达库,经测序分别得到69 100、62 232、63 966和62 666个基因标签序列,其中特异标签数目依次为17 718、13 243、14 044和15 224。这些特异标签数目即为家蚕在这4个不同发育时期的基因转录本数量。根据测序数与获得标签的数量动态监测,发现测序的数目尚未达到饱和,因此基因转录本的数目还可能会有所增加。在上述研究的基础上,利用SAGE数据为基础,采用双倒数作图求最大值的方法,推测出了家蚕在4个不同发育时期的基因表达数目,同时也发现家蚕卵期的基因表达数目远远大于其它3个时期。