达乌尔黄鼠线粒体Cyt b基因序列特征及其系统进化分析

在甘肃省天祝藏族自治县采集12只达乌尔黄鼠(Spermophilus dauricus),PCR产物直接测序获得Cyt b基因1140bp序列,采用Clustal X 1.84、MEGA 6.0、Dna SP 5.0等生物信息学软件进行了序列特征和系统地位分析。结果显示,达乌尔黄鼠Cyt b基因含116个多态信息位点,群体中多态位点类型有转换、颠换,Cyt b基因T,C,A,G碱基含量分别为33.7%,25.9%,27.6%,12.9%。基于Kimura双参数的遗传距离显示,属内种间大黄鼠(Spermophilus major)与新疆黄鼠(Spermophilus fulvus)间遗传距离最小(0.034),高加索黄鼠(Spermophilus musicus)与达乌尔黄鼠最大(0.172),达乌尔黄鼠群体内遗传距离为0.140,种群分化较大,基于NJ法构建的系统进化树符合传统分类标准,研究为达乌尔黄鼠Cyt b基因标记的种群遗传学应用提供了参考。     

江豚线粒体Cyt b和D-loop片段序列分析及其分子系统学研究

对江豚（Neophocaena phocaenoides）mtDNA的Cyt b（377bp）和D—loop（343bp）片段进行了测序和分析,并与GenBank中鼠豚类及一角鲸类同源序列进行了比较。研究结果表明,Cytb基因片段的碱基组成平均为T：29．0％,C：28．8％,A：27．2％,G：15．0％;D—loop片段的碱基组成平均为T：35．9％,C：21．8％,A：32．4％,G：9．9％。Cytb基因片段共出现109个变异位点,简约信息位点107个,序列变异度为28．9％,碱基替代主要发生在密码子第3位点上,转换／颠换为13．3;D—loop片段共有109个变异位点,简约信息位点100个,序列变异度为31．8％,转换／颠换为2．4。构建的系统发育树显示,江豚是鼠豚科中较早分化出来的一个类群,与一角鲸科的亲缘关系最近。2个片段序列的分析结果一致,棘鳍鼠海豚Phocoena spinipinnis、太平洋鼠海豚P．sinus和黑眶鼠海豚Australophocaena dioptria聚为一支。     

用线粒体D-loop和Cyt b基因序列分析拉氏(鲮)3个群体的遗传结构和遗传分化

用线粒体DNA的D-loop和Cytb基因序列分析方法研究了吉林延吉、敦化和辽宁法台3个区域的29尾拉氏鱼岁Phoxinus lagowskii Dybowsky的遗传多样性.经PCR扩增和测序,获得了783～785bp D-loop和818bpCyt b的同源序列.两者多态性遗传参数统计显示,29尾个体分别存在47(D-loop)和89(Cyt b)个变异位点,分别检测出15 (D-loop)和1l(Cyt b)个单倍型,总群体单倍型(Hd)分别为0.8966 (D-loop)和0.8990(Cyt b),核苷酸多样性指数(Px)分别为0.0246(D-loop)和0.0498 (Cyt b),平均核苷酸差异数(K)分别为19.2857(D-loop)和40.7365(Cytb).分子方差分析(AMOVA)结果表明,79.02％(D-loop)和81.69％(Cyt b)变异来自群体间,20.98％(D-loop)和18.31％(Cyt b)来自群体内.单倍型呈明显的地理差异,分成2个分支,一个以延吉群体为主,一个以法台群体为主.拉氏(鲮)的遗传多样性水平较高,群体间遗传分化明显.该结果可为拉氏(鲮)的种质资源保护提供参考.     

基于线粒体细胞色素b基因序列的骨舌鱼科鱼类分子系统发育的研究

为阐明骨舌鱼科鱼类的遗传结构和进化关系,测定了美丽硬仆骨舌鱼Scleropages formosus的3个品种金龙(Gold arowana)、红龙(Red arowana)、青龙(Green arowana)细胞色素b(cyt b)基因全序列(1 141 bp),结合来自GenBank中珍珠龙Scleropages leichardti、星点珍珠龙S.jardini、非洲龙Heterotis niloticus、黑龙Osteoglossum ferrerirai、银龙O.bicirrhosum、海象Arapaima gigas的全序列,用邻接法(NJ)和最大简约法(MP)构建分子系统树,初步分析了骨舌鱼科鱼类的系统发育关系.NJ树和MP树均一致表明,骨舌鱼类为单系类群,分为4支,支持骨舌鱼科下设4个属(坚体鱼属Scleropages、异耳鱼属Heterotis、骨舌鱼属Osteoglossum、巨骨舌鱼属Arapaima)阶元的分类系统,4个属的系统关系与其形态、生态特征表型进化和地理分布较为一致.而金龙、红龙和青龙的mtDNA Cytb的碱基差异小于1%,说明这3个龙鱼品种还在同一种的水平上.     

关中奶山羊线粒体Cyt b基因遗传多样性研究

测定了关中奶山羊品种10个个体的细胞色素b基因全序列(1 140bp),比较分析了群体中细胞色素b基因的碱基组成和序列间碱基的变异情况,结果表明:在该品种(群体)中细胞色素b基因序列中10个变异位点上观察到17次T-C间的碱基转换,除了有1次T-C间碱基转换发生在密码子第1位点以外,其余的16次碱基转换都发生在密码子第3位点,均为同义突变;观察到5种单倍型,单倍型多样度为0.756。并以绵羊为外群构建系统发生树(NJ树),结果显示:关中奶山羊有2个母系起源,其中支系A占90%(9/10),支系B占10%(1/10)。     

长脂拟鲿种群Cyt b基因序列的变异及遗传多样性

为给长脂拟鲿(Pseudobagrus adiposalis)的保护和利用提供科学依据,以采自珠江水系西江支流漓江、长江水系沅江上游支流阳河的长脂拟鲿各30尾为材料,研究该种鱼类种群细胞色素b(Cyt b)基因序列变异及遗传多样性。结果表明:长脂拟鲿Cyt b基因序列长1 096bp。其中,阳河种群、漓江种群分别有6个和40个变异位点,分属6个和4个单倍型,单倍型多样性指数(Hd)分别为0.639和0.251,单倍型间平均遗传距离(P)分别为0.002 0和0.024 3,核苷酸多样性(Pi)分别为0.000 80和0.006 31。阳河种群Cyt b基因序列有4个同义突变和2个非同义突变,漓江种群有37个同义突变和3个非同义突变。漓江与阳河种群Cyt b基因序列共定义了10种单倍型,Hd为0.727,P为0.030 0,Pi为0.026 03。2个种群间的遗传分化指数(Fst)为0.817,基因交流值(Nm)为0.06。2个种群间出现了一定程度的分化,但未达到种群水平。     

山西省兽类一新记录

通过分子实验证实了采集于山西省芦芽山国家级自然保护区的一只雌性鼩鼱(头骨不完整)标本为苔原鼩鼱,为山西省兽类一新纪录。该分布点是苔原鼩鼱在全球最南分布点,黄河是苔原鼩鼱向南扩展的一道屏障。标本保存于四川省林业科学研究院动物标本室。     

南海金线鱼属Nemipterus鱼类COⅠ和Cyt b基因片段的比较分析

基于线粒体细胞色素b(Cyt b)和细胞色素氧化酶Ⅰ基因(COⅠ)片段,运用PCR直接测序法,对采自南海的金线鱼(Nemipterus virgatus)、日本金线鱼(N.japonicus)、深水金线鱼(N.bathybius)、红棘金线鱼(N.nemurus)和苏门答腊金线鱼(N.mesoprion)及GenBank中的六齿金线鱼(N.hexodon)、裴氏金线鱼(N.peronii)及红金线鱼(N.furcosus)的序列进行了分析,并比较分析了它们间的序列差异。Cyt b基因序列片段(425 bp)和COⅠ基因序列片段(507 bp)的分析均显示日本金线鱼和红棘金线鱼之间序列差异和遗传距离均最小,COⅠ基因片段中为分别0.25%和0.003,Cyt b基因片段中为0和0,两者亲缘关系非常近;几种金线鱼之间尚未达到属的水平,裴氏金线鱼仍属于金线鱼属;两目的片段的NJ系统树均显示,日本金线鱼和红棘金线鱼混杂在一起聚为一支,而日本金线鱼和苏门答腊金线鱼属于不同的发育分支;红棘金线鱼和日本金线鱼是最新分化种,金线鱼则是最早分化种;几种金线鱼类的分化时间大约在中更新世时期。比较属间的系统发育关系,旨在为金线鱼属鱼类分类提供依据,进而对鱼类资源的评估与保护措施提供基础参考。     

基于16S rRNA和Cyt b基因序列探讨2种梅童鱼的遗传分化

比较分析了棘头梅童鱼（Collichthys lucidus）和黑鳃梅童鱼（C.niveatus）的16SrRNA和Cytb基因片段序列差异及遗传分化程度。在长度为526bp的16SrRNA和379bp的Cytb基因片段的核苷酸序列中,2种间共检测到44处核苷酸替代。分析结果表明,2个基因片段的鸟嘌呤（G）含量较低,在Cytb蛋白质编码基因第三密码子位点上表现尤为明显。基于16SrRNA和Cytb基因片段分析结果显示,2种间平均遗传距离分别为0．012和0．111。构建的系统树显示2种梅童鱼在这2个基因片段上存在显著的遗传分化。根据Cytb基因2％／百万年的进化速率推断,棘头梅童鱼与黑鳃梅童鱼的分化时间约为550万年,发生于上新世（Pliocene）早期。     

中国达氏鳇野生群体和两个养殖群体的线粒体遗传多样性分析

达氏鳇(Huso dauricus)是黑龙江流域土著鲟,近几十年来野生资源急剧下降,被确定为濒危物种之一。本研究采用线粒体DNA的Cyt b基因和D-loop区域的多态性信息评估了黑龙江抚远段野生群体、北京房山国家级鲟鱼原种场的保种群体及浙江衢州国家级鲟鱼良种场的繁殖群体等3个达氏鳇群体的遗传多样性水平。所有测试个体在Cyt b基因位点的核苷酸水平上没有检测到多样性,均具有相同的Cyt b单倍型,而在D-loop区域中发现了9种单倍型,对于D-loop区,单倍型多样性(H_d)达到0.593,但核苷酸多样性(π)仅为0.00213。在8尾野生个体中检测到6种D-loop单倍型,2个养殖群体共计58尾个体共计检出5种D-loop单倍型个体。分析结果显示:野生达氏鳇群体遗传多样性极低,历史上可能经历过严重的遗传瓶颈,同时达氏鳇人工繁殖过程中每批次可能只有极少个体参与了繁殖。此外,基于Cyt b基因部分序列的分析结果提示,达氏鳇与其他太平洋鲟类的亲缘关系较近,而与欧鳇(Huso huso)关系较远,传统上鳇属(Huso)的分类地位得不到有效的分子生物学数据支持。