基于叶绿体ndhA基因内含子序列的DNA条形码在秋海棠属物种鉴定中的应用

以18种秋海棠属植物为试材,基于叶绿体ndhA基因内含子片段,利用Codon Code Aligner软件拼接序列后,通过MEGA软件进行比对并计算19个秋海棠属植物种间及种内遗传距离,最后利用邻接法构建分子系统树,研究了该片段作为DNA条形码对秋海棠属植物进行物种鉴定的可行性。结果表明:秋海棠属19个种类共59个个体的ndhA基因内含子序列长度为1 182bp,在所考察的候选秋海棠属植物中具有最大的种间变异和较小的种内变异,且二者存在极显著差异。在系统树中,秋海棠属植物每一物种能够分别形成各自独立的分支,表现出良好单系性。基于ndhA基因内含子的DNA条形码在识别秋海棠属植物物种方面和传统形态学基本一致。该研究表明,以ndhA基因内含子作为秋海棠属植物DNA条形码进行物种鉴定具有一定的可行性。     

OCX-32基因内含子变异对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的影响

[目的]探讨OCX-32基因对长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质的遗传效应,为长顺绿壳蛋鸡的保种选育及开发利用提供参考依据.[方法]以长顺绿壳蛋鸡为材料,采用PCR产物直接测序法筛选OCX-32基因SNP多态位点,实时荧光定量PCR检测组织表达谱,运用SPSS 19.0广义线性模型(GLM)分析SNP位点基因型或双倍型与所测定性状指标的相关性.[结果]在长顺绿壳蛋鸡OCX-32基因中检测到3个SNPs位点,分别是位于内含子1上的g.22592323G>T及内含子3上的g.22597350T>C和g.22597555G>A.卡方(χ2)检测结果发现,g.22597350T>C位点的基因型分布显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P<0.05,下同).连锁不平衡分析结果显示,3个SNPs突变位点不存在强连锁不平衡,共发现4种单倍型和8种双倍型,单倍型H1和双倍型H1H2频率最高,分别为0.523和0.345.实时荧光定量PCR检测结果显示,OCX-32基因在长顺绿壳蛋鸡12个组织中存在不同程度的表达,表达量排序为肾脏>心脏>子宫>腹脂>小肠>脾脏>肝脏>腺胃>胸肌>胰腺>肺脏>肌胃.关联分析结果显示,g.22597350T>C位点CC基因型在蛋壳强度和蛋壳重2个品质指标上显著高于CT基因型和TT基因型;双倍型H4H4个体的蛋壳强度显著高于其他7种双倍型个体,蛋壳重显著高于H2H4个体.[结论]OCX-32基因内含子变异能影响长顺绿壳蛋鸡蛋壳品质,检测到的3个SNPs位点可作为鸡蛋壳品质选择的遗传分子标记,其中突变位点g.22597350T>C的CC基因型和双倍型H4H4是影响蛋壳强度和蛋壳重的关键基因型和双倍型,有利改善蛋壳品质.     

内含子1、2对水稻pib基因启动子活性影响的转基因分析

采用pib启动子3’端缺失-GUS构建转基因分析法,将位于pib结构基因起始密码子上游、pib启动区下游的2个内含子依次敲除来研究这2个内含子对pib启动活性和暗诱导活性的影响。转基因水稻植株的荧光定量分析显示:这2个内含子及相邻pib启动子下游3’端序列缺失都不能使pib启动子丧失其启动活性和暗诱导活性,但随着内含子被敲除,不仅pib启动子的启动活性明显下降,而且其暗诱导活性也明显下降。这表明这2个内含子具有增强启动子启动活性和暗诱导活性的功能,这也说明内含子不仅能参与结构基因转录后的再剪接,一些内含子也能参与启动子启动活性和启动子内含的暗诱导元件诱导活性的调节。     

青萝卜晚抽薹性状回交转育及FLC2第1内含子PCR扩增检测

FLC2基因作为影响成花的关键枢纽基因,在十字花科植物成花转变过程中具有重要作用。为了培育适于早春栽培的晚抽薹青萝卜新品种,在充分考虑FLC2基因对抽薹开花作用的基础上,以晚抽薹基因型白玉春萝卜为供体,通过回交转育的方法将晚抽薹性状转移到潍县青萝卜中,并在转育过程中对FLC2扩增多态性进行了研究,以探索晚抽薹植株FLC2的特征,并开发其对早春品种选育的作用。结果表明:FLC2第1内含子在晚抽薹供体中具有长约1 628 bp的插入突变,该基因型对晚抽薹作用较大,纯合的插入突变对晚抽薹作用大于杂合型。通过对该插入突变的PCR扩增可知,不同春化时期对插入突变内含子扩增的影响不同,短期春化主要影响野生型FLC2第1内含子的扩增,较长时间的春化主要影响插入突变内含子的扩增,而在抽薹开花期2种基因型的扩增基本不受影响,扩增效率高。通过改进引物,可以提高扩增效率,但不能消除春化对FLC2第1内含子扩增的影响,苗期未经春化植株不及抽薹开花期检测效果好。萝卜晚抽薹回交转育可以连续进行,每次转育只要获得杂合基因型即可传递晚抽薹性状,最后的自交后代,通过花期对插入突变内含子的PCR检测可以准确鉴定植株是否为纯合突变型晚抽薹植株,获得遗传稳定的晚抽薹基因型,从而可防止后代晚抽薹性状的分离。     

巴西橡胶树TCTP基因结构分析及分子标记开发

翻译控制肿瘤蛋白(translationally controlled tumour protein,TCTP)是生物体中一种普遍存在且高度保守的蛋白.作为一种多功能蛋白,TCTP在各种复杂的生命活动中发挥重要作用.本研究根据已知的HbTCTP cDNA序列设计引物,对PCR扩增产物测序获得HbTCTP基因组序列.比对HbTCTP基因组和cDNA序列发现HbTCTP由4个内含子和5个外显子组成,内含子与外显子剪接处符合GT/AG法则.根据HbTCTP序列及基因结构信息开发简单重复序列(SSR)和内含子长度多态性(ILP)标记,并在10个橡胶树品系中分析SSR和ILP标记多态性.结果表明,SSR和ILP标记在10个橡胶树品系中均出现多态性,多态性分别由SSR重复次数多少和内含子长短引起.     

Intron Polymorphisms： Species-specific and Interspecies-comparable Markers

As a component of genes, introns are much more variable than exons. Therefore, introns are an important source of genetic polymorphisms and can be used as genetic markers. By desingning PCR primers in the two exons flanking an intron, the intron can be specifically amplified. There are mainly two types of intron polymorphisms： intron length polymorphism （ILP, due to InDel or SSR） and SNP. ILP can be conveniently detected by electrophoresis, while SNP can be detected by sequencing, ECOTILLING or other methods.     

浦东白猪Nramp1基因第6内含子独特突变位点分析

Nramp1是学术界近年研究的猪重要抗病基因之一,其第6内含子作为Nramp1的分型重点片段,国内外的诸多猪种均有清晰的测序分析结果。本研究通过提取浦东白猪血液组织DNA,使用PCR技术分离和克隆Nramp1基因的第6内含子基因片段,测序后与以往文献中的其他猪种进行比较。结果发现,浦东白猪在该段基因中有3个特异的突变点普遍存在,分别是259 bp的A→G突变,331 bp的G→A突变和29 bp后1~2个T碱基的插入。这些突变的发现可以为浦东白猪的育种和Nramp1的抗病性研究提供遗传数据。     

小鼠基因内含子中CpG岛和几个转录调控元件分析

内含子在基因转录调控中的作用已多次被实验报道,然而对其参与调控的普遍性还缺乏足够的理论支持。本研究利用计算分析方法,对小鼠基因内含子中的CpG岛（CpGisland）、TATA框（TATAbox）、CAAT框（CAATbox）以及GC框（GCbox）等元件的出现频率进行分析。结果发现,分别有56.01%、57.16%、65.88%和41.86%的第一内含子具有CpG岛、TATA框、CAAT框以及GC框,而它们在其它内含子中的平均出现频率则分别为14.07%、45.24%、49.91%和13.19%。即使考虑到不同位置的内含子,这些元件在第一内含子中的出现频率也显著高于它们在其它任何位置内含子中的出现频率。由于CpG岛、TATA框、CAAT框以及GC框均与基因的转录调控有关,据此推测小鼠第一内含子在基因转录调控过程中具有潜在的重要性。本研究结果为内含子参与转录调控提供了更多的理论依据。     

藏猪MHC-DQB1第四内含子遗传多态性研究

为了研究藏猪MHC-DQB1第四内含子遗传多态性,根据CenBank中家猪SLA-DQB1基因的全序列(登录号为NC_010449.1)设计特异性引物,试验采用对藏猪、长白猪、杜洛克(共90头)在第四内含子扩增出的984 bp DNA特异性片段进行测序分析的方法.结果表明:第四内含子1169位有T→G的突变,1159位...