紫花槭秋季叶色表达转录组初步分析

为了丰富紫花槭转录组数据,进一步开展紫花槭秋季叶片呈色机制研究.本研究以紫花槭秋季转色期三个阶段(前期,中期,后期)叶片为材料,采用高通量测序技术进行转录组初步分析.转录组数据共获得50501条Unigene,有35316条Unigene在数据库中得到注释,其中NR数据库中注释到的Unigene数量最多,共35024条,占69.4％.在注释到的物种中,紫花槭比对的Unigene与甜橙(Citrus sinensis)相似度最高,共有4290条,占12.25％.紫花槭转录组中的Unigene根据GO功能可分为生物学过程、细胞组分和分子功能3大类,共有25375条,其中生物学过程的基因最多,主要聚集于代谢过程和细胞过程等.基于Unigene库的基因结构分析,其中SSR分析共获得12711个SSR标记,占Unigene总数的36％.SSR位点共包含150种重复基元,单碱基重复所占比例最高(7184个,61.86％),四碱基重复、五碱基重复和六碱基重复所占比例较低.Unigene库中共有328239个SNP位点,发生频率为1/190 bp,SNP位点分为转换和颠换两种类型的碱基替换方式,其中碱基转换位点213787个(65.13％),碱基颠换位点114452个(34.87％),碱基转换类型发生频率高于颠换类型.6种单碱基变异中,2种转换类型A/G、C/T的发生频率分别为33.03％和32.10％;4种颠换类型中A/T发生频率最高,为11.52％;C/G发生频率最低,为5.79％.紫花槭转录组秋季叶色表达的转录组分析,可为紫花槭叶色基因调控、定向分子育种和培育彩叶新品种提供研究提供基础的数据信息.     

宠物犬肩膀打进"身份证"--身体内植入芯片存入十多项重要信息可免除司法纠纷

如果爱犬不慎走失，您用什么证明这是您的爱犬呢？一旦爱犬有了“身份证”，这个难题迎忍而解。这个身份证比较特殊，是用芯片植入器将米粒大小的芯片植入爱犬肩膀，通过扫描器，这头犬的重要信息即刻显示。     

遗传标记及其在家禽育种中的应用

1 SNP SNP是染色体中遗传变异的最普通形式,如在人体已经检测基因组DNA中每1,000到2,000个单位有1个SNP,在某些区域估计每300个单位有一个SNP.基于SNP的高分辨率,遗传图谱在一些人的染色体上通常没有得到发展.正如其名称所指,SNP是发生在基因(启动子、外显子、或内含子)或基因之间(基因间隔区)的单个碱基改变或核苷酸变异.编码序列中的SNP以同义(不会导致氨基酸改变)或非同义(导致氨基酸改变)来分类.非同义SNP由于对蛋白质表达及最终对表现型的潜在影响而受到重视.相反,同义SNP可能对基因表达有微小的影响(除那些在启动子和其它基因组区域中,对DNA-蛋白质作重要的核苷酸或与RNA稳定性有关的核苷酸).同义和非同义SNP在基因图谱研究中均是很好的遗传标记.     

6种人兽共患病病原核酸液相芯片检测体系的建立

本研究通过设计、合成特异性引物和探针并对其进行修饰,将探针和特定荧光编码微球共价交联后,利用Luminex检测仪读取荧光信号,从而建立了针对布鲁氏菌、沙门氏菌、弓形虫,狂犬病病毒、巴氏通体、弯曲杆菌等6种病原的液相芯片检测方法。数据显示,本研究建立的液相芯片检测体系具有良好的特异性,检测灵敏度达50拷贝数,能同时检测6种重要人兽共患病病原,对于这6种人兽共患病的快速筛查和控制提供了技术支撑。     

饲料中动物源性成分微流控检测芯片的研究

试验以"LAMP+微流控"技术为基础,开发饲料动物源性成分检测芯片。针对牛、羊、猪、鸡的16srRNA靶序列,根据LAMP引物设计软件进行4种肉类LAMP引物设计。在LAMP优化试验、芯片优化测试、特异性验证试验和芯片应用测试中,进行最佳引物筛选测试和特异性测试。结果显示,筛选出的4种肉类最佳引物特异性强,最佳反应温度为65℃。芯片特异性验证试验的归一化荧光曲线显示,试验结果准确、特异性稳定。对饲料市场购买的16份样本中检测出的动物源性成分,采用中华人民共和国农业行业标准验证,符合率100%。微流控检测芯片的开发与应用为饲料中动物源性成分检测提供新方法,为饲料产品质量安全提供保障。     

基于SLAF-seq技术鉴定苹果砧木耐涝候选基因

【背景】苹果(Malus×domestica Borkh)是我国主要栽培果树树种之一,但部分苹果产区由于夏、秋季的大量集中降雨和排水不良等造成果园涝害频繁发生,导致苹果树叶片黄化、脱落,果实品质和产量下降。【目的】鉴定苹果耐涝相关基因,为苹果耐涝分子标记辅助育种和优质高产栽培提供依据。【方法】以耐涝苹果砧木G41和不耐涝苹果砧木新疆野苹果(M. sieverii (Ledeb) Roem.)及其构建的包含495个F1杂交后代为材料,从F1杂交群体中挑选出耐涝和不耐涝株系各50株,构建两个极端性状DNA混池,采用简化基因组测序(SLAF-seq)技术,开发SLAF标签和SNP标记,结合苹果基因组信息和遗传关联性分析,对苹果耐涝基因进行定位及候选基因预测,并对候选基因在耐涝差异的株系中进行淹水胁迫下的表达分析。【结果】以‘金冠’苹果为参考基因组,共开发119 072个SLAF标签,其中多态性SLAF有11 133个。通过序列分析和检测SNP位点,共获得6 237 071个SNP,其中高质量SNP有170 617个。通过ED和SNP-index方法关联分析,获得一个与耐涝性状紧密关联的候选区...     

盐胁迫下诱抗剂对水稻P450基因差异表达的分析

以盐胁迫为对照,诱抗剂处理水稻R6幼苗根系后,采用Oligo芯片技术筛选和分析了P450基因的差异表达;进一步以H2O和盐胁迫为对照,诱抗剂处理水稻R6幼苗根系后,利用半定量RT-PCR检测P450基因的差异表达,结果表明,P450基因OsHI-1在盐胁迫下特异表达,在诱抗剂HI的作用下增强表达。     

脊尾白虾线粒体基因组SNP位点的筛选及其特征分析

基于mtDNA全序列设计109对引物,利用高分辨率溶解曲线技术,对采自江苏省连云港和南通吕四港沿海地区养殖池塘中平均体长(5.23±0.33)cm的脊尾白虾潜在的单核苷酸多态性(SNP)位点进行筛查,以获得脊尾白虾线粒体基因组(mtDNA)上的SNP位点.结果显示,在109对引物中,有80对引物具有特异性扩增结果;高分...     

北京地区奶牛HH6遗传缺陷基因分布初探

随着人们对奶牛选育程度的加强,奶牛遗传缺陷问题逐渐凸显.HH6是新近发现的一种荷斯坦牛遗传缺陷,其致病机理为16号染色体上SDE2基因编码区内发生了一个从A到G的突变,SDE2是真核生物中维持基因组稳定必需的蛋白质,突变使得该蛋白的功能受到抑制,进而导致了胚胎在几次细胞分裂之后便死亡,即造成母牛流产.这一突变最初来源于...