静原鸡FOXL2基因PCR扩增及生物信息学分析

为研究FOXL2基因对鸡的性成熟及产蛋性能的影响,试验以优良地方品种静原鸡为研究对象,利用PCR技术成功克隆了静原鸡心脏FOXL2基因的CDS区,其序列长度为918 bp。生物信息学方法分析结果显示,静原鸡FOXL2基因编码了305个氨基酸,分子式为C1491H2267N425O432S15。FOXL2蛋白是亲水性蛋白质,但不存在跨膜区域,不含信号肽。FOXL2蛋白含有28个丝氨酸(Ser)磷酸化位点,含有4个苏氨酸(Thr)磷酸化位点,含有16个酪氨酸(Tyr)磷酸化位点。FOXL2蛋白在第46～132位氨基酸之间只有1个Forkhead结构。FOXL2蛋白二级结构主要的结构形式为α-螺旋与无规则卷曲。在SWISS-MODEL中建立FOXL2蛋白的三级结构,模型以2ef0.1.A(Ornithine Carbamoyltransferase)蛋白为模板,模板的序列同源性高达99.34%。与其他禽类FOXL2基因CDS区序列进行多序列比对,使用MEGA 7.0软件构建进化树。静原鸡与环颈雉亲缘关系较近,与原鸡的亲缘关系最近。     

静原鸡胸肌和腿肌肌苷酸特异性沉积相关circRNA的联合分析

旨为分析静原鸡胸肌和腿肌中circRNA的表达模式与肌苷酸(Inosine monphosphate,IMP)在肌肉组织特异性沉积的关系。利用RNA-seq技术对选取的具有相同遗传背景180日龄静原鸡胸肌和腿肌进行全转录组测序,对获得的测序数据进行拼接、比对、注释和差异分析等,并对差异表达的circRNA和mRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,使用qRT-PCR对转录组结果进行表达量验证。结果表明:共筛选到circRNA 3 283个,组织特异性表达circRNA 242个。以|log2Fold change|≥1,P0.05为筛选条件,共得到差异circRNA 446个,DEGs 1 100个,差异miRNA 36个;对差异表达的circRNA和mRNA进行GO功能和KEGG信号通路富集分析,两者都显著富集于糖酵解/糖异生通路和心肌细胞的肾上腺素信号传导,并且差异circRNA显著富集于嘌呤代谢通路,DEGs显著富集于氨基酸的生物合成、磷酸戊糖途径、丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢等与IMP合成高度相关的通路。对差异circRNA进行靶基因预测,构建circRNA-miRNA-mRNA可视化共表达网络,筛选到以novel＿circ＿0013580、novel＿circ＿0012931、novel＿circ＿0011886、novel＿circ＿0013588、novel＿circ＿0007737和novel＿circ＿0008274为核心的转录后调控因子和以PKM2、GART为核心的靶基因,靶向基因分析发现IMP合成关键调控因子可能来源于同一亲本基因的novel＿circ＿0013580和novel＿circ＿0013588,两者能够同时结合novel＿409作用于靶基因GART。对6个circRNA和6个miRNA qRT-PCR检测结果与全转录组测序结果趋势一致。综上,circRNA在静原鸡胸肌和腿肌中的差异性表达与IMP的特异性沉积具有相关性,为研究地方鸡种IMP在肌肉组织中特异性沉积的分子机制提供参考信息。     

基于红外相机技术的糯扎省级自然保护区原鸡与白鹇活动节律及种间关系研究

为研究糯扎渡省级自然保护区原鸡与白鹇的活动节律和种间关系,2019年5月至2020年5月,在糯扎渡保护区安装触发式红外相机共40台,对两种国家Ⅱ级重点保护野生动物原鸡（Gallus gallus）和白鹇（Lophura nycthemera）进行一年的连续监测。经统计,40台红外相机累计工作12283个工作日,拍到白鹇独立有效照片93张,统计到白鹇122只/次,雌雄比为1:1.65;拍摄到原鸡独立有效照片43张,雌雄比为1:2.59。日活动节律分析结果显示：两种雉类均为日间活动,其中原鸡的活动时间为6:00～20:00,活动高峰期出现在上午7:00～8:00,11:00～13:00和下午14:00～19:00;白鹇的活动时间为6:00～20:00,活动高峰期出现在上午8:00～10:00,下午14:00～15:00和16:00～19:00,原鸡与白鹇都出现3个活动高峰。原鸡在3～5月活动强度较大,白鹇在1～5月份活动强度较大,其余时间活动较少。原鸡和白鹇种间联结性不强,遇见率低。虽然原鸡和白鹇在日活动节律和月活动节律相似,但通过错峰活动以减少直接的种间竞争。     

广东大雾岭自然保护区首次发现原鸡

原鸡(Gallus gallus)是国家二级重点保护动物,在我国仅分布在海南岛.广西和云南的南部、广东的湛江雷州半岛.我国有2个亚种;即滇南亚种(Gallus gallus spadiceus)和海南亚种(Gallus gallus jabouillei),前者分布于云南西部、西南部及南部的西双版纳,后者分布于云南东南     

家鸡起源研究进展

家鸡属鸡形目（Galliformes）雉科（Phasianidae）原鸡属（Gallus）。原鸡属有4个原鸡种：包括东亚南部和南北部的红色原鸡（G．gallus）、德干高原以南的灰色原鸡（G．sonneratti）、斯里兰卡的黑尾原鸡（或锡兰原鸡）（G．1afayettei）以及印度尼西亚的绿领原鸡（G．varius）。其中红色原鸡分化为5个亚种：包括自印度河流域的克什米尔至印度中部的G．g．murghi,主要分布在印度尼西亚苏门答腊岛、泰国及其邻近地区（印度支那半岛,包括柬埔寨、越南和老挝三地的南部区域）的G．g．gallus,     

原鸡与茶花鸡杂交F_1代体尺性状与体重相关性分析

以原鸡(Gallus Gallus)与茶花鸡杂交F1代为试验对象,采用通径分析方法研究了第四到第十周龄体尺性状与体重间的相关关系。结果表明:各体尺性状与体重存在一定的相关性,相关密切程度存在周龄间差异。第四、六周龄时,体斜长与体重相关性最大、胸骨长其次、胫长次之,胸深和髋宽最小;第八、十周龄时,胸骨长与体重相关性最大、胫长其次、体斜长次之。生长前期体斜长、胫长对体重直接作用较大,后期胸骨长作用最大。对体重决定程度各周龄按大小依次排列为:第四、六周龄时体斜长、体斜长与髋宽及体斜长与胫长的共同作用等,第八周龄时体斜长、胫长等,第十周龄时主要为胸骨长、其它性状决定系数均偏小。由此,生长发育前期应加强对体斜长和胫长的选择力度,后期则应加强对胸骨长的选择力度。研究结果将对野生原鸡的开发利用和家鸡的杂交改良、选育实践具有实际意义。     

海南原鸡PDCD10的克隆、表达及其蛋白的生物信息学分析

通过克隆、表达海南原鸡程序性细胞死亡分子10(Programmed cell death10,PDCD10)基因,对其蛋白进行生物信息学分析。采用RT-PCR方法克隆得到海南原鸡PDCD10基因CDS区,将扩增产物与原核表达载体pET42a连接,构建pET42a-PDCD10重组质粒,经IPTG诱导表达后,进行SDS-PAGE和Western blot分析;运用生物信息学软件对所获得基因的核苷酸序列进行分析,并预测其编码蛋白的理化性质及二级结构等。克隆获得了PDCD10639bp的CDS区核苷酸序列,融合蛋白分子量约为57ku,生物信息学分析发现,PDCD10CDS区包括1个639bp的开放读码框,编码212个氨基酸。该蛋白不含信号肽,无跨膜区,二级结构中存在大量α-螺旋。研究结果为进一步开展海南原鸡PDCD10的功能研究奠定了坚实的基础。     

原鸡与家鸡杂交F_1代肉质特性分析

以原鸡滇南亚种(父本)与原鸡(母本)、茶花鸡(母本)、绿耳乌骨鸡(母本)、楚雄麻鸡(母本)不同组合F1代为研究素材,分析比较了其常规肉质性状和基本营养成分。结果表明:宰后45 min,原鸡杂交F1代胸、腿肌pH值显著低于纯种原鸡(P<0.05),宰后24 h pH值与宰后45 min相比呈下降趋势,纯种原鸡下降最为明显;胸、腿肌系水力、滴水损失率、蒸煮损失率、肌纤维直径(密度)等指标在不同组合间多数存在显著差异(P<0.05)。就营养成分而言,胸、腿肌水分含量及胸肌粗蛋白含量在各组合间差异均不显著(P>0.05),原鸡(父本)与茶花鸡(母本)杂交F1代、纯种原鸡腿肌粗蛋白含量显著高于其余两组(P<0.05);胸肌及腿肌的粗脂肪、粗灰分含量在不同组合间存在差异,且多数达到显著水平(P<0.05)。总体而言,原鸡(父本)与茶花鸡(母本)肉质特性杂种优势较大,原鸡(父本)与楚雄麻鸡(母本)杂种优势较小。     

应用蛋白质多态性对家鸡起源的研究

对国内外29个鸡种5个血液蛋白质多态位点上等位基因频率进行遗传距离的计算,并进行了聚类分析。结果表明,原产于意大利的来航鸡和原产于英国的罗斯鸡亲缘关系最为接近;亚洲鸡种间的亲缘关系较近;而家鸡与原鸡间的亲缘关系较远。就4种原鸡(红色原鸡、灰色原鸡、锡兰原鸡、绿颈原鸡)而言,以红色原鸡和家鸡的亲缘关系较为接近。聚类图一方面反映出鸡种之间因地理隔离造成的遗传分化,另一方面也说明红色原鸡可能是家鸡的主要祖先。