捻转血矛线虫(H.contortus)ZJ株H11蛋白基因的克隆及序列分析

参照已发表的捻转血矛线虫H11蛋白基因序列设计引物，以H．contortuss ZJ株的总RNA为模板，进行RT—PCR扩增，成功扩增出H11基因。将PCR产物与pUCm—T载体连接后，转化DH5α感受态细胞，筛选阳性克隆并测序。序列分析表明，其核苷酸序列与国外报道的H11基因的同源性为99．5％。编码氨基酸序列具有氨基肽酶的保守序列，推测可使虫体不能获得所必需的氨基酸而导致死亡。     

大豆二核苷酸SSR侧翼序列保守性分析

从NCBI下载了大豆的EST和GSS序列,以SSR两侧序列各100 nt的片段作为分析材料,统计SSR数目、计算侧翼序列碱基组成,对SSR侧翼序列进行了序列比对和数据库blast搜索。结果表明:大豆SSR分布频率为1/6.67kb,侧翼序列GC含量为37.83%,二核苷重复是SSR的主要类型(65.7%),同一种重复基元的SSR存在多类型侧翼序列,同一类型的侧翼序列高度保守,不同类型的侧翼序列之间相似性较小,尤其是非SSR区域可以存在与SSR侧翼序列相同的序列。由上述结果推断SSR引物可能扩增出不含SSR的产物,易位可以产生形成新类型SSR。这一分析结果有助于提高SSR引物设计效率和进一步阐明SSR的形成机理。     

大豆基因组保守序列及综合保守序列扩增多态性分子标记(ICSAP)的设计

采用VBA程序查找了大豆基因组保守序列——在基因组中出现次数较多的碱基序列片段,分析了这类保守序列的基本特性,在此基础上,设计了一种新型分子标记——综合保守序列扩增多态性分子标记.碱基数目越多,保守序列种类数和出现次数越少,从10个碱基到27个碱基,保守序列的GC含量先是逐渐增加,达到一个平台后又逐渐降低.碱基离保守序列3＇端越近,出现A或T的可能性越大,碱基在保守序列中的分布具有非随机性.不同长度的保守序列具有明显的进化关系.筛选出10个碱基的保守序列和长度为8个碱基的填充序列用来设计引物,共得到566对引物组合.该新型分子标记有望在条带多态性、引物一致性等方面超越现有分子标记,同时具有成本低廉等优点.该研究旨在为基因组保守序列查找和分子标记设计方面提供新的思路,分析这些保守序列特性有助于进一步探索分子进化机理.该新型分子标记有可能在大豆种质资源鉴定和基因图位克隆等方面得到应用,同时该分析方法也适用对其他物种.     

全基因组范围内分析玉米磷转运体家族基因

磷转运体在磷吸收和转运过程中具有重要功能,目前对玉米磷转运体研究相对较少。从全基因组范围内鉴定玉米磷转运体并分析其特性,包括：染色体分布、系统进化发育、基因与蛋白结构、保守序列构成、相关顺式作用元件和表达模式。通过分析,发现40个玉米磷转运体,这40个玉米磷转运体分布于除第9染色体外的其他9条染色体,可以细分成4个类群,ClustersⅠ、Ⅳ基因结构和蛋白结构相对保守。进一步分析发现这40个玉米磷转运体中的14个保守序列和启动子区域20个顺式作用元件。并且分析了ClusterⅠ中13个成员在玉米不同发育时期不同组织中的表达情况,发现各基因表达方式不同,具有组织特异性或发育时期特异性。该结果可为进一步分析玉米磷转运体功能和调控机制、提高玉米磷利用效率提供信息。     

微小牛蜱铁蛋白编码基因的克隆和分析

从微小牛蜱克隆到1个新的铁蛋白编码基因，cDNA全长642bp，编码区为123-639bp，编码172个氨基酸残基，该蛋白预测的分子量为19．9ku，等电点为4．24。经过分析，其预测氨基酸序列与已报道的变异革蜱、非洲钝缘蜱和蓖子硬蜱铁蛋白同源性分别为93．60％、88．37％和83．72％。且核苷酸序列在mRNA 5’未翻译区(5’UTR)的茎环结构存在铁应答元件(IRE)，其氨基酸序列上带有典型的亚铁氧化酶中心结构的保守序列。RT-PCR分析表明，该基因在微小牛蜱卵、幼蜱、半饱血雌蜱、饱血雌蜱和雄蜱这几个阶段均有表达。     

五种热带水果乙烯受体基因的SNP分析

根据乙烯受体基因的保守序列设计引物，分别从荔枝、香蕉、木瓜、芒果和莲雾等五种热带水果的基因组DNA中克隆出的乙烯受体基因的保守序列，序列长度分别为1440bp、1441bp、1439bp、1440bp和1440bp，序列分析表明，与栽培稻的ers基因相似性最高。五种热带水果乙烯受体基因保守序列存在明显的单核苷酸变异，在19个核苷酸位点存在SNPs(single nucleotide polymorphisms)，其中12个SNPs存在于内含子中，7个SNPs存在于编码序列区。在编码序列区的SNPs，荔枝与其他4种热带水果相比具有较高的单核苷酸多态性，荔枝有4个核苷酸的变异，其余4种热带水果仅有一个核苷酸变异。编码区序列中的单核苷酸的改变，除了第783位核苷酸的不同没有引起氨基酸改变外，其余均导致编码氨基酸的改变。     

白菜WRKY转录因子CDNA片段的克隆

WRKY转录因子是一类含有WRKY氨基酸的锌指蛋白，到目前为止，仅在植物中被发现(Yu et al．，2001)。WRKY蛋白含有1个或2个十分保守的WRKY区域，但在保守区域外基因间的同源性较低(Chen and Chen，2002)。本研究参照拟南芥WRKY转录因子保守序列设计简并引物，通过RT-PCR方法获得白菜WRKY转录因子cDNA序列，为克隆该转录因子全长cDNA提供基本资料。     

十字花科花药特异性基因保守序列研究初报

构建了庭荠花芽ｃＤＮＡ文库,用Ｂｃｐ１作探针,筛选文库。来自油菜ｃＤＮＡ克隆的Ｂｃｐ１是一种在单倍体花粉和二倍体绒毡层均能表达的花药特异性基因,通过核酸杂交筛选,期望分离出与Ｂｃｐ１同源性克隆,分析这些基因ＤＮＡ和蛋白质序列,找出它们具有重要功能的保守序列。     

LEA蛋白的同源性及其应用潜力

LEA蛋白(晚期胚胎丰富的蛋白质)是一种植物在干旱条件诱导下产生的蛋白[1]。本文使用软件绘制出它的结构图,并对可以产生LEA蛋白的多种不同植物的基因序列进行了比对,从而找到猜想的保守序列。通过分析一未知的序列和在拟南芥中可以产生LEA蛋白的基因序列的同源性,从而得出关于二者序列和功能之间的关系的结论。同时,根据多种近似物种LEA蛋白的保守性和同源性,分析得到其系统进化树。植物LEA蛋白的研究有助于对植物抗旱性的认识,并为调整种植布局提供参考。