香蕉GAPDH基因家族的生物信息学及转录表达分析

从香蕉基因组数据库和NCBI数据库中检索香蕉GAPDH基因家族的所有成员,并采用生物信息学方法对其进行亚细胞定位、进化树分析和保守结构域预测。克隆测序发现,巴西蕉内的GAPDH基因家族成员序列与小果野蕉基因组数据库中提供的序列基本一致,同源性超过98%。转录表达分析表明,GAPDH基因家族成员在巴西蕉不同器官的表达模式多样:MaGAPCP1,MaGAPC6/8/10/11成组成型表达,其余的基因则在各组织器官间成差异型表达,且差异型表达的基因在不同组织器官中表达模式也不相同,组成型表达的基因在不同组织器官中表达模式虽相同,但表达量有差异。GAPDH基因家族成员在表达模式上的多样化,可能暗示其功能的多样化,这种多样化可能是在进化过程中为适应环境而出现的功能分化或冗余。结果为进一步研究GAPDH基因家族成员在香蕉生长、发育,非生物胁迫,果实后熟等重要生物学过程中的功能奠定基础。     

Defense response of tomato fruit at different maturity stages to salicylic acid and ethephon

In order to elucidate whether fruit maturity stage influence the induced resistance of exogenous elicitors in tomato and the involved mechanisms, we investigated the defense responses of tomato fruits against Botrytis cinerea, ethylene production and internal quality following treatments of fruit with salicylic acid (SA) or ethephon (ET) at mature green (MG) and breaker (BR). SA significantly suppressed decay and disease incidence in tomato fruits at both MG and BR stages, along with higher expression level of PR1 gene after 2 days of treatment. All fruits treated by SA had lower contents of ethylene and lycopene. The ET-treated fruit at both maturity stages showed lower disease incidence and higher level of PR2 and PR3 expression compared with the control fruit. ET treatment significantly enhanced ethylene and lycopene contents, and accelerated fruit ripening. Our results suggest that SA and ET induced disease resistance in fruits by mediating the expression of different pathogenesis-related genes and have different effects on fruit ripening, which in turn influences the disease resistance of tomato fruits.     

In vitro effect of recombinant human tumor necrosis factor-alpha on canine neutrophil apoptosis

Neutrophils (polymorphonuclear leukocytes: PMNs) are essential for the host defense against various infections and are often injurious to the host, causing inflammatory diseases where tumor necrosis factor-alpha (TNF-alpha) is suggested to play an important role. Since an effect of TNF-alpha on canine PMN apoptosis has not been studied, canine PMNs were stimulated with recombinant human (rh)TNF-alpha in the present study to investigate the effect of TNF-alpha on canine PMN apoptosis. PMN apoptosis and function to produce ROS were assessed by flow cytometry. Delayed apoptosis was observed in the PMNs treated with rhTNF-alpha at 100 ng/ml, accompanied by retention of capability to produce ROS. However, PMN apoptosis was accelerated by rhTNF-alpha combined with cycloheximide. Therefore, it is indicated that TNF-alpha is able to activate anti- and pro-apoptotic pathways in PMNs and that the inhibition of PMN apoptosis by TNF-alpha requires protein synthesis in the PMNs.     

中国美利奴羊(新疆型)皮肤组织GAPDH基因实时荧光定量PCR方法的建立

【目的】建立GAPDH内参基因实时荧光定量PCR方法,为进一步研究中国美利奴羊(新疆型)相关基因的定量表达奠定基础。【方法】采用中国美利奴羊(新疆型)皮肤组织为试材,根据Genebank中绵羊GAPDH基因序列,设计并合成一对引物,建立基于SYBR Green I染料技术的Real-Time PCR检测体系,绘制出标准曲线并对其熔解曲线分析。【结果】以cDNA为模板建立的标准曲线循环阈值(Ct)与标准cDNA模板在一定浓度范围内呈良好的线性关系,GAPDH基因标准曲线中模板拷贝数(X)与Ct值的关系为Ct=一3.679 51g/X+35.648,相关系数R=0.999 8;试验重复性好,批内和批间变异系数(CV%)分别为0.22%～3.45%和1.30%～4.89%。【结论】所建立的方法具有快速、线性范围广、重复性强等特点,GAPDH可作为内参基因用于绵羊相关基因的定量表达研究。     

条斑紫菜细胞质甘油醛-3-磷酸脱氢酶的cDNA克隆和序列分析

利用已知甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPDH)的特征性保守区域获得的探针筛选条斑紫菜cDNA文库,获得了1个全长的cDNA克隆GAP2,编码细胞质甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPC)。其中GAP2 cDNA插入片段为1596bp,包括一个1008bp的开放阅读框编码336个氨基酸的细胞质甘油醛-3-磷酸脱氢酶(GAPC)蛋白。将获得的GAPC蛋白的氨基酸序列与其它物种的GAPDH序列进行多重序列比较后,发现条斑紫菜的GAPC氨基酸序列包含了4个高度保守的结构域。条斑紫菜GAPC的cDNA序列中GC含量很高,为64．2％,与紫菜EST分析中得到的结果(65．2％)近似。通过GAPDH的分子发育进化分析,对红藻的分类地位进行了初步探讨,条斑紫菜的细胞质甘油醛-3-磷酸脱氢酶的cDNA序列已登记到GenBank数据库,序列号分别为：AY273820。     

朱顶红实时荧光定量PCR中不同组织器官内参基因的筛选

以朱顶红（Hippeastrum vittatum）不同组织器官为试验材料,通过实时荧光定量PCR技术检测肌动蛋白基因（ACT）、亲环蛋白基因（CYP）、转录延伸因子基因（EF-1α）、甘油醛–3–磷酸脱氢酶基因（GAPDH、GAPDH2）、α微管蛋白基因（TUA）和β微管蛋白基因（TUB）这7个常用的看家基因的表达水平,并利用geNorm、NormFinder和BestKeeper综合评价其表达稳定性。结果表明,EF-1α和GAPDH2的表达水平较高,而且相对稳定;其次为TUB、TUA和GAPDH。geNorm和NormFinder软件分析结果显示,在不同组织器官中CYP和GAPDH2的表达稳定性最高,其次是EF-1α;进一步分析表明,CYP的表达稳定性虽然较高,但是其表达丰度较低,故不适合作为内参基因。BestKeeper分析表明,EF-1α和GAPDH2在不同组织器官中的表达稳定性较好。综合分析表明,EF-1α和GAPDH2在所有样品中表达量较高,稳定性较好。以筛选出来的EF-1α、GAPDH2以及EF-1α + GAPDH2作为内参基因检测朱顶红花器官调控基因PI的表达水平,结果表明,以上述两个基因及其组合为内参基因得到的PI表达模式相同,而且在花器官中的表达高于茎盘和根,基本符合PI调控花模型的机理。因此,EF-1α、GAPDH2或EF-1α + GAPDH2可作为朱顶红的内参基因进行相关基因的表达调控研究。     

小麦生理型雄性不育花药中能量相关基因的表达

为揭示小麦(Triticum aestivum L.)生理型雄性不育机理,以化学杂交剂SQ-1为诱导剂,构建了普通小麦西农1376不育和可育生理系,用RT-PCR技术分析了3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)和NFUDP4基因在不同发育时期的不育和可育花药中的表达差异.结果表明,与同期对照相比,GAPDH和NFUDP4基因在不育花药单核期到三核期均下调表达,其中在大量花粉粒败育的单核期,GAPDH下调表达尤为显著.因此,小麦生理型雄性不育花药败育过程中,一方面由于GAPDH基因表达受抑制,使糖酵解受阻导致能量供应不足;另一方面,NFUDP4基因下调表达,可能引起线粒体某一Fe-S族蛋白装配需要的分子骨架减少而使其数量不足,从而可能引起Fe-S族蛋白参与的生化反应减弱,如呼吸链电子传递受阻引起能量供应不足,与小麦生理型雄性不育具有一定关系.     

谷子3-磷酸甘油醛脱氢酶基因的克隆与结构分析

3-磷酸甘油醛脱氢酶基因(GAPDH)在谷子盐旱胁迫早期高频率表达,为研究该基因在胁迫反应及其他代谢中的详细功能,本研究利用RACE技术克隆了谷子的GAPDH基因.该基因cDNA全长1328 bp,包括1008bp的开放阅读框,共编码338个氨基酸,肽段的分子量为35911.03Da,极性氨基酸占29.12%.序列比较分析发现,谷子的GAPDH同玉米的同源序列表现了最高的相似性,同水稻和小麦同源序列的相似性次之,同双子叶植物的同源序列则相差较远.     

南疆红枣黑斑病病原鉴定及其保守基因序列分析

正红枣黑斑病(jujube black spot)又称"烂果病"、"黑头病",在新疆南疆地区发生严重。2013—2014年阿克苏、和田地区红枣黑斑病发病率达20%~30%,重病枣园发病率高达40%~50%。红枣黑斑病严重制约着新疆红枣产业的健康发展。目前,国内在红枣黑斑病病原认知上仍存在较大分歧,报道的病原主要为链格孢(Alternaria alternata)~([1~3]),也有细极链格孢(Alternaria tenuissima)危害的报道~([4])。本文通过对南疆红枣黑斑病菌形态特征研究和田间病原回接试验,结合分子生物学手