四株新城疫病毒流行株F基因的遗传变异分析

设计并合成了两对寡核苷酸引物，P1和P2用于扩增新城疫病毒（NDV）全长F基因，P3和P4用于扩增NDV部分F基因。通过RT-PCR一次性扩增了NDV四平株和长春株的全长F基因和青岛株、昌黎株的部分F基因。将这些基因分别克隆后，进行了序列测定和同源率、致病性、疏水性、抗原性和系统发育等比较分析。结果表明，四平株和长春株F基因同为1762bp,编码553个氨基酸。两种F基因推导的氨基酸序列的疏水性相似，都具有3个强疏水区，但亲水性有差异，抗原表位也有明显的不同，说明四平株和长春株F蛋白的抗原性不同。4株NDV F基因序列（1-813bp)和推导的氨基酸序列（261aa)与我国台湾和国外有代表性的NDV F基因相同区域进行了比较和系统发育分析。总体上，核苷酸序列同源率在82.9%-97.5%之间，推导的氨基酸序列同源率在85.8%-97.7%之间，长春株与La Sota、Texas GB、Beaudette在同一亚群，四平株、昌黎株在同一亚群，青岛株为另一亚群。四平株、青岛株和昌黎株F蛋白裂解位点区（112-117aa)的氨基酸序列与强毒株在这一区域的序列相符，证明这3个NDV毒株是强毒株，长春株F蛋白裂解位点区的氨基酸序列与弱毒株的序列相符，证明是弱毒株。