排序方式: 共有16条查询结果,搜索用时 31 毫秒
1.
2.
从NCBI下载了大豆的EST和GSS序列,以SSR两侧序列各100 nt的片段作为分析材料,统计SSR数目、计算侧翼序列碱基组成,对SSR侧翼序列进行了序列比对和数据库blast搜索。结果表明:大豆SSR分布频率为1/6.67kb,侧翼序列GC含量为37.83%,二核苷重复是SSR的主要类型(65.7%),同一种重复基元的SSR存在多类型侧翼序列,同一类型的侧翼序列高度保守,不同类型的侧翼序列之间相似性较小,尤其是非SSR区域可以存在与SSR侧翼序列相同的序列。由上述结果推断SSR引物可能扩增出不含SSR的产物,易位可以产生形成新类型SSR。这一分析结果有助于提高SSR引物设计效率和进一步阐明SSR的形成机理。 相似文献
3.
沃尔巴克氏体(Wolbachia)主要感染昆虫等节肢动物,是一类革兰阴性共生细菌。为探讨昆虫纲共生菌Wolbachia的系统发育,研究Wolbachia基因组中进化速度较快的外膜蛋白基因wsp的密码子使用模式及影响因素,统计分析该基因的GC含量(GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)等指标。结果显示:昆虫纲共生菌Wolbachia的wsp基因密码子偏好性均不强,昆虫纲不同目间共生菌Wolbachia的wsp基因碱基组成及ENc值差异较小;多数基因数据点沿标准曲线或在其附近分布,突变对碱基组成的影响较弱;18种由多个密码子编码的氨基酸中有11种氨基酸的偏好性密码子在昆虫纲7个目及对照蛛形纲1个目间均相同,有2种氨基酸的偏好性密码子在7个目间相同,这些密码子均以A/U结尾;供分析的140个wsp基因中仅编码6个半胱氨酸(Cys);对应分析中第1、第2向量轴贡献率均不高,分别为13.53%和12.49%,均与碱基组成(GC1、GC2、GC3)显著相关。综合各项分析认为,Wolbachia的wsp基因密码子偏好性不具有宿主分类特异性,密码子使用模式主要受碱基组成影响,而碱基组成主要受选择影响。 相似文献
4.
74种鸟类线粒体基因组碱基组成及特征分析 总被引:3,自引:0,他引:3
在鸟类线粒体基因组中,不同物种的线粒体碱基组成和特性存在明显的差异。截至2008年5月,GenBank细胞器基因组资源数据库共公布了74种鸟类线粒体全基因组数据。本研究利用已公布的鸟类线粒体基因组全序列分析其碱基组成特征。结果表明:(1)鸟类线粒体基因组密码子第二位的GC含量值波动范围十分狭窄,而密码子第三位的GC含量值波动范围很大。(2) 密码子第三位碱基中C的含量波动范围较大,为32.60%-50.70%。(3)线粒体基因组GC含量主要由密码子第三位的碱基C和T的变化引起。(4)密码子第三位碱基的GC含量与线粒体基因组的GC含量的变化存在相关性。这些结果,为今后鸟类线粒体基因组的深入研究提供借鉴和参考资料。 相似文献
5.
6.
肌生成素(MyoG)是最重要的肌生成调节因子(MRFs)之一,是控制骨骼肌生成的关键调控因子。密码子使用偏倚(codon usage bias, CUB)是目前基因组特有的一种特征,可以揭示物种间的特异性差异。此外,在基因序列密码子使用模型中,碱基组成的动态变化可以更好地了解某一基因的分子机制和进化关系。本研究从GenBank数据库中选取8个物种的MYOG编码序列,用R软件计算其核苷酸组成(GC含量)和遗传指标,包括有效密码子数(ENC)、相对同义密码子使用(RSCU)和相对密码子使用偏量(RCBS)。然后,对不同物种MYOG密码子的密码子偏好性和碱基组成的动态进行了分析比较。结果表明,不同物种的MYOG密码子使用受GC偏置的影响,尤其是GC3s偏置。最优密码子偏倚以A/U结束。CUG、GUG、AUG、AGC和GUU在不同物种中均表现出较高的RSCU值,是最优密码子。人与鸡的密码子功能性质相似,牛与羊的密码子功能性质相似。ENC值与GC3s呈极显著负相关(P<0.01)。最优密码子频率的FOP值越高,说明不同物种的MYOG在密码子使用上存在较大的偏性。 相似文献
7.
8.
Leptin是动物肥胖基因的表达产物,有人称之为肥胖蛋白,具有明显降低机体肥胖程度的功能,因此也有人称之为瘦蛋白。最早发现这种新蛋白的是美国洛克菲勒大学的Zhang,YR等人(1994)发现小白鼠的能量平衡受到某种物质的调控,该物质主要是由肥胖基因编码的。他们克隆了几种类型的小白鼠肥胖基因并进行测序,发现mRNA由4.5kb组成,其中一段编码167个氨基酸的序列相对保守。进而他们又从小白鼠白脂肪组织eDNA文库中克隆出了肥胖基因eDNA,测序发现5’端由97个碱基组成,随后是编码167个氨基酸的保守序列,3’端则由3700多个碱基组成的非翻译序列。这段保守序列编码产物就是高效调控能量平衡的物质,命名为Leptin。最近猪、鸡的Leptin基因也得到了克隆,并获得了表达产物。 相似文献
9.
动物线粒体编码序列相邻碱基组成对核苷酸替换的影响 总被引:6,自引:1,他引:6
核苷酸替换偏好性受相邻碱基组成的影响现象已经在核基因组假基因序列和叶绿体基因组的非编码序列和编码序列中发现。通过对动物线粒体基因组编码序列12SrRNA和Cytb基因的核苷酸替换与其相邻碱基组成关系的调查发现,12SrRNA基因序列核苷酸替换中转换和颠换之比(TS/TV)随其相邻碱基A+T含量的增加而减少,而Cytb基因序列却表现出完全不同的替换类型。 相似文献
10.