马尾松叶表微生物多样性

为发掘对林木生长发育有利的优良微生物资源,并筛选适合叶表微生物的收集方法,以马尾松针叶为试验材料,分别用悬摇法和超声波法收集马尾松叶表微生物,用扩增子高通量测序技术、MUSCLE和Qiime软件研究马尾松叶表微生物的多样性。结果表明:扫描电镜观测结果显示,马尾松针叶表面定殖有大量微生物,包括真菌(菌丝及孢子)和细菌。扩增子高通量测序结果表明,马尾松叶表微生物物种丰富,包含细菌运算分类单位(OTUs)490个,真菌OTUs 1273个。马尾松叶表细菌以未分类的蓝细菌属(unidentified_Cyanobacteria)(36.53%)、未分类的拜叶林克氏菌属(unidentified_Beijerinckia)(28.60%)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)(2.35%)为优势属;叶表真菌以枝孢属(Cladosporium)(2.45%)、拟盘多毛孢属(Pestalotiopsis)(0.92%)、无头孢菌属(Capnobotryella)(0.91%)为优势属。针对叶表细菌多样性的研究表明,悬摇法和超声波法均有较高的物种检出度;在叶表真菌多样性的研究中超声波法优于悬摇法,但超声波法样品间数据变异性较大,测定结果不稳定。     

植物根系表型信息获取技术研究进展

人口数量增长和全球气候变化加剧了粮食安全供给压力,育种学家亟需培育高产、高效作物品种以满足日益增长的粮食消费需求.基于根性状的品种培育改良可有效提高作物水分、养分利用率,但根系表型观测的困难性极大地限制了育种进程.随着自动化控制、成像和传感器以及图像解译技术的发展,高通量根表型信息系统性收集已成为可能.本文综述了一系列适用于室内或田间的非破坏性或破坏性根系二维或三维结构测定技术;系统阐述了主流的根表型参数提取图像分析技术和软件;探讨了基于根表型平台的根性状筛选应用于新品种培育的成功案例,并对高通量根表型平台的进一步研发进行了展望.     

饲粮中性洗涤纤维水平对山羊瘤胃细菌结构及组成的影响北大核心CSCD

本研究旨在利用高通量测序技术研究饲粮中性洗涤纤维(NDF)水平对山羊瘤胃细菌结构及组成的影响。选用6只山羊进行3×3拉丁方试验,依据饲粮NDF水平分为低(35.01%,LN组)、中(40.10%,MN组)和高NDF水平组(45.16%,HN组),每组2只。分3期进行饲养试验,每期试验20 d,其中预试期14 d,正试期6 d。正试期结束后采集山羊瘤胃内容物,提取细菌总DNA后,用细菌通用引物对16S rRNA的V4区进行PCR扩增,扩增产物用Illumina Hi Seq250PE测序平台进行高通量测序,测序结果用QIIME 1.8.0等生物信息学软件进行分析。结果表明:1)HN组的瘤胃液氨态氮(NH3-N)浓度极显著低于LN组和MN组(P<0.01);LN组瘤胃液乙酸/丙酸显著低于HN组(P<0.05),但MN组与其他2组无显著差异(P>0.05)。2)各组间Chao1指数和Shannon指数的差异均不显著(P>0.05);LN组observed species指数显著高于其他2组(P<0.05),其他2组间则无显著差异(P>0.05)。3)在门水平上,3组间所有细菌的相对丰度差异均不显著(P>0.05);在属水平上,HN组普雷沃氏菌科UCG-001(Prevotellaceae UCG-001)、普雷沃氏菌科UCG-003(Prevotellaceae UCG-003)和瘤胃球菌科UCG-014(Ruminococcaceae UCG-014)的相对丰度显著高于其他2组(P<0.05);HN组瘤胃球菌科NK4A214(Ruminococcaceae NK4A 214 group)、瘤胃球菌科UCG-005(Ruminococcaceae UCG-005)的相对丰度显著高于LN组(P<0.05);HN组SP3-e08和Lachnoclostridium 10的相对丰度显著低于其他2组(P<0.05);LN组解琥珀酸菌属(Succiniclasticum)相对丰度显著高于其他2组(P<0.05);MN组赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)、芽孢杆菌属(Bacillus)和叶杆菌属(Phyllobacterium)的相对丰度显著高于其他2组(P<0.05),食物谷菌属(Victivallis)的相对丰度极显著高于其他2组(P<0.01)。综合得出,饲粮NDF水平在35.01%~45.16%变化时,显著影响山羊瘤胃液NH3-N浓度和乙酸/丙酸,显著影响瘤胃Prevotellaceae UCG-001、Prevotellaceae UCG-003等多种菌属的相对丰度。     

股静脉临时双腔导管血液透析中血流量不足的原因分析及护理对策

目的 分析股静脉临时双腔导管血液透析中血流量不足的原因.方法 2010年3月至2011年1月我科在血液透析治疗中行股静脉临时双腔导管置管术后出现血流量不足者40例,对其出现的原因进行分析,并采取相应的护理措施.结果 40例留置股静脉临时双腔导管出现血流量不足的原因依次为:导管侧孔贴壁22例(55.0%),体位不良8例(...     

一例猫急性肾损伤的诊断与治疗

猫急性肾损伤在临床多见,治疗难度大,治愈率低。本文通过采用血液透析疗法配合内科输液疗法快速治愈1例猫急性肾损伤病例,现报告如下,为临床治疗猫急性肾损伤提供参考。     

草莓白化相关病毒中国分离物全基因组分析

草莓白化相关病毒(strawberrypallidosis-associatedvirus,SPa V)属于长线形病毒科(Closteroviridae)毛形病毒属(Crinivirus),可引起草莓病害,2017年在中国首次报道。采用高通量测序、RACE和RT-PCR技术获得了SPa V中国分离物(FJ)的基因组全长。该病毒含有两条正单链基因组RNA1和RNA2。RNA1全长8 048 nt,5′和3′非编码区序列分别为264和197 nt,含有3个开放阅读框(ORF),分别编码ORF 1a/1b融合蛋白和p9蛋白。RNA2全长7 977 nt,5′和3′非编码区序列分别为248和186 nt,含有8个开放阅读框(ORF),分别编码HSP70h、CPh、CP、CPm、p7、p6、p9和p28等8个蛋白。RNA1和RNA2与美国M1分离物分别具有98.5%和99.0%的核苷酸一致性;系统发育分析结果表明,SPa V中国分离物(FJ)单独处在一个分支。对SPa V来源的小RNA的分析表明,来源于SPa V的小RAN长度以21和22 nt为主。     

外源MDR鼠伤寒沙门菌对健康小鼠肠道菌群的影响

旨在探究外源多重耐药(multidrug resistant, MDR)鼠伤寒沙门菌进入健康小鼠肠道后对其肠道菌群的影响。将25只小鼠随机分为质控组(C)、灌胃1 d组(G1)、灌胃3 d组(G2)、灌胃5 d组(G3)和灌胃7 d组(G4),每组5只。将携带耐药基因的猪源耐药鼠伤寒沙门菌按10⁶ CFU·mL^-1的浓度对除质控组外的试验组小鼠进行灌胃。分别采集灌胃前第0天和灌胃结束后1～14 d的新鲜粪便样本，采用高通量测序技术分析灌胃后小鼠粪便中肠道菌群多样性变化。结果显示：1)与C组比较，各试验组在灌胃结束后临床上均表现为轻微腹泻，从粪便样本中分离出与灌胃菌同一型的MDR鼠伤寒沙门菌，且分离率差异不大；2)试验组小鼠肠道菌群Alpha多样性中Chao1、Goods＿coverage和Observed＿species指数明显高于C组；3)G2组、G3组和G4组在门及属水平物种丰度上变形菌门(Epsilonbacteraeota)和螺杆菌属(Helicobacteraceae)相对丰度显著低于C组(P<0.05)。在LEfSe分析上变...     

利用高通量测序快速定位目标性状位点的研究

为了快速鉴定目标性状遗传位点,开发与性状连锁的分子标记,用于剔除高世代选育株行中不利性状,从而加速育种进程。以大豆MS轮回群体中发生花色分离的F_6株行为研究材料,利用其衍生的F_(6∶7)中20个紫花和17个白花纯合家系分别构建2个DNA混池,通过高通量重测序技术获得变异信息,明确SNP富集区,并在SNP富集区内开发分子标记对目标性状进行连锁分析。结果显示,在2个DNA混池间发现329 992个SNP位点,表明混池间的遗传背景已经非常相似,但未发现明显SNP富集区,表明可能存在较多假阳性位点;进一步对高质量(Quality100)的SNP变异位点进行筛选,并去除杂合SNP位点,最终获得3 371个可信位点。其中,位于13号染色上的SNP变异有700个(占比20.77%),并在20～30 Mb的物理区间形成一个最大的SNP富集区,推测调控花色的W1位点可能位于此区间内。利用该区间内SNP信息开发出dCAPS-1、dCAPS-2分子标记,连锁分析结果显示其与W1位点紧密连锁(W1-(0.4 cM)-dCAPS-1-(2.3 cM)-dCAPS-2),表明W1位点位于SNP富集区内。综上所述,通过构建高世代株行的分离群体混池,利用高通量测序方法可以快速定位控制目标性状的遗传位点,且开发的dCAPS标记可以有效剔除不利性状,从而加速遗传育种进程。     

基于高通量测序筛选‘紫娟’花青素合成相关的miRNA

为筛选调控紫娟茶树花青素合成相关miRNA,以茶树品种紫娟(ZJ)、云抗10号(YK)和福鼎大白茶(FD)为材料,构建了miRNA文库。鉴定出46种已知的miRNAs和67种新的miRNAs,预测到具有注释的靶基因765个。通过差异表达分析,筛选出在ZJ与YK、ZJ与FD共有差异表达的miRNA24个。通过对24个差异表达miRNA的靶基因分析,筛选出可能参与调控花青素合成的miRNA 4个,包括miR828a、miR845c、novel_14和novel_87,其预测的靶基因包括转录因子基因MYB4、MYB23、MYB26、MYB82、bHLH74以及4-香豆酰辅酶A链接酶(4CL)、二氢黄酮醇4-还原酶(DFR)和UDP-葡萄糖黄酮3-O-葡糖基转移酶(UFGT)等基因。利用RT-PCR分析8个差异表达的miRNA,其结果与转录组分析一致。本研究结果为进一步开展茶树花青素生物合成的调控机制研究奠定基础。