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1.
为筛选多态性丰富的羊草叶绿体非编码区片段,本研究以9个不同地理位置的羊草居群为材料,通过对12个叶绿体非编码区DNA片段测序及其序列间变异分析试图从中找出有遗传差异的叶绿体DNA(cpDNA)片段,并利用有多态性的cpDNA片段进行遗传多样性分析。结果表明,序列ndhF-rpl32、trnL-trnF、trnC-ycf6、aptI-aptH具有比较丰富的变异,可作为下一步研究野生羊草群体遗传学和谱系地理学较为理想的分子标记。在37个羊草个体4条非编码区片段的合并序列中,共检测到15种单倍型,单倍型多态性(Hd)为0.928,核苷酸多态性(Pi)为0.00101;遗传分化指数(Fst)为0.58884,基因流(Nm)为0.17,基因流较小;中性检验Tajima’s D(-1.08542)和Fu’s Fs(-5.301)均为负值,且差异不显著(P>0.10),推测羊草遵循中性进化理论,可能经历过种群扩张;AMOVA结果显示,65%的分子变异出现在居群间,35%出现在居群内;Mantel检验得到,遗传距离与地理距离具有显著相关性(r=0.449,P<0.05);居群分化值Nst 0.386(0.1865)大于Gst 0.234(0.1506),差异显著(P<0.05),表明羊草居群存在分子谱系地理结构。通过系统发育树分析得到,羊草15个单倍型分为两大分支,H2和H10聚为一支,它们与别的居群个体亲缘关系较远,其余单倍型聚为另一支;单倍型网络图显示,H2和H12、H10和H12亲缘关系较远,与系统发育树分析结果基本一致。本研究为羊草的种质资源保护、谱系地理学研究等工作奠定了基础。 相似文献
2.
Alfredo Manicardi Laura Scarabel Josep María Llenes José María Montull María Dolores Osuna Joel Torra Farré Andrea Milani 《Pest management science》2023,79(12):4886-4896
BACKGROUND
Amaranthus palmeri is an aggressive annual weed native to the United States, which has become invasive in some European countries. Populations resistant to acetolactate synthase (ALS) inhibitors have been recorded in Spain and Italy, but the evolutionary origin of the resistance traits remains unknown. Bioassays were conducted to identify cross-resistance to ALS inhibitors and a haplotype-based genetic approach was used to elucidate the origin and distribution of resistance in both countries.RESULTS
Amaranthus palmeri populations were resistant to thifensulfuron-methyl and imazamox, and the 574-Leu mutant ALS allele was found to be the main cause of resistance among them. In two Spanish populations, 376-Glu and 197-Thr mutant ALS alleles were also found. The haplotype analyses revealed the presence of two and four distinct 574-Leu mutant haplotypes in the Italian and Spanish populations, respectively. None was common to both countries, but some mutant haplotypes were shared between geographically close populations or between populations more than 100 km apart. Wide genetic diversity was found in two very close Spanish populations.CONCLUSION
ALS-resistant A. palmeri populations were introduced to Italy and Spain from outside Europe. Populations from both countries have different evolutionary histories and originate from independent introduction events. ALS resistance then spread over short and long distances by seed dispersal. The higher number and genetic diversity among mutant haplotypes from the Spanish populations indicated recurrent invasions. The implementation of control tactics to limit seed dispersal and the establishment of A. palmeri is recommended in both countries. © 2023 The Authors. Pest Management Science published by John Wiley & Sons Ltd on behalf of Society of Chemical Industry. 相似文献3.
基于叶绿体DNA分析的楸子种质遗传多样性研究 总被引:1,自引:0,他引:1
利用4对叶绿体DNA引物扩增49份楸子[Malus prunifolia(Willd.)Borkh.]种质资源的4个叶绿体DNA基因间区trnH-psbA、trnS-trnG spacer + intron、trnT-5′trnL和5′trnL-trnF序列,基于4个叶绿体DNA基因间区的序列变异,从母系遗传的角度评价楸子的遗传多样性水平。结果显示:4个叶绿体DNA基因间区序列经测序、拼接、比对和合并之后的片段长度为3 790 bp,共有173个多态性变异位点,其中包含2个单一突变位点、20个简约信息位点和151个插入/缺失位点。在49份楸子种质中,trnH-psbA、trnS-trnG spacer + intron、trnT-5′trnL和5′trnL-trnF区域的变异位点的数量分别为26个、25个、120个和2个,单倍型数量分别为9个、7个、8个和3个,合并之后的叶绿体DNA片段的单倍型有14个。核苷酸多样性和单倍型多样性最高的区域均为trnH-psbA(Hd = 0.775,Pi = 0.02143),最低的为5′trnL-trnF(Hd = 0.481,Pi = 0.00072)。49份楸子种质4个叶绿体DNA区域合并后的遗传多样性较高(Hd = 0.854,Pi = 0.00949)。Tajima’s D检验中,4个叶绿体DNA区域在P > 0.10水平上均不显著,楸子的4个叶绿体DNA区域在进化上遵循中性进化模型。楸子的遗传变异主要存在于群体内部,不同居群间基因交流频繁,多数居群间遗传分化较少,与地理距离不完全相关。 相似文献
4.
为了掌握不同地理种群唇(鱼骨)(Hemibarbu labeo)的遗传多样性和遗传结构,探讨其亲缘地理演化过程,研究分析了乌苏里江、长江、黑龙江、鸭绿江和牡丹江5大水系,8个地理群体(n=42)的mtDNA控制区404 bp片段的变异,该片段共有26个变异位点,变异率为6.43%,平均核苷酸多样性为0.011 5.42尾样本共检测到18个单倍型,这8个地理群体是以HT1和HT2单倍型为中心向外辐射演化的.AMOVA分析结果表明,群体内变异为59.29%,同一水系群体间变异为23.50%,不同水系群体间变异为17.20%,以上变异均达到显著水平(P<0.05),群体间配对FST分析结果表明,同一水系内有些群体间差异也达到了显著水平.聚类分析发现,最大简约法(MP)和最大似然率法(ML)结果基本一致,嘉荫群体(HRJY)和四川群体(YRSC)绝大部分个体被聚在一支,鸭绿江群体(YRLJ)聚在一支,这与单倍型网络的分析结果一致,以上结果表明唇(鱼骨)的遗传多样较为丰富,黑龙江流域的唇(鱼骨)保持了祖先单倍型,其他地理群体为黑龙江流域内群体向不同方向演化的结果,并且部分地理群体已经形成了特有的单倍型. 相似文献
5.
6.
7.
采用RT-PCR和其他分子生物学方法,以甘蓝自交不亲和系E1和F1柱头cDNA为模板扩增SRKE1和SRKF1基因,以花药cDNA为模板扩增SCRE1和SCRF1基因.经序列比对首次证明E1和F1材料分别为S28和S7单倍型.经三维结构分析,预测SCRE1上C5-C6和C7-C8之间氨基酸序列决定SCRE1的单倍型特异性,SRKE1上TNNSFYSRLKVS序列决定了SRKE1的单倍型特异性,并对两者相对作用的关键氨基酸位点进行了分析. 相似文献
8.
[目的]研究中国黄牛Y染色体STRs的遗传多样性及父系起源。[方法]利用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,选择2个牛Y-STRs位点INRA189和BM861,分析16个中国地方黄牛品种284头公牛与4头缅甸黄牛公牛的Y染色体遗传多样性。[结果]在中国16个黄牛品种中,2个Y-STR位点可以区分中国黄牛中的普通牛和瘤牛类型,表明中国黄牛有普通牛和瘤牛两种父系起源。4头缅甸黄牛均为瘤牛类型。在中国16个黄牛品种中,普通牛和瘤牛分布频率分别为57.0%和43.0%,其中普通牛频率在北方黄牛中占优势(98.3%),瘤牛频率在南方黄牛中占优势(76.1%),中原黄牛中普通牛频率较高为63.8%,瘤牛频率为36.2%。[结论]中国黄牛存在普通牛和瘤牛两种父系起源;普通牛频率自北向南逐渐减少,瘤牛频率自北向南逐渐增加,中原地区为普通牛和瘤牛的交汇处。 相似文献
9.
偏分离(TRD)是生物中普遍存在的现象,本研究拟在高密度基因芯片判断基因型的大规模群体中挖掘猪基因组标记位点的偏分离位点并探究其潜在的遗传机制。本研究用60K Illumina Porcine SNP芯片对1 020头F2资源家系(杜洛克与二花脸杂交F0-F2群体)进行基因型分型,用偏分离分析软件TRDscan (BF>100)和TDT (P<0.01)方法在单个位点上检测偏分离信号,并对二者共有的显著信号位点附近100 kb窗口的基因进行功能分析。此外,本研究还利用单倍型分型的软件包PHASEBOOK采用多位点连锁分析的策略分析了父源和母源配子中的偏分离区域,并在该区域内搜寻潜在的QTLs。结果表明:1)在单位点的偏分离分析中共鉴定到44个显著的偏分离位点,筛选到23个相关基因;对父本和母本特异性偏分离效应进行分析时,分别鉴定到27和35个显著偏分离位点,其中,分别有11和25个位点的100 kb附近有已注释的功能基因。2)基于单倍型多位点连锁的偏分离结果显示,父本显著偏分离位点位于5和13号染色体上,在该偏分离区域内搜寻功能相关的QTL,共搜寻到3个与繁殖性状(木乃伊数、产活仔数、黄体数)有关的QTLs;分析母本偏分离位点时,在4、6和12号染色体上定位到显著偏分离区域,结合已知的猪QTL数据库,共找到了5个与繁殖性状相关的QTLs。本研究利用大规模猪家系数据系统地鉴别了猪基因组的偏分离位点,为解析猪中的偏分离现象和进一步探究其生物学机制提供了一定的参考作用。 相似文献
10.
试验旨在探究晋汾白猪载脂蛋白A5(apolipoprotein A5,ApoA5)基因的单倍型与体重和肉质性状的相关性。选取180头晋汾白猪为研究群体,利用PCR技术检测ApoA5基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),并采用Haploview软件分析这些SNP位点的连锁不平衡程度;筛选非完全连锁的SNP位点,构建不同的ApoA5基因单倍型,统计不同单倍型的基因频率,并通过SPSS软件分析不同ApoA5基因单倍型与晋汾白猪体重和肉质性状的相关性,鉴定优良性状的ApoA5基因单倍型。结果显示,晋汾白猪ApoA5基因共检测到21个SNPs位点,其中5个完全连锁单倍型块,分别包含5、2、3、4和2个SNPs位点;另外10个非完全连锁的标签SNP组合成不同的ApoA5基因单倍型,其中Hap 1的基因频率最高,达到46.7%,远高于其他单倍型;ApoA5基因单倍型与晋汾白猪的初生重、断奶重、6月龄体重、肌内脂肪含量、剪切力和滴水损失均具有明显的相关性,而与pH24 h没有明显的相关性;ApoA5基因Hap 11晋汾白猪的初生重、断奶重、6月龄体重和肌内脂肪含量均最高,且剪切力最低,滴水损失也相对较低;Hap 6的初生重最低;Hap 2的断奶重和6月龄体重均最低;Hap 3的肌内脂肪含量最低,剪切力最高;Hap 10的滴水损失最高。晋汾白猪ApoA5基因Hap 11属于优良性状单倍型,是一个具有优良性状的分子标记,可以用于晋汾白猪的分子育种,提高选种效率。 相似文献