PRRSV新亚型毒株JL580的基因组变异特征研究

为了解猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)新分离株JL580遗传变异特征,研究扩增得到了该病毒的全基因组序列,并对GP5和NSP2序列进行了比对分析。结果表明:JL580株属于美洲株,且不同于中国现流行的其他毒株,与中国代表毒株CH-1a的核苷酸同源性是84.9%,与HP-PRRSV代表株JXA1、HuN4、TJ的核苷酸同源性分别是84.8%、84.9%、85%。对基因组的进一步分析表明,JL580株GP5蛋白与CH-1a、VR-2332、HuN4相比,R13→Q13,V27→A27,H38→N38,R151→K151;且NSP2存在3处缺失,与HP-PRRSV的30个氨基酸的缺失有明显的不同。JL580分离株的出现表明中国出现了新的PRRSV亚型,这对于PRRSV的防治和新疫苗的研制提供了科学依据。     

ZNF580 is up-regulated in S1P-induced migration and proliferation of endothelial cells

AIM: To investigate whether a novel human C2H2-type zinc finger protein ZNF580 is involved in the proliferation and migration of endothelial cells induced by sphingosine 1-phosphate (S1P). METHODS: The cDNA of EA.hy926 cells was analyzed by RT-PCR to determine the S1P receptor expression profile. The cells were incubated with S1P at different concentrations and for different time intervals. Total RNA and protein in treated EA.hy926 cells were analyzed by RT-PCR and Western blotting. SB203580, a chemical inhibitor of p38 MAPK, was used to determine whether p38 MAPK pathway had any effect on the up-regulation of ZNF580 expression by S1P. The plasmid pEGFP-ZNF580 or the synthetic ZNF580-siRNA was transfected into EA.hy926 cells with Lipofectamine 2000 for 48 h. Cell migration assay and MTT colorimetric assay were used to investigate the effects of ZNF580 on the motility and growth of endothelial cells. RESULTS: EA.hy926 endothelial cells expressed S1P1, S1P3 and S1P5 receptors. Furthermore, S1P up-regulated ZNF580 at mRNA and protein levels in a concentration- and time-dependent manner. The p38 MAPK pathway specific inhibitor SB203580 blocked the S1P-induced up-regulation of ZNF580 expression. Moreover, overexpression/silencing of ZNF580 in EA.hy926 cells led to enhancement/decrease of the migration and proliferation of the cells. CONCLUSION: S1P-induced migration and proliferation of endothelial cells are critical for angiogenesis. ZNF proteins usually play an essential role in altering gene expression and regulating the angiogenesis.     

油棕新品种遗传多样性的ISSR分析(摘要)(英文)

[目的]从DNA分子水平上对油棕新品种进行遗传多样性的分析,旨在为这些新选育油棕种质的开发利用提供分子水平的理论依据。[方法]采用改良的CTAB法提取油棕叶片总DNA。从加拿大哥伦比亚大学所设计的60个引物在部分模板中进行筛选,筛选出能扩增出多态性的引物23个用于样品的进一步分析。通过一定的摸索实验,最终确定用于油棕的各个组分的ISSR最佳反应体系。优化反应体系总体积为15.00μl,各个组分的具体用量为:MgCl2(25mmol/L)+10×Buffer2.25μl、dNTP(10mmol/L)0.30μl、Taq酶(5U/μl)0.15μl、引物(0.4μmol/μl)1.00μl、模板DNA(50ng/μl)1.00μl、ddH2O(超纯水)10.30μl。PCR扩增程序为:94℃预变性4min,然后94℃变性1min,52℃退火1min,72℃延伸1min,35个循环,72℃保温10min,4℃保温。采用2%琼脂糖凝胶电泳,EB染色检测扩增产物。ISSR数据的统计分析方法:每个样品的扩增产物电泳分离谱带在某一位点上按有或无记录,存在时赋值为"1",无带的记为"0"。将每个引物对所有样品的读带记录结果形成"0-1"矩阵。用NTSYS-pcversion2.1计算Jaccard’s相似系数,在此基础上用非加权类平均聚类法(UPGMA)进行聚类分析,绘制亲缘关系树状图。[结果]用23个引物共扩增得到201条扩增条带,其中多态性条带占41.8%。根据ISSR遗传相似系数按UPGMA法聚类,以所有材料间的平均遗传相似系数0.838为阈值,可将其明显的划分为2大类:采自海南的R1～R12新种质材料与采自云南的V20新种质材料合为一类;采自云南其余的新种质材料为一类。用NTSYS-pc软件所得出的主成分分析图也能够明显的将海南和云南引进的新油棕种质材料区分开来,海南的R1～R12油棕与云南的V20油棕基本上归为一类;与聚类图不同的是,云南的新油棕种质V15、V16、V17、V19、V21、V22基本上归为一类,而品种V13、V14与V18则较远一些。[结论]海南与云南新选育的油棕种质材料可能来源于不同的国家或地区。     

具除草活性放线菌的分离和形态学鉴定

从土壤中分离得到17株放线菌,其中JL27菌株的发酵液上清液对反枝苋萌发抑制率达90％,对苘麻萌发抑制率达96．7％;JL12菌株的发酵液上清液对反枝苋萌发抑制率为19．67％,对苘麻萌发抑制率达100％。JL27菌株属链霉菌属金色类群。     

高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒JL株 Nsp10基因生物信息学分析

本研究旨在对高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)贵州JL株Nsp10基因(GenBank登录号:EU886322)进行生物信息学分析,了解其生物学特征,为下一步Nsp10的表达和ELISA检测方法的建立奠定基础。应用BioEdit、DNAStar、PsortⅡ、SignalP、TMHMM、ProtFun、Clustal_1.81、Mega等软件对Nsp10蛋白的理化参数、信号肽、跨膜区域、亲水性、表面可及性、抗原性、二级结构、亚细胞定位及与其他PRRSV毒株相应片段同源性等进行分析和预测。该蛋白理论分子质量为26.38 ku,pI为8.93,为稳定蛋白,不含信号肽,无跨膜结构,具有良好的形成抗原表位的条件。亚细胞定位结果表明,该蛋白极有可能位于细胞质,其编码氨基酸序列与参考毒株同源性为97.4%~100%。该蛋白保守性较高,是可溶性蛋白,有良好的抗原性,具备作为靶蛋白建立免疫方法的条件。