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大花君子兰叶绿体基因组及其特征 总被引:3,自引:0,他引:3
采用Illumina MiSeq测序平台对大花君子兰(Clivia miniata)叶片总DNA进行测序,通过组装获得了其叶绿体基因组(cpDNA)全长序列(158 114 bp)。对其cpDNA注释得到135个基因,包含87个蛋白编码基因、40个tRNA基因和8个rRNA基因。采用生物信息学方法对获得的cpDNA进行简单序列重复(SSR)分析和密码子偏好性分析。结果显示:①大花君子兰cpDNA中共有61个SSR位点,其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复数分别为38、9、2、8、3和1个,多数SSR分布在基因间隔区;②大花君子兰cpDNA密码子偏爱以A或U(T)结尾,亮氨酸使用频率最高,半胱氨酸使用频率最低。基于24种植物的cpDNA全长和23种植物的叶绿体ycf2基因序列进行系统发育分析,结果显示大花君子兰与石蒜科植物在同一分支,显示最近的亲缘关系,支持大花君子兰属于石蒜科。基于叶绿体ycf2的系统发育分析结果与基于cpDNA全长的系统发育分析研究结果大部分相同,支持ycf2基因可以代替cpDNA全长用于植物系统发育分析。 相似文献
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6株牛传染性鼻气管炎病毒BICP4基因序列的同源性分析 总被引:1,自引:0,他引:1
牛传染性鼻气管炎病毒的立即早期启动基因IER4.2编码感染细胞蛋白BICP4基因。各种疱疹病毒的BICP4基因的Ⅰ,Ⅲ,Ⅴ区变异性较大,并为其特征区。为了比较分离自不同牛种,不同部位的5种病毒株BICP4蛋白I区基因的差异性,本文根据已发表的IBBV K22毒株重复序列IRs中BICP4的基因序列设计了一特异性引物,对各毒株进行PCR扩增,均得到约540bp的片段,将其克隆,测序并连同K22株进行同源性比较。结果表明,6株病毒的核苷酸序列及氨基酸序列同源性均在98%以上,说明这些毒株重复序列中的早期基因高度保守,在一定程度上也显示出IBRV的高度保守性。 相似文献
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报告表明:(1)B因素(培养料)水平差异极显著,故悬铃木枝条用于栽培灵芝是完全可行的(但生料除外);(2)南韩灵芝产量稍高于普通红灵芝,然而差异并不显著;(3)大棚内埋土栽培灵芝时,必须种植像豇豆一类攀缘植物,以便创造一种理想的生态环境,同时必须注意棚址选择和除虫灭菌。 相似文献