基于叶绿体rRNA ITS序列的兰科植物系统发育关系分析

叶绿体DNA(Chloroplast DNA,cpDNA)中的反向重复序列中的非编码区对于陆生植物的进化研究非常有指导意义,被越来越广泛的应用在不同的分类阶元的系统研究中.该研究在叶绿体rRNA ITS 序列的保守区设计引物,PCR扩增得到450 bp左右的叶绿体rRNA从4.5 S到5 S的片段,扩增产物直接测序,进而依据叶绿体rRNA ITS基因序列分析了兰科植物(Orchidaceae)的33个品种材料(12个兰属品种,14个兜兰属品种,7个石斛属品种)间的亲缘关系.通过最简约性分析产生的叶绿体rRNA ITS系统树表明,石斛属和兜兰属为两个自然类群,兰属可能为一多源组.兰属的碧玉兰位于系统树的基部,构成其余各种的姐妹支.兜兰属的白花兜兰、麻栗坡兜兰独立于属内其他种而自成一支.由于兰科植物叶绿体rRNA ITS序列变异率较低,最简约分析产生的分支得不到Bootstrap分析的高度支持,各亚属之间的关系也不明确.对兰科植物系统发育关系的研究尚需要更多的证据.     

我国灰比诺葡萄病毒分离物检测及基因序列分析

 灰比诺葡萄病毒(Grapevine Pinot gris virus, GPGV)是国内新近报道的葡萄病毒,能引起葡萄叶片褪绿斑驳、皱缩及变形等症状,严重影响葡萄长势。为明确我国GPGV的发生及基因序列变异情况,本研究采用RT-PCR方法对采自我国15个省(市)自治区的195个葡萄样品进行检测,其中55个葡萄样品检测出GPGV。对49个GPGV阳性分离物的外壳蛋白(coat protein, cp)和运动蛋白(movement protein, mp)基因进行克隆、测序, 序列分析结果显示:来源于国内外的GPGV分离物cp基因和mp基因的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为85.30%~100%和95.00%~100%、85.73%~99.87%和95.58%~100%。基于cp和mp基因序列构建的进化树,将GPGV分离物划分为3个明显的组群。其中,大部分GPGV分离物被划分在组群1内,其它中国GPGV分离物形成2个新的组群2和3。本研究是关于中国GPGV分离物基因序列变异的初次报道,可为进一步开展GPGV分子检测的技术研发及不同变种的致病性研究提供依据。     

芭蕉属植物cpDNAL16序列限制性片段长度多态性研究

采用限制性内切酶Sau3AI、MspI、TaqαI、AluI分别对获得的L16基因序列进行理论酶切。通过限制性内切酶酶切后,酶切片段大小相同的记为1,不同的记为0。相似系数和聚类分析应用NTSYS-pc2.01数据分析软件进行,采用Nei的方法计算相似系数,UPGMA方法聚类,绘制树状图。结果表明芭蕉属种间存在较为丰富的cpDNA PCR-RFLP多态性,种内差异性不明显,有些亚种间无法区分开。而M. acuminata 具有丰富的亚种和变种,遗传差异大,多样性丰富。     

来源于新疆的3 个苹果褪绿叶斑病毒分离物的分子变异研究

Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV) isolates from Korla pear (KI-2), New pear no. 7 (XI-1) and Red Fuji apple (API-4) were collected from XinJiang and characterized by analyzing sequences of their near genomic 3忆-terminal. The RT-PCR products were cloned, and analyzed by single-strand conforma-tion polymorphism (SSCP). Eight out of 39 collected positive clones showing different SSCP patterns were sequenced. The results showed that the amplified products had sizes ranging 676 - 703 bp, including partial coat protein (CP) gene (506 bp, accounts for 87% of the complete cp gene) and 3忆-terminal non-coding re-gion (3忆NCR) sequences. The cp gene sequences from isolate KI-2 showed a high intra-isolate divergence,with 84. 8% - 85. 4% identities at the nucleotide (nt) level, and the intra-isolate identities were 99. 8 % and 92.5% - 99. 8 % for isolate XI-1 and API-4, respectively. Phylogenetic analysis on the nt sequences of cpgene showed that the analyzed ACLSV variants from three isolates fell into two different clusters. A variant KI-2-6 from KI-2 was clustered into a group with an apple isolate aclsv-c from China and a plum isolated from France, and all other variants fell into a large cluster. The 3忆NCR sequences of these variants were identical ranging 80. 6% - 100 % .     

玉米秸型配合饲料饲喂生长育肥鹅的试验

在舍饲条件下 ,完成了玉米秸型配合饲料饲喂生长育肥鹅试验。试验期为 60d ,玉米秸在配合饲料中的比例为 2 0 %、30 %和 4 0 %。试验鹅 90日龄体重对照组为 360 7g ,试验A组( 2 0 % )为 312 0g ,试验B组 ( 30 % )为 2 952g ,试验C组 ( 4 0 % )为 2 4 0 0g ;试验期相应增重为 3170、2 616、2 4 4 5和 1898g ;配合饲料的料重比相应为 2 4∶1、2 8∶1、3 0∶1和 4 6∶1;每只鹅的纯利润相应为 13 4 1、11 36、10 83和 6 2 0元。随玉米秸用量的增加 ,以上各项指标均降低。但玉米秸在 30 %以内时 ,饲料成本利润率为 1 4 9、1 55和 1 64,呈增加趋势。     

灰飞虱来源的水稻条纹病毒外壳蛋白基因遗传多样性

 采用单雌产卵法获得来自江苏、云南、山东、河北等地灰飞虱（Laodelphax striatellus Fallén,SBPH）来源的21个水稻条纹病毒（Rice stripe virus,RSV）分离物,提取灰飞虱总RNA,经RT-PCR扩增,获得21个RSV分离物的包含外壳蛋白（cp）基因在内的约1 000 bp左右的DNA片段。测序结果显示,参试分离物的cp由969个核苷酸组成,编码322个氨基酸。采用DNASTAR软件进行分析,21个灰飞虱来源的RSV-cp核苷酸序列和推导出的编码蛋白的氨基酸序列同源性分别为95.7%~100%和96.0%~100%。与已报道水稻来源的32个RSV分离物一起进行序列同源性比较和系统进化树分析结果表明,总体而言RSV-cp较为保守,其遗传多样性首先与地缘相关,从地理位置上可以分成中国云南、中国沿海和日本3个地理种群;其次与寄主相关,在同一地理种群中可以划分为灰飞虱和水稻2个寄主种群。     

LAMP在检测转基因抗草甘膦大豆cp4-epsps基因上的应用

以转基因抗草甘膦大豆为主要研究对象,利用环介导等温扩增技术(Loop-Mediated Isothermal Amplification,LAMP),针对cp4-epsps合成酶基因(5-enolpyruvlshimimate-3-phosphate synthase)的6个区域设计4条特异性引物,利用一种链置换DNA聚合酶(BstDNA polymerase),在65℃保温30 min,通过荧光显色即可完成对转基因的检测工作。结果显示,该LAMP方法能够特异性检测cp4-epsps基因,其检测灵敏度是常规定性PCR方法的10倍。建立了针对转基因大豆cp4-epsps基因的LAMP检测方法,其具有高度的特异性及稳定性,结果可靠,适合转基因抗草甘膦大豆的快速检测。     

辽西李属坏死环斑病毒检测及其多样性分析

采用RT-PCR对辽西地区采集的45份核果叶片样品进行了李属坏死环斑病毒(PNRSV)的鉴定,其中9份样品为阳性。以阳性样品总RNA为模板,克隆了PNRSV基因组RNA3近全长序列。序列长度在1 612~1 619 bp之间,一致性为93.8%~100%。以本研究获得的9个和Gen Bank登录的42个PNRSV近全长RNA3序列为基础,截取cp基因、mp基因和近全长RNA3序列分别构建系统发育树,三者结果一致:均可将51个PNRSV分离物分为4个组,即PV32、PV96、PE5和本文报道的一个新的PNRSV组,9个辽西分离物分别属于PV32组或PV96组。本研究明确了我国辽西地区PNRSV的遗传多样性,证明了PNRSV基因组RNA3在研究PNRSV遗传多样性中的适用性,同时发现了一个新的PNRSV组,对于PNRSV遗传多样性研究意义重大。     

黄瓜花叶病毒在中国的新寄主——百日草

正百日草(Zinnia elegans Jacq.)属菊科,为一年生草本,于20世纪20年代从美国和日本引种我国。其因花期长、颜色艳丽等优良园艺特性而成为园林绿化常用花卉。自然条件下,多种病原可侵染百日草,导致其观赏价值下降。近年在陕西杨凌发现百日草表现典型的花叶症状,查阅文献发现该花叶病可能与病毒侵染有关。例如,1975年以色列报道,黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)金盏菊分离物通过摩擦接种能够侵染百日     

河北省藁城花生病毒病的RT-PCR检测及外壳蛋白基因序列分析

采用RT-PCR技术对采自河北省农林科学研究院粮油作物研究所藁城堤上试验基地的12份花生叶片样品进行花生病毒病的检测,结果表明:从表现花叶和矮化症状的10份样品中检测到花生条纹病毒(peanut stripe virus,PStV),检出率高达90%,未检测到花生矮化病毒和黄瓜花叶病毒;对其中2个PStV分离物cp基因序列分析的结果表明,该cp全长864 bp。这两个分离物与已报道的PStV其他株系的cp核苷酸序列相似性分别为94.4%~99.2%和94.7%~99.7%,氨基酸相似性分别为95.5%~99.7%和95.8%~100.0%。PStV cp核苷酸序列构建的系统进化树中,这两个分离物与中国大陆其它分离物及美国分离物亲缘关系较近,而与中国台湾、泰国和越南分离物亲缘关系较远。