RNA剪接调控新机制

可变剪接是产生蛋白质和功能多样性的重要途径，对细胞分化和发育以及疾病发生等至关重要。可变剪接产生的产物数目极其惊人，如果蝇Dscam（唐氏综合症细胞黏附分子）基因通过互斥剪接可产生38016种异构体，是其整个基因组基因数目的两倍。然而科学家们对其潜在机制仍不清楚。     

猪C1QTNF3基因可变剪接体的鉴定及介导miR-101调控成脂分化的研究

旨在研究猪C1QTNF3基因可变剪接体的特性及miR-101通过C1QTNF3基因促进猪脂肪SV细胞成脂分化的机制。本研究采集3头30日龄健康马身猪仔公猪心、肝、脾、肺、肾、胃、股二头肌、腰大肌、皮下脂肪和背部脂肪组织样品,首先利用RT-PCR技术和生物信息学方法对C1QTNF3基因的不同转录本进行扩增和生物学特性分析,采用qRT-PCR技术检测C1QTNF3基因不同转录本在猪组织中的表达变化。随后,利用生物信息学预测发现,C1QTNF3上游的调控因子是miR-101,采用双荧光素酶报告试验验证miR-101对C1QTNF3的调控作用。最后,利用油红O染色和qRT-PCR技术检测过表达miR-101对猪脂肪SV细胞成脂分化的影响。基因克隆得到猪C1QTNF3存在两个转录本C1QTNF3和C1QTNF3-1,其中C1QTNF3-1为新鉴定的转录本;测序分析显示,与C1QTNF3相比,C1QTNF3-1的第1外显子区域缺失了219个碱基,少编码73个氨基酸。进化树分析显示,猪C1QTNF3和C1QTNF3-1蛋白序列与人和马来亚穿山甲等物种的亲缘关系较近。C1QTNF3和C1QTNF3-1在猪各组织中均有表达,且在各组织中C1QTNF3-1的表达量均极显著高于C1QTNF3（P<0.01）。过表达miR-101极显著下调C1QTNF3 3'UTR区域的荧光素酶活性（P<0.01）和C1QTNF3 mRNA的表达（P<0.01）,同时增加了脂肪细胞成脂分化关键基因PPARγ、C/EBPβ、SREBP-1c和FABP4的mRNA表达量（P<0.01）。本试验成功克隆了猪C1QTNF3基因的两个可变剪接体,其中C1QTNF3-1在猪不同组织中均高表达,推测该转录本为基因发挥功能的主要亚型。并深入研究了C1QTNF3基因的上游调控因子,揭示了miR-101靶向C1QTNF3促进成脂分化的机制,丰富了C1QTNF3的生物学作用和调控网络。     

基因的可变剪接对哺乳动物精子生成作用的研究进展

可变剪接作为一种提高基因组复杂性的机制,在调节基因功能多样性和表型变异中发挥着非常重要的作用。可变剪接事件的顺利进行能够调控并促进正常精子的生成,有利于动物的繁殖。文章重点介绍了可变剪接对哺乳动物精子生成的调控作用,并进行了总结展望,旨在为强化育种改良提供新的思路。     

水稻OsHSP40基因可变剪接体鉴定及表达分析

综合运用生物信息学、RT-PCR和TA克隆技术对水稻热激蛋白基因OsHSP40的可变剪接体进行鉴定,并分析剪接体的表达.首先,利用生物信息学分析发现,该基因存在4种可变剪接体.根据不同可变剪接体的序列信息设计特异性引物进行RT-PCR扩增,结合TA克隆,成功鉴定到OsHSP40的4种可变剪接体.随后,提取野生型植株的根...     

3种微生物诱导的家蚕attacin基因异常表达形式的研究

[目的]研究家蚕抗菌肽attacin基因在不同诱导源诱导时的表达情况。[方法]应用3种外源微生物BmNPV、JM109以及农杆菌LBA4404对家蚕进行诱导,半定量PCR检测attacin基因在诱导后的家蚕血液和脂肪体的表达情况,对诱导表达产物进行克隆测序及进一步的分析。[结果]attacin基因在所有诱导后的脂肪体中均出现1条800 bp左右的特异表达条带,克隆测序（GenBank登录号：FJ373020）后发现其产生由正常表达形式的2个内含子未被剪接引起,且原序列第1内含子5′端的1个TGA终止密码子使得加长的特异表达序列翻译氨基酸时在此处终止,最终导致了attacin C末端结构的缺失。[结论]attacin基因有2种剪接形式,该研究对探明atta-cin基因在家蚕免疫中的作用具有参考价值。     

用5′LongSAGE标签产生的长cDNA片段分析西方蜜蜂(Apis mellifera)基因座LOC727225的选择性剪接

选择性剪接是真核生物产生蛋白多样性的一个重要机制,并能通过产生不同的剪接本来调节基因在不同组织或发育阶段的表达而发挥其作用.本研究采用3条5 ′ LongSAGE标签序列作为上游引物,通过RT - PCR克隆了西方蜜蜂(Apis mellifera)的一个预测基因座LOC727225的4条cDNA序列(GenBank登...     

流感病毒A/Brevig Mission/1918/1(H1N1)片段7和8 mRNAs的低效拼接提高NS1蛋白表达量的研究

A型流感病毒编码的2个片段(7和8)产生的mRNAs拼接后,可潜在地改变NS1蛋白和NS2蛋白及M1蛋白和蛋白M2的比例。本试验研究了A型流感病毒自然发生的序列多态性对其mRNAs拼接的影响,通过对A/Brevig Mission/1918/1(H1N1)和A/Netherlands/178/95(H3N2)及多个H5N1禽流感病毒株片段7和8mRNAs拼接效率进行比较,发现与其他毒株的片段7和8mRNAs相比,A/Brevig Mission/1918/1(H1N1)片段7和8 mRNAs拼接效率低,导致更高水平的NS1功能蛋白的产生,可能有利于A/Brevig Mission/1918/1(H1N1)的致病性。结果还显示,A/Brevig Mission/1918/1(H1N1)片段8 mRNAs对SR蛋白过表达的应答与A/Netherlands/178/95(H3N2)不同。     

基于RNA-seq筛选白藜芦醇致猪卵巢颗粒细胞凋亡的可变剪接基因

本研究旨在探究参与白藜芦醇（Resveratrol,RES）诱导猪卵巢颗粒细胞（Porcine Ovarian Granulosa Cells,pGCs）凋亡的可变剪接基因。实验以50、100μmol/LRES处理pGCs,并设置空白对照,利用转录组测序（RNA-seq）技术分析3组之间差异可变剪接基因的表达谱,对差异可变剪接基因进行GO和KEGG富集分析,通过qRT-PCR验证RNA-seq数据。结果表明,与对照组相比,低浓度组有198种基因参与了236个可变剪接事件,高浓度组有603种基因发生了779个可变剪接事件。在log2|FoldChange|>1、P<0.05条件下,分别在低浓度组筛选到6个、高浓度组筛选到35个差异可变剪接基因。GO分析显示,差异可变剪接基因主要参与生物学过程条目。KEGG分析发现,显著富集的通路均与激素分泌及代谢途径相关,如卵巢类固醇生成信号通路、氨基酸代谢相关信号通路等。进一步从中筛选出可能参与RES诱导pGCs凋亡的关键基因（AKR1C1、GLUL、SARDH、MADD基因）。综上,RES通过影响pGCs中基因的可变剪接,从而影响相关信号...     

斑点叉尾趋化因子SCYA126基因及其可变剪接

通过探针杂交筛选斑点叉尾(Ictalurus punctatus)BAC基因组文库,利用引物步移的方法对阳性克隆BAC047 K12进行序列测定,得到2 815 bp的SCYA126基因组序列。序列分析表明,SCYA126基因由2个外显子和1个内含子组成;外显子拼接的序列与SCYA126cDNA序列完全一致,编码92个氨基酸,在N端含有2个相邻的半胱氨酸(CC)和2个不相邻的半胱氨酸,为典型的CC趋化因子亚家族成员;其上游调控序列包含TATA框启动子序列和一些与免疫相关的转录因子结合位点。另外,根据与GenBank接收号为BM029630的EST序列的比较分析,发现SCYA126基因组中的内含子没有被剪接,导致翻译后可能产生N端部分缺失的SCYA126蛋白。在胰脏和肝脏中确认了高表达的包含内含子的mRNA的存在,而且其表达量要明显高于正常剪接的SCYA126mRNA。[中国水产科学,2007,14(1):1-7]     

斑点叉尾鮰趋化因子SCYA126基因及其可变剪接

通过探针杂交筛选斑点叉尾鮰（Ictalurus punctatus）BAC基因组文库，利用引物步移的方法对阳性克隆BAC047_K12进行序列测定，得到2815bp的SCYA126基因组序列。序列分析表明，SCYA126基因由2个外显子和1个内含子组成；外显子拼接的序列与SCYA126 cDNA序列完全一致，编码92个氨基酸，在N端含有2个相邻的半胱氨酸（CC）和2个不相邻的半胱氨酸，为典型的CC趋化因子亚家族成员；其上游调控序列包含TATA框启动子序列和一些与免疫相关的转录因子结合位点。另外，根据与GenBank接收号为BM029630的EST序列的比较分析，发现SCYA126基因组中的内含子没有被剪接，导致翻译后可能产生N端部分缺失的SCYA126蛋白。在胰脏和肝脏中确认了高表达的包含内含子的mRNA的存在，而且其表达量要明显高于正常剪接的SCYA126mRNA。