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1.
2.
Wen-wen LIU Min XIN Meng-ji CAO Meng QIN Hui LIU Shou-qi ZHAO Xi-feng WANG 《农业科学学报》2018,17(10):2281-2291
To identify the possible quarantine viruses in seven common sunflower varieties imported from the United States of America and the Netherlands, we tested total RNAs extracted from the leaf tissues using next-generation sequencing of small RNAs. After analysis of small RNA sequencing data, no any quarantine virus was found, but a double-stranded RNA(dsRNA) molecule showing typical genomic features of endornavirus was detected in two varieties, X3939 and SH1108. Full-length sequence and phylogenetic analysis showed that it is a novel endornavirus, temporarily named as Helianthus annuus alphaendornavirus(HaEV). Its full genome corresponds to a 14 662-bp dsRNA segment, including a 21-nt 5′ untranslated region(UTR), 3' UTR ending with the unique sequence CCCCCCCC and lacking a poly(A) tail. An open reading frame(ORF) that encodes a deduced 4 867 amino acids(aa) polyprotein with three domains: RdRP, Hel and UGT(UDP-glycosyltransferase). HaEV mainly distributed in the cytoplasm but less in the nucleus of leaf cells by fluorescence in situ hybridization(FISH) experiment. This virus has a high seed infection rate in the five varieties, X3907, X3939, A231, SH1108 and SR1320. To our knowledge, this is the first report about the virus of the family Endornaviridae in the common sunflower. 相似文献
3.
4.
从BL21(DE3)E.coli菌株中以PCR的方法扩增得到了与T7RNA多聚酶(T7RNApolymerase,T7pol)基因大小一致的DNA片断。将PCR产物纯化后直接克隆到pGEM—T载体中,经酶切鉴定和DNA序列分析表明克隆得到了正确的T7pol基因。将T7pol基因亚克隆入pET-28b( )中,构建得到原核表达质粒pET28T7。该质粒的BL21(DE3)pLysS转化菌在IPTG的诱导下可表达约98800的蛋白,这与T7pol的相对分子质量一致。将该质粒转化DH5α、JMl09、HBl01、BL21(DE3)和BL21(DE3)pLysS等5种不同的宿主菌,仅有转化T7pol酶活性受到抑制的宿主菌BL21(DE3)pLysS才能得到转化子,而其余4种T7T7pol酶活性不受抑制的E.coli宿主菌不能得到转化子。pET28T7原核表达质粒这种仅能在T7pol酶活性受到抑制的宿主菌中才能存活的现象说明本试验所克隆的T7pol基因能正确表达出具有RNA转录酶活性的蛋白。 相似文献
5.
参考 Genbank收录的 TGEV- Miller株的基因序列 ,自行设计合成 1对引物 (TGEVP5 /P6 ) ,对不同代次的 TGEV疫苗弱毒 STC3及种毒 、种毒 进行了 RT- PCR扩增 ,产物经琼脂糖凝胶电泳分析 ,均出现 1条大约 12 6 2 bp的目的条带 ,经 Eco R 酶切 ,都产生了 871bp和391bp左右的两个片段 ,与预期大小相符。将种毒 RT- PCR扩增目的条带回收纯化后克隆入PMD18- T载体中 ,转化宿主菌 DH5 α,挑选阳性克隆 (命名为 PTs) ,提取重组质粒 ,用 Hpa 、Eco R 对重组质粒进行酶切鉴定以及 PCR扩增 ,然后进行序列测定 ,并进行了序列分析 ,证实与国外标准毒株 Miller、Fs772 / 70、Purdue、TO14等有较高的同源性 相似文献
6.
A simple procedure to evaluate relative resistance and tolerance of tomato cultivars to the begomoviruses causing tomato yellow leaf curl (TYLC) disease in Spain was developed. To estimate the resistance and tolerance levels of a cultivar, several formulae were developed based on the ratio of infected plants, virus titre (estimated by tissue–print hybridization) and symptom intensity. The formulae were applied to five commercial tomato cultivars (Amoretto, Birloque, Royesta, Tovigreen and Ulises) naturally infected by TYLC viruses. The analyses showed that Ulises, Birloque and Tovigreen exhibited a moderate resistance, and Ulises was also highly tolerant. There was a positive correlation between symptom intensity and virus titre in infected plants, suggesting that the hybridization technique could also be used as an early estimator of tolerance. Finally, molecular hybridization and nucleotide sequence analyses of the begomovirus intergenic region showed that the local TYLC virus population consisted of a single species, Tomato yellow leaf curl virus (TYLCV, formerly TYLCV-Israel), with low genetic variation (nucleotide identity between isolates higher than 97%). 相似文献
7.
一个马铃薯Y病毒山东分离物的分离与鉴定 总被引:4,自引:1,他引:4
从具有典型花叶症状的马铃薯叶片中分离到马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)(本文称PVY-SD-TA分离物),扩繁后,提纯病毒,电镜下可观察到700~900 nm×11 nm的病毒粒体,病组织超薄切片观察可见风轮状的内含体结构,寄主反应特性研究表明其能侵染2科13种植物。SDS-PAGE电泳检测病毒编码的外壳蛋白亚基的分子量为33 kDa。以PVY-SD-TA基因组RNA为模板,应用RT-PCR方法和特异引物合成了外壳蛋白基因。对cDNA全序列分析表明,PVY-SD-TA CP基因核苷酸序列与N株系的同源性为96%,与GenBank中登录序列号为AJ390306的O株系分离物的同源性最高,为99%;与国内不同学者报道的PVY中国流行株的同源性分别为96%,97%和98%。通过以上生物学特性和分子水平的研究将PVY-SD-TA鉴定为普通株系(PVYO株系)。 相似文献
8.
提取实验室保存禽副粘病毒-2标准毒株Yucaipa株和3株分离毒株F4、F6、F8株的RNA,经RT—PCR,获得4株毒株的HN基因,同时测得F基因与HN基因之间的序列。序列分析结果表明,HN基因的ORF全长为1743 nt,编码一个由580个氨基酸组成的蛋白。运用DNAMAN软件分析,4株毒株与GenBank上已发表毒株的HN基因的核苷酸和氨基酸之间的同源性相比,同源率分别为99.89%和99.69%。分析F基因与HN基因间序列发现两基因间序列与副粘病毒科其他病毒的基因间序列相似,含有基因起始信号和终止信号,但不含3个碱基的连接序列。通过序列分析,在分子水平上进一步证实分离于同一批进口七彩文鸟的F4、F6株是抗原性存在差异的两个毒株。毒株间的血清学关系与分子水平的核苷酸序列、氨基酸序列的比较关系一致。 相似文献
9.
西尼罗热病毒RT-PCR检测方法的建立 总被引:3,自引:0,他引:3
参考Genebank发表的西尼罗热病毒(West Nile virus,WNV)E糖蛋白基因序列,自行设计合成一对引物,对WNV进行RT—PCR扩增,产物经琼脂糖电泳分析,呈现一条约400bp的条带,将其克隆入pMD18-T—Vector载体中,并进行序列测定,与已发表的WNV基因比较发现,核苷酸的同源性为99.7%,证实为WNV的E基因,通过对样品多次检测,都能扩增出一条约400bp的条带,表明该方法比较稳定。 相似文献
10.
绵羊肺腺瘤病毒NM株前病毒gag基因的克隆与序列分析 总被引:4,自引:0,他引:4
参照GenBank中已发表的绵羊肺腺瘤病毒(JSRV)的全基因序列,设计合成3对引物,对JSRVNM株的gag基因分3段进行PCR扩增,经琼脂糖凝胶电泳分析,分别呈3条531、888和949 bp的特异条带,将其分别克隆人pMD-18T载体中,进行序列测定并拼接序列,得到完整的gag基因序列。分析结果表明,与南非代表株(基因序列号NC-001494)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为89.0%,推导出的氨基酸同源性为90%。与美国代表株(基因序列号AF105220)的gag基因序列比较,核苷酸同源性为86.3%,氨基酸同源性为87%。 相似文献