杜洛克与二花脸杂交猪群体SNP偏分离分析

偏分离（TRD）是生物中普遍存在的现象,本研究拟在高密度基因芯片判断基因型的大规模群体中挖掘猪基因组标记位点的偏分离位点并探究其潜在的遗传机制。本研究用60K Illumina Porcine SNP芯片对1 020头F2资源家系（杜洛克与二花脸杂交F0-F2群体）进行基因型分型,用偏分离分析软件TRDscan （BF>100）和TDT （P<0.01）方法在单个位点上检测偏分离信号,并对二者共有的显著信号位点附近100 kb窗口的基因进行功能分析。此外,本研究还利用单倍型分型的软件包PHASEBOOK采用多位点连锁分析的策略分析了父源和母源配子中的偏分离区域,并在该区域内搜寻潜在的QTLs。结果表明：1）在单位点的偏分离分析中共鉴定到44个显著的偏分离位点,筛选到23个相关基因;对父本和母本特异性偏分离效应进行分析时,分别鉴定到27和35个显著偏分离位点,其中,分别有11和25个位点的100 kb附近有已注释的功能基因。2）基于单倍型多位点连锁的偏分离结果显示,父本显著偏分离位点位于5和13号染色体上,在该偏分离区域内搜寻功能相关的QTL,共搜寻到3个与繁殖性状（木乃伊数、产活仔数、黄体数）有关的QTLs;分析母本偏分离位点时,在4、6和12号染色体上定位到显著偏分离区域,结合已知的猪QTL数据库,共找到了5个与繁殖性状相关的QTLs。本研究利用大规模猪家系数据系统地鉴别了猪基因组的偏分离位点,为解析猪中的偏分离现象和进一步探究其生物学机制提供了一定的参考作用。     

基于3D碳纳米材料固载AChE应用于毒死蜱的检测

为寻找快速、可靠的农药残留检测新方法,利用氧化石墨烯(GO)良好的水溶性分散碳纳米管(CNTs),一维(1D)的CNTs和二维(2D)的GO形成一种3D新型碳纳米复合材料,该复合材料具有疏松多孔的结构,能够有效地增大电极的比表面积。用该材料修饰玻碳电极,并固载乙酰胆碱酯酶(AChE)制备灵敏度较高、线性范围较宽的有机磷农药生物传感器。采用循环伏安法(CV)研究传感器的电化学性质。利用有机磷农药对AChE的抑制作用,以氯化乙酰胆碱为底物,对毒死蜱进行了检测。结果表明:生物传感器在最优条件下,0.71~71.13μmol/L范围内具有良好的线性关系,最低检出限为0.23μmol/L,且传感器的灵敏度、稳定性及重现性较好,适用于毒死蜱的残留跟踪检测。     

甘肃高山细毛羊性成熟期卵巢组织候选miRNA的研究

为丰富绵羊mi RNA数据库和了解mi RNA对哺乳动物卵巢的调控机理,应用高通量测序技术成功构建甘肃高山细毛羊性成熟期卵巢mi RNA的c DNA文库,获得9 321 775条clean reads,鉴定出267条绵羊新mi RNAs序列,分析发现候选mi RNA首位碱基对U和A具有偏向性。候选mi RNA共预测到12 692条靶基因,GO注释表明,多达70%的基因与细胞及细胞间组分和元件有关,超过77%的基因参与了细胞过程,约78.5%的基因具有结合功能。KEGG通路分析显示约10.61%的基因与代谢通路有关。试验结果对研究绵羊卵巢mi RNA具有一定的理论价值和现实意义。     

Ce（Ⅲ）对增强UV-B辐射胁迫下大豆幼苗光呼吸关键酶活性影响

采用水培法研究了Ce(Ⅲ)对紫外辐射(UV-B:0.15 W·m-2 90.45 W·m-2)胁迫下大豆(Glycine max)乙醇酸氧化酶(GO)、谷氨酰胺合成酶(GS)、过氧化氢酶(CAT)和H2O2含量的影响.试验表明,与CK相比,无UV-B胁迫时20 mg·L-1CeCl3能够有效提高GO和Gs:UV-B处理使GO和GS提高,植物的光呼吸速率增加;Ce+UV-B组GO、GS和CAT高于UV-B组,H2O2含量低于UV-B组.研究表明,20 mg·L-1CeCl3通过提高GO、GS和CAT活性进而增强光呼吸代谢,耗散过多的光能;通过对植物体内H2O2含量的变化,检测是否受到环境胁迫,利用Ce(Ⅲ)缓解植物所受的UV-B等强光逆境胁迫,具有积极的环境生态学意义.     

基于网络药理学分析白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制

试验利用网络药理学研究方法尝试揭示白头翁汤治疗猪腹泻的活性成分、作用靶点及其基因功能、信号通路的机制。首先在中药系统药理学分析数据库中检索白头翁汤的所有化学成分、作用靶点,进而利用STRING、DAVID、NCBI数据库,Cytoscape软件构建化合物-靶点网络、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络、靶点-通路网络,研究白头翁汤治疗猪腹泻的作用机制。通过化合物的口服利用度和类药性筛选得出白头翁汤11个活性化合物,化合物-靶点网络结果显示,11个活性化合物含有63个相应靶点;白头翁汤作用于猪腹泻的PPI网络图包含45个靶点,主要靶点是雌激素受体1（estrogen receptor,ESR1）、CREB结合蛋白（CREB binding protein,CREBBP）、丝裂原活化蛋白激酶1（mitogen-activated protein kinase 1,MAPK1）、雄激素受体（androgen receptor,AR）等,与猪腹泻靶点基因直接相关的靶点是拓扑异构酶Ⅱβ（DNA topoisomerase Ⅱ,TOP2B）、ESR1、ESR2、糖皮质激素受体（glucocorticoid receptor,NR3C1）、AR和细胞核受体共激活剂2（nuclear receptor coactivator 2,NCOA2）;白头翁汤-猪腹泻PPI网络图关键靶点GO富集条目为5个,其中生物过程、分子功能、细胞组成相关的条目分别有3、1、1个;白头翁汤作用于猪腹泻PPI网络图KEGG信号通路有1条。白头翁汤可能主要通过金鱼草素、掌叶防己碱、8-异戊烯基二氢茆酚-7-葡糖苷、延胡索乙素、足叶草脂素、黄麻苷和8-羟基松脂醇等调控TOP2B、ESR1、ESR2、NR3C1、AR和NCOA2等靶点,基因功能富集于磷脂酶C激活G蛋白偶联受体信号通路、腺苷酸环化酶激活肾上腺素能受体信号通路、DNA模板转录、类固醇结合、细胞膜的组成部分,以及通过KEGG信号通路中神经活性的配体-受体相互作用信号通路来治疗猪腹泻。     

金针菇单核体DAN3和M与其杂交双核体G1菌丝阶段基因表达差异的转录组初步分析

以金针菇(Flammulinavelutipes)单核菌株DAN3的基因组为参考,完成单核体DAN3和M及其杂交双核体G1在菌丝阶段的转录组测序与数据分析,比较两个样本间的差异基因,并对差异基因进行GO功能分析和KEGG pathway分析.结果表明:两个样本中共有显著性差异表达的基因86个,其中,在G1中呈上调、下调表达的基因数分别为41、45个,有2个基因在G1中特异表达.GO功能分析结果表明,86个差异基因中有40个基因比对上了GO功能注释,其中18个基因在G1中呈上调表达;单一生物过程和催化活性为显著性富集的功能,相关基因在G1中呈上调表达.KEGG pathway分析结果表明,22个差异基因被定位到17条Pathway,其中10个基因在G1中呈上调表达,包括赖氨酸代谢途径对应基因,3_M和G1菌丝样品中赖氨酸含量分别为1.70×103 ng/mg和1.06×103 ng/mg,说明G1中上调的基因可能与之降解相关;DNA复制是显著性富集的代谢途径,相关基因在G1中呈下调表达.     

基于转录组的漆树MYB转录因子的筛选及分析

MYB转录因子家族是植物最大的转录因子家族之一,在植物生长发育、形态建成、次生代谢等的调控中起着重要作用。本研究在漆树转录组测序的基础上,应用生物信息学方法,筛选到48个漆树MYB转录因子,依据MYB保守域的特点将其分为3类:1条R₃-MYB 序列,21条R₂R₃-MYB序列和26条R₁-MYB序列。结果表明,蛋白序列分析显示,48条漆树MYB转录因子大部分属疏水性蛋白,且无规则卷曲和α螺旋在二级结构中占有较大比例。GO分析发现漆树R₂R₃-MYB蛋白共注释到生物学过程、细胞组分和分子功能3大类功能的27个亚类。系统进化分析将48个漆树MYB转录因子分为了8个亚组。表达谱数据分析表明,漆树MYB基因的表达具有组织特异性,11个在叶片中高水平表达,21个在茎中的表达量较高。研究结果为今后进一步解析漆树MYB转录因子的结构和生物学功能奠定基础,有助于进一步研究漆树MYB转录因子在次生代谢产物中的调控功能。     

绵羊miRNA-1185-5p的基因组定位、靶基因预测和功能分析

miRNAs是一类小分子非编码RNAs,在机体许多生理及病理过程中发挥调控作用。该课题组前期研究发现,miRNA-1185-5p在经产双羔母羊卵巢中表达水平显著低于经产单羔母羊。为进一步深入挖掘miRNA-1185-5p在绵羊生殖过程中的作用,利用生物信息学手段分析了miRNA-1185-5p的基因组定位,预测其靶基因,并对靶基因进行GO功能分析。结果表明,miRNA-1185-5p是位于绵羊18号染色体的内含子miRNA;利用miRDB和microT 2种方法预测获得miRNA-1185-5p的23个靶基因,这些靶基因主要参与细胞增殖、分化和凋亡过程以及代谢等生物学过程,其中,靶基因AhR直接参与生殖过程。该研究说明miRNA-1185-5p可能通过作用于AhR等靶基因对绵羊生殖过程发挥调控作用。